Все это время Раиса Ивановна готовилась укладывать вещи, съезжать с казенной квартиры. Она ждала, что с Николаем Дмитриевичем расправятся, как с неугодным начальству профессором, и ему придется покинуть университет, а может быть, и Москву.

Но страхи ее оказались напрасными. Нарастание общего революционного движения заставило царское правительство пойти на некоторые уступки и предоставить университетам «автономию».

«Автономия» университетам, как и все свободы, дарованные Николаем Вторым, оказалась обманом. Революция 1905 года окончилась поражением. Революционные силы временно отступили. В университете настало затишье.

В конце 1905 года умер Иван Михайлович Сеченов. Уже совсем больной, он следил за событиями и приветствовал первую российскую революцию. Николай Дмитриевич присутствовал на похоронах Сеченова. Было невыразимо грустно хоронить учителя, друга, великого ученого. Эту смерть тяжело переживали все старые друзья, особенно Климент Аркадьевич Тимирязев.

Когда уходили с кладбища, Тимирязев сказал Николаю Дмитриевичу:

— Знаете, какие последние слова довелось мне услышать от Ивана Михайловича? «Надо работать, работать, работать».

Зелинский вспомнил свои беседы с Сеченовым, как тот всегда учил его этому же. Тимирязев продолжал:

— Он оставил завет могучего поколения, сходящего со сцены, грядущим.

О Тимирязеве, талантливом русском естествоиспытателе, Зелинский слышал еще в старших классах гимназии, читал его статьи, книги и ставил его в один ряд с Сеченовым, Мечниковым, Ковалевским. В Москве профессор Зелинский и профессор Тимирязев стали коллегами, вели научную и педагогическую работу на одном факультете.

Между этими учеными было много общего, хотя они, конечно, не замечали этого. К. А. Тимирязев считал, что наука должна служить народу. Он говорил: «Избранники, занимающиеся наукой, должны смотреть на знание как на доверенное им сокровище, составляющее собственность всего народа».

Н. Д. Зелинский высказывал мысль: «Знание — действительно сила, но только если оно служит благородным целям». Он никогда не замыкался в своей лаборатории, восставал против взгляда «наука для науки», стремился к практическому использованию своих открытий, вел большую работу по популяризации научных знаний.

Оба ученых выступали против идеалистических тенденций в изучении природы, боролись с действиями чиновников от науки, тормозящих живое дело.

Они не были личными друзьями, но молодой ученый с большим уважением относился к старшему, прислушивался к его словам, приглядывался к методам работы. Тимирязев тоже с симпатией относился к Зелинскому.

Личным другом Зелинского стал в эти годы профессор того же естественного отделения Владимир Иванович Вернадский.

С первых дней поступления в Московский университет Николай Дмитриевич поспешил встретиться с Вернадским, которого знал и раньше, но не близко. К этому побуждал его интерес к геохимии и стремление вести работу по исследованию вопроса о происхождении нефти совместно с геологами.

Вернадского и Зелинского связывала еще общая дружба с Михаилом Александровичем Мензбиром. «Наш триумвират», — шутя говорили о них университетские товарищи. Дружба этих трех ученых прошла через всю их жизнь. В 1932 году, во время тяжелой болезни Мензбира, Зелинский писал Вернадскому: «…очень тяжело мне, грустно чувствовать, что могу потерять близкого и столь любимого мною друга».

Мензбир, профессор зоологии, пользовался большим уважением студентов. Он выступал как последовательный проповедник учения Дарвина. Был он человек высокопринципиальный. Это роднило его с Зелинским.

Андрей Белый так характеризует Мензбира в своих воспоминаниях:

«Он — сама научная честность, брезгливо отмежевывающийся от эффектов, сведения счетов, дешевого политиканства и прочего…»

Дружеские отношения связывали Николая Дмитриевича с профессором физики Николаем Алексеевичем Умовым.

