29 ноября 1999 года сотрудники ФСБ РФ задержали с поличным сотрудницу посольства США Чери Либернайт, которая «через российского гражданина пыталась получить материалы военно-стратегического характера, составляющие гостайну». По данным ФСБ, американский дипломат, второй секретарь политического отдела посольства США является кадровым сотрудником ЦРУ. Ранее в Америке было предъявлено обвинение военнослужащему ВМФ США Дэниэлю Кингу, который, согласно сообщениям западных СМИ, в 1994 году передал России данные о прослушивании американцами подводных средств связи РФ.

8 декабря 1999 года Президенты России и Белоруссии Б.Ельцин и А.Лукашенко подписали Договор о Союзном государстве. Состоялось заседание Высшего Совета Союза России и Белоруссии. Основные цели договора — обеспечение мирного и демократического развития братских народов, укрепление дружбы, повышение благосостояния и уровня жизни, создание единого экономического пространства; соблюдение основных прав и свобод человека и гражданина; проведение согласованной внешней политики и политики в области обороны; формирование единой правовой системы; согласованной социальной политики, направленной на создание условий, обеспечивающих достойную жизнь и свободное развитие человека. Конкретные мероприятия и сроки их выполнения определяются решениями органов Союзного государства, по мере становления которого будет рассмотрен вопрос о принятии его Конституции. Для реализации целей создаются Высший государственный совет (в него войдут президенты государств-участников, главы правительств, руководители палат парламентов). Парламент (состоит из двух палат — Палаты союзов и Палаты представителей. В первую войдут 36 членов Федерального собрания РФ и такое же число белорусских парламентариев, делегируемых национальными законодательными органами; во вторую — 75 депутатов от России и 28 от Белоруссии, избираемых непосредственно гражданами), Совет Министров (входят главы правительств и ключевые министры), Суд (9 судей назначаются союзным Парламентом), Счётная палата (11 членов назначаются Парламентом по представлению Совета министров). Союзное государство имеет свой герб, флаг, гимн и другие атрибуты государственности. Символика устанавливается Парламентом и подлежит утверждению Высшим государственным советом. Союзное государство имеет единую денежную единицу. Граждане государств-участников являются одновременно гражданами Союзного государства. Положения договора вступают в силу после осуществления необходимых внутригосударственных процедур по изменению Конституции каждого государства-участника.

19 декабря 1999 года состоялись выборы в Государственную Думу.

31 декабря 1999 года Б. Ельцин подписал Указ Президента Российской Федерации «Об исполнении полномочий Президента Российской Федерации».

В соответствии с частью 2 статьи 92 Конституции Российской Федерации прекращаю с 12 часов 00 минут 31 декабря 1999 г. исполнение полномочий Президента Российской Федерации. В соответствии с частью 3 статьи 92 Конституции Российской Федерации полномочия Президента Российской Федерации временно исполняет Председатель Правительства Российской Федерации с 12 часов 00 минут 31 декабря 1999 г. Настоящий Указ вступает в силу с момента его подписания.

В. Путин подписал Указ Президента Российской Федерации «О временном исполнении полномочий Президента Российской Федерации». В связи с отставкой Президента Российской Федерации Б.Ельцина приступил в соответствии со статьёй 92 Конституции Российской Федерации к временному исполнению полномочий Президента Российской Федерации с 12 часов 00 минут 31 декабря 1999 г. Б. Ельцин освободил своим Указом, а и.о. Президента РФ В. Путин вновь назначил Александра Стальевича Волошина Руководителем Администрации Президента РФ. И.о. Президента РФ В. Путин подписал Указ «О гарантиях Президенту Российской Федерации, прекратившему исполнение своих полномочий, и членам его семьи».

10 января 2000 года и.о. Президента РФ Владимир Путин своим указом назначил Михаила Касьянова первым заместителем председателя Правительства РФ — министром финансов РФ.

