Правительство к восьмидесятилетию наградило Николая Дмитриевича орденом Трудового Красного Знамени.

В МГУ был выпущен специальный юбилейный сборник со статьями многих учеников Николая Дмитриевича. В начале сборника ректорат обращался к юбиляру со словами глубокого уважения и гордости за своего старшего товарища: «Ваша жизнь является высоким образцом благородного служения науке. Вы своей замечательной научной деятельностью показали, как создается синтез теории и техники и как можно стереть грань, отделяющую ученого от изобретателя».

Ученики и сотрудники Николая Дмитриевича в своем обращении писали: «Нам выпала честь получить от вас первое руководство. в научной работе. Вы являетесь для нас примером ученого».

Это были годы заслуженного торжества, трудовой славы Николая Дмитриевича Зелинского. Но чествования, юбилеи никогда не нарушали систематической, каждодневной, упорной работы этого большого ученого. Он всегда с радостью возвращался к труду, и не только в тишину своего кабинета, а и к шуму лабораторных занятий, к людям. И люди шли к нему, их притягивал не только его ум, но и чудесные душевные качества.

Академик В. М. Родионов писал в своих воспоминаниях: «Николаю Дмитриевичу было присуще исключительное благородство души, а безграничная любовь к людям давала ему возможность сглаживать острые углы, примирять, казалось бы, непримиримое и помогать всем в любой сложной обстановке. К Николаю Дмитриевичу всякий шел за советами, и всякий получал от него поддержку.

Николай Дмитриевич был добр. Его добротой нередко злоупотребляли, но это его не останавливало. В душе у него было заложено стремление делать добро всем, и мне кажется, он всегда думал, что лучше ошибиться и оказать помощь десяти-недостойным людям, чем пропустить одного нуждающегося в его помощи.

С Николаем Дмитриевичем всегда хотелось поделиться горем и радостью.

Его чуткий подход смягчал тяжелые переживания и углублял радостное настроение. При всяком несчастье с кем-нибудь из общих знакомых первая мысль у всех окружающих была обратиться к Николаю Дмитриевичу, и никто никогда не встречал отказа. Он делал все что мог.

Зелинский был молод душой, молод благодаря своему мировоззрению, благодаря своей работе.

Все узколичное никогда не захватывало его натуру, не вызывало тяжелых сомнений, мучительного самоанализа. В этом подчинении делу, переживающему человека, в ясном и простом отношении к личной жизни сказывалась вся духовная мощь Николая Дмитриевича, и здесь крылась главная причина его большого нравственного влияния на всех лиц, когда-либо приходивших с ним в общение».

Трагическое утро 22 июня 1941 года. Второй раз при жизни Зелинского Германия развязывала мировую войну.

Химику были памятны газовые атаки, последствия этих атак, его собственная работа над противогазом, спасшая десятки тысяч жизней.

Двадцать четыре года его лаборатория, как и вся страна, работала над мирной продукцией. Что будет теперь с планами дальнейших работ? С людьми, выполняющими эти планы?

Все изменилось очень скоро. Москва услышала залпы зенитных орудий, отражающих налеты вражеской авиации. По радио стали объявлять воздушные тревоги. Враг интенсивно наступал…

Академик Зелинский с семьей эвакуировался из Москвы. Эшелон шел на восток.

Позади оставалась Москва, где прошла большая часть жизни ученого. Что же это значит: университет, академия, химические институты и лаборатории, научные общества, ученики, сотрудники, друзья все это уходило в прошлое?

Нет, не так! Оставалось на своих местах, только меняло адрес. Университет частью переводился в Свердловск, часть его оставалась в Москве. Лаборатория Зелинского временно передавалась в руки Петра Павловича Борисова. Разве не случалось Зелинскому и раньше уезжать в долгие командировки? Так надо было смотреть и на этот отъезд.

Одна группа академиков уезжала в Казань, других эвакуировали в Казахстан. Николай Дмитриевич ехал именно туда. С Николаем Дмитриевичем выехала его семья: Нина Евгеньевна и оба сына. Среди эвакуированных академиков был и Владимир Иванович Вернадский с женой.

