Осенью 1806 г., после смерти миролюбивого британского премьера Фокса, военные действия в Европе возобновились. Теперь против Наполеона выступила Пруссия, сохранявшая прежде нейтралитет. Вместе с Великобританией и Россией она вступила в четвертую коалицию. Наполеон предпочел разгромить противников поодиночке. 14 октября 1806 г. произошли два параллельных сражения под Йеной и Ауэрштедтом, в которых наголову была разбита прусская армия. 27 октября 1806 г. французы вошли в Берлин, 7 ноября капитулировала армия Блюхера. Наполеоновские войска захватывали одну прусскую крепость за другой. Свободной от французов оставалась только часть Восточной Пруссии, сохраненная при помощи русских войск. Прусский король перебрался в Мемель. В кампаниях 1805–1806 гг. ярче всего проявились полководческие дарования Наполеона, высокие боевые качества его армии. Между тем по мере продолжения аннексий и поступления в ее состав рекрутов с новых территорий эта армия становилась все менее французской по составу.
21 ноября 1806 г. в Берлине Наполеон, понимавший, что в военных действиях на суше он не сможет нанести Британии поражение, подписал декрет об объявлении континентальной блокады Британских островов. «Всякая торговля и всякие сношения с британскими островами запрещены… Никакое судно, идущее прямо из Англии или из ее колоний… не будет принято ни в один порт». Цель этой экономической войны состояла в том, чтобы подорвать британскую экономику. В ответ Лондон принял так называемые «приказы в Совете», которые запрещали любую торговлю с Францией и ее союзниками: каждому судну предписывалось заходить в британский порт и там вносить соответствующую пошлину. В целом, хотя британская экономика испытывала трудности, но нанести ей смертельный удар не удалось. Для Франции и всей Европы континентальная система имела тяжкие последствия, так как европейские страны оказались отрезаны от передовых британских технологий, появившихся в ходе промышленной революции.
Тем временем в 1807 г. продолжились военные действия на территории теперь уже бывшей Польши и Восточной Пруссии, куда пришли российские войска. В феврале 1807 г. сражение при Прейсиш-Эйлау так и не выявило победителя, причем большие потери понесли французы. Это был первый заметный неуспех французской армии, который объясняли ее растянутыми коммуникациями. Наполеон лично руководил боем, но не добился однозначной победы, хотя русской армии пришлось отступить. Военные действия продолжались и в сражении при Фридланде 14 июня 1807 г., победа Наполеона была уже очевидной. Возникла патовая ситуация: ни Александр I, ни Наполеон не были склонны продолжать войну.
24 июня 1807 г. состоялась встреча Наполеона и Александра на плоту в Тильзите на р. Неман. Произошло примирение и даже заключение союза. 7 июля 1807 г. в Тильзите были подписаны два российско-французских договора, один открытый, мирный, и тайный, союзный. Наполеон хотел уничтожить Пруссию как самостоятельное государство, но уступил своему новому союзнику императору Александру. Пруссия должна была выплатить контрибуцию, причем до уплаты в прусских крепостях оставались французские войска. Пруссия также была лишена всех своих владений к западу от Эльбы. Из этих земель и Ганновера Наполеон создал Вестфальское королевство, королем которого был поставлен младший брат Наполеона Жером. Из бывших польских земель, отнятых у Пруссии, было создано Великое герцогство Варшавское во главе с союзником Наполеона, королем Саксонии. Условиями для России стал ее отказ от позиций на Средиземном море, эвакуация из Катарского порта и с Ионических островов, но в качестве компенсации она получала Белостокский округ. Главным же условием стала поддержка Наполеона в борьбе с Англией и присоединение к континентальной блокаде.
В августе — сентябре 1807 г. британский флот атаковал датский флот у Копенгагена, подвергнув его жестокой трехдневной бомбардировке. Британский десант высадился на Зеландии. Лишь 20 октября англичане оставили Зеландию, уведя с собой полностью оснащенный датский флот. 31 октября 1807 г. в Фонтенбло был подписан датско-французский союзный договор, по которому Наполеон гарантировал целостность владений датской короны. Дания присоединялась к континентальной блокаде и обязалась вместе с Францией и Россией объявить войну Швеции, если Густав IV Адольф (1792–1809) откажется присоединиться к Наполеону и Александру I. 31 октября 1807 г. Россия, протестуя против нападения на Данию, объявила войну Великобритании.