Их знакомство началось с давних лет, с юношеской поры Зелинского. Они встретились в Новороссийском университете. Умов-преподаватель заметил любознательного студента. Потом пришли годы совместной работы в том же университете. В Москву оба ученых перевелись в одном и том же 1893 году, и тут их объединили общность взглядов и общие друзья.

К этому времени относится и начало дружбы Николая Дмитриевича с Сергеем Алексеевичем Чаплыгиным, талантливым учеником профессора Н. Е. Жуковского. С. А. Чаплыгин тоже поступил в университет в 1893 году в качестве приват-доцента, а с 1903 года стал профессором кафедры прикладной математики. Сблизила обоих профессоров совместная работа на Высших женских курсах, где Николай Дмитриевич читал химию, а С. А. Чаплыгин с 1905 года был их бессменным директором.

Преданным другом Николая Дмитриевича в эти годы стал также и Сергей Степанович Степанов, препаратор химической лаборатории.

Профессор Зелинский сразу оценил спокойную, толковую работу Степанова, особый интерес и понятливость, которые проявлял этот человек, не получивший специального образования, к химии. Вскоре Сергей Степанович стал незаменимым помощником Зелинского, всегда идеально точно выполнявшим все его указания.

В своем очерке истории химии в Московском университете в 1940 году Николай Дмитриевич считал своим долгом отметить: «Не могу не сказать о том, что в течение 45 лет мне постоянную помощь оказывал препаратор С. С. Степанов, который постепенно химически самообразовал себя и до настоящего времени связан со мной в моем кабинете-лаборатории в качестве неизменного, полезного сотрудника».

В доме Зелинских Степанов появился впервые в декабре 1894 года при следующих обстоятельствах: Николай Дмитриевич утром, просматривая почту, нашел среди поздравительных писем по случаю именин послание с витиеватой подписью, состоящей из трех «С» в виньетке. Над подписью тем же витиеватым почерком — стихотворение:

Николай Дмитриевич прочел наивное поздравление, задумался над тремя «С» и вдруг улыбнулся.

— Догадался! Раюта, честное слово, догадался! Читай: Сергей Степанович Степанов. Ну, жди сегодня гостя!

Николай Дмитриевич всегда проявлял большую демократичность в отношении с простыми людьми, и то обстоятельство, что, может быть, некоторым «маститым» профессорам покажется неудобным сидеть за одним столом с препаратором, не смущало его. С 1895 года Сергей Степанович стал непременным гостем торжественного именинного обеда. Скоро стал он другом всей семьи.

Преданных друзей приобрел Николай Дмитриевич и среди своих учеников. В повседневной, будничной работе был он требовательным, серьезным, но всегда чутким и заботливым старшим их товарищем.

Любимым учеником и другом Николая Дмитриевича стал Сергей Семенович Наметкин, впоследствии академик, принявший от Зелинского кафедру химии нефти.

Еще студентом заметил Николай Дмитриевич одаренного юношу и, как когда-то Меликишвили его самого, привлек Наметкина к исследовательской работе. По окончании университета Наметкин был оставлен при кафедре химии. Он оказался прекрасным экспериментатором.

Был однажды случай, еще в молодые годы, когда Наметкину показалось, что он не справился с работой. Этот случай показал редкую чуткость и такт его руководителя.

Николай Дмитриевич поручил Наметкину провести реакцию окисления смеси углеводородов для отделения предельного углеводорода от непредельного. Когда Сергей Семенович выделил продукт окисления, его оказалось значительно больше, чем могло получиться по теоретическим подсчетам. Наметкин повторил опыт — те же результаты. Реакция была несложная, ошибиться он не мог. В чем же дело? Сергей Семенович решил снова провести опыт, но взять другую смесь предельного и непредельного углеводородов. И опять получилось непонятно большое количество продукта окисления. Над молодым ассистентом уже подтрунивали товарищи: «Который раз переделываешь — ничего не получается! А ведь реакция-то совсем простая».