Зелинский легко переносил неудобства и трудности пути. Его ум был занят большими вопросами, широкими и острыми проблемами, и мелочи, как всегда, не трогали его.

Поезд дошел до Омска. Сибиряки встретили москвичей расспросами, радушно приглашали в дома. На улицах было много военных. Клиники и больницы готовились принять раненых, при школах открывались интернаты для детей Москвы, Ленинграда. Здесь тоже чувствовалась война.

В Омске были химики, ученики Зелинского. Они искали встречи со своим учителем.

Из Омска поезд отправился в Боровое. За окнами потянулась цепь горных кряжей Кокчетау с причудливой формой скал, глубокими обрывами, густым сосновым лесом. У подножия Кокчетау залегли два озера-близнёца, носящие общее название — Чебачье, текла река Сарыбулак.

В Боровом, курорте Наркомздрава РСФСР, в корпусах и отдельных дачках, куда раньше приезжали отдыхать и лечиться, теперь разместили эвакуированных ученых и их семьи. В главном корпусе санатория получили комнаты Зелинские.

Пульсом жизни для всех стали радиопередачи из Москвы. Их ждали, слушали, о них говорили. Передачи определяли настроение людей.

Но не всегда радио было только голосом войны. В 1942 году оно принесло известие, что труды Николая Дмитриевича получили признание страны: ему присуждена Государственная премия I степени.

Николай Дмитриевич был глубоко тронут этой наградой и писал коллективу института органической химии:

«Весьма страдаю от невозможности быть в данное время с вами и работать на благо Родины. Но весь преисполнен самых горячих стремлений работать снова с дружным моим коллективом, который всегда всемерно помогал мне в моих достижениях. Высокая награда, которую присудило мне правительство, наполняет сердце радостью, гордостью, благодарностью нашему правительству.

Но эта высокая награда вызывает, кроме того, во мне чувство, обязывающее меня приложить все свои силы, отдать все свои знания и опыт в работе на общее благо — разгром фашизма и полное освобождение нашей великой священной Родины от немецких захватчиков. С вами, друзья мои, надеюсь еще много и плодотворно потрудиться».

Николай Дмитриевич вел в те дни большую переписку.

Однажды из Москвы пришло известие: бомба пробила крышу университета. Враг обстрелял старейшее русское учебное заведение. Зелинский написал сейчас же ректору В. П. Орлову, просил принять срочные меры, обезопасить библиотечный фонд, ценнейшее культурное наследие.

Он писал в учреждения, где — проводились в это время важные работы оборонного значения, которыми он заочно руководил. Писал в Москву, в Свердловск, на фронт. И во всех письмах звучит его глубокая вера в непреодолимую силу нашего народа, в победу над врагом.

«Я глубоко и искренне верю, что скоро начнется разгром немецких армий и что этот разгром начнется на подступах к нашей любимой столице Москве», — таков лейтмотив всех его писем друзьям.

В 1943 году Зелинский писал своему бывшему ученику Н. А. Орлову. Тот рассказывал потом об этом письме: «Весной 1943 года под Сталинградом время было настолько тяжелое, что мы не знали покоя ни день, ни ночь. И вдруг в это самое время, когда мы даже носа не могли из блиндажа высунуть, мне приносят письмо Зелинского. Письмо, полное сердечности, бодрости, веры в победу».

Эту веру разделял и Владимир Иванович Вернадский. Они постоянно встречались, обсуждали сведения с фронта, заглядывали в будущее. И хотя одному из них было за семьдесят, а другому восемьдесят лет, они верили, что дождутся победы.

Вернадский составлял записку — проект реконструкции страны после окончания войны, писал свою биогеохимию.

К Зелинскому наезжали многие его ученики, приезжали химики в военной форме. И академик Зелинский помогал фронту, так же как профессор Зелинский помогал в 1915 и в 1918 годах. Созданное им синтетическое топливо давало возможность увеличивать скорость и мощь самолетов. Николай Дмитриевич огорчался невозможностью лично руководить работами своих учеников. Он неоднократно обращался в президиум академии с просьбой разрешить вернуться в Москву.