23 ноября 1807 г. декретом, подписанным в Милане, Наполеон ужесточил континентальную блокаду: каждое нейтральное судно, подчинившееся британским приказам, будет рассматриваться как английское со всеми вытекающими из этого последствиями — оно может быть захвачено в открытом море, а в случае захода во французские или союзные порты его груз подлежит конфискации. В 1810 г. был подписан Трианонский декрет, запрещавший ввоз колониальных товаров под видом товаров из нейтральных стран. Были введены очень высокие ввозные тарифы. Это была попытка закрыть европейский рынок не только для английских, но и для любых колониальных товаров вообще.
Континентальная система по сути была продолжением столетней экономической войны Англии и Франции, борьбой за экономическую гегемонию, за господство на европейском континенте, в Северной Америке и Индии. Континентальная блокада повлекла различные сложности для самой Франции: население лишилось многих продуктов, таких, как сахар, чай, кофе, исчез хлопок и красители. Открытие способа получения сахара из свеклы стало в Европе одним из полезных результатов континентальной системы.
Для эффективного функционирования континентальной системы нужно было обеспечить полный контроль на всех берегах Европы. Слабым звеньями оставались Испания, ее король уже давно являлся союзником Франции, но выполнять правила континентальной системы был не в состоянии, и Португалия. В 1807 г. по тайному соглашению с главой испанского правительства Годоем в Португалию вошли французские войска, однако и они не смогли гарантировать там строгий контроль. Тогда Наполеон решил радикально изменить положение в Испании, использовав конфликт между королем Карлом IV и его сыном Фердинандом. Под давлением императора Фердинанд вернул корону отцу, Карл IV отрекся от нее в пользу Наполеона, после чего все члены семьи отрекшегося короля были принудительно удержаны во Франции. На испанский трон был возведен Жозеф Бонапарт, который для этого оставил трон Неаполя. В Испании начались реформы, однако испанский народ отказался подчиниться навязанным извне благодеяниям. Еще в мае 1808 г. началось восстание, подавить которое французам не удалось. 20–23 июля повстанцы окружили и принудили к капитуляции два французских корпуса под Байленом. Восстание охватило и Португалию, 6 августа там высадились британские войска под командованием А. Уэлсли, будущего герцога Веллингтона (1769–1852). 21 августа он разбил французов при Вимейро, 30 августа А. Жюно подписал в Синтре акт о почетной капитуляции, его армия была эвакуирована во Францию.
Это были фактически первые серьезные поражения французов. Наполеон продолжал экспансию и в других районах Европы. В феврале 1808 г. французы снова заняли Рим, папское государство было присоединено к Франции, а сам папа Пий VII (1800–1823) оказался под домашним арестом.
27 сентября — 14 октября 1808 г. при участии десятков немецких государей состоялась встреча Наполеона с Александром в Эрфурте, итогом которой стала конвенция, возобновлявшая заключенный в Тильзите союз. Наполеон признал права России на завоеванную Финляндию, а также Дунайские княжества — Молдавию и Валахию. Конвенция предусматривала, что российский император начнет переговоры с Турцией, чтобы та добровольно согласилась на переход этих княжеств к России. Если из-за этого на Россию нападет Австрия или какое-либо другое государство, то Франция окажет России вооруженную поддержку. Александр дал уклончивое обещание, что поддержит Францию, если на нее нападет Австрия. Наполеон и Александр договорились обратиться к Великобритании с предложением переговоров на основе uti possidetis при условии признания ею присоединения к России Финляндии, Молдавии и Валахии и перехода испанского трона к династии Бонапартов. В случае же отказа Лондона начать переговоры, обе стороны договорились разработать совместные действия против Великобритании.