2 февраля 2000 года на пресс-конференции Юрий Скуратов ответил на предъявление ему официального обвинения по «делу о пиджаках» словесными обвинениями в адрес Кремля. «Все кремлёвское окружение причастно к коррупции. Есть материалы на Волошина, Абрамовича, Мамута». Степень «причастности» этих лиц он не указал. Активное противоборство с Кремлём он ограничил пока заявлением в суд с просьбой освободить его от подписки о невыезде.

4 февраля 2000 года Хамовнический суд Москвы вновь рассматривал жалобу отстранённого генпрокурора Юрия Скуратова на незаконное продление срока следствия по его делу. За время судебных разбирательств Генеральная прокуратура уже дважды продлевала срок следствия, а 31.01 предъявила Ю.Скуратову официальное обвинение в злоупотреблении должностными полномочиями.

11 февраля 2000 года адвокаты Юрия Скуратова направили в Мосгорсуд жалобу на решение Хамовнического суда Москвы, который 7 февраля признал законным продление срока следствия по уголовному делу Ю.Скуратова. В интервью адвокат Андрей Похмелкин отметил, что в ходе судебного заседания не был рассмотрен ни один довод защиты. Суд оставил без внимания тот факт, что продление Главной военной прокуратурой срока следствия до 6 месяцев, учитывая, что статус Ю.Скуратова по делу, на тот момент не был определён, «нарушает его конституционные права».

21 февраля 2000 года Скуратов зарегистрирован ЦИК в качестве кандидата на пост Президента РФ.

15 марта 2000 года мэр Москвы Юрий Лужков заявил, что «Отечество» готово поддержать Владимира Путина на президентских выборах при определённых гарантиях. Среди таких условий Ю. Лужков назвал «сохранение демократических свобод, отказ от диктатуры со стороны олигархов в политике и экономике, поддержку реального сектора, укрепление государственной власти».

26 марта 2000 года Владимир Путин избран президентом РФ.

17 мая 2000 года Совет Федерации утвердил на посту Генерального Прокурора России Владимира Устинова. За него проголосовали 114, против 10, воздержались 9 членов палаты.

— Арзакарян М.Ц., Де Голль и голлисты на пути к власти, М., «Высшая школа», 1990 год.

— Блоцкий О.М., Владимир Путин, М., «Осмос пресс», 2003 год.

— Валянский С.И., Калюжный Д.В., «О Западе, который пыжился, пыжился, а Россия сама по себе», М., «Аст», 2004 год.

— Васильева Л., Кремлёвские жены, М., «Вагриус», 1994 год.

— Гарифулина Н., Сергей Бабурин: «Ныне или никогда! М., „Альфа“, 1998 год.

— Гдлян Т.Х., Иванов Н.В., «Кремлёвское дело», М., «Книга», 1994 год.

— Геворкян Н., Колёсников А., Тимакова Н., От первого лица. Разговоры с Владимиром Путиным», М., «Вагриус», 2000 год.

— Дроздов Ю.И., Фартышев В.И., Юрия Андропов и Владимир Путин. На пути к возрождению, М., «Олма-пресс», 2002 год.

— Ельцин Б.Н., Президентский марафон (публикация в Интернете).

— Жмаков И.Е., Павел Федирко — мой современник, Красноярск, «Горница», 1996 год.

— Зернистые мысли наших политиков, М., «Эксмо», 2004 год.

— Калашников М., Битва за небеса, М., «Крымский мост-9д», 2001 год.

— Кислицын С.А., Крикунов В.И., Кураев В.Д., Геннадий Зюганов, Краснодар, «Флёр-1», 1999 год.

— Колёсников А., Неизвестный Чубайс. Страницы из биографии, М., «Захаров», 2003 год.

— Конституция Российской Федерации. Комментарий, под общ. ред. Б.Н. Топорнина, Ю.М. Батурина, Р.Г. Орехова, М., «Юридическая литература», 1994 год.