Дениц и его руководство подводными силами с подозрением смотрели на Z-план, так как не верили, что Британия останется нейтральной столь долго. В результате в случае начала войны в Атлантике могли действовать только лодки при поддержке карманных линкоров (которые были относительно дешевыми и могли рассматриваться как "пушечное мясо"). Эти люди считали подводные лодки оружием достаточно сильным, чтобы перерезать морские коммуникации противника.

Однако для создателей Z-плана подводные лодки были всего лишь рейдерами и частью гораздо более крупного сбалансированного флота. Они опасались придавать слишком большое значение одной системе оружия, так как ей успешно могли противодействовать современное противолодочное оружие или системы поиска — как произошло с подводными лодками в 1917 — 18 годах. Реакция англичан на резкое увеличение численности подводных лодок, как предполагалось, будет крайне негативной. Это послужило политической уздой для морского командования. Ему также приходилось считаться с любовью Гитлера к линкорам. Он гордился этими гигантами, символизирующими достижения технологии. Фюрер пытался запомнить множество технических деталей, использовал различные справочники, чтобы при случае щегольнуть своими знаниями. Это постоянно приводило Редера в замешательство, так как он не желал заниматься подобной ерундой, а старался втолковать Гитлеру принципы большой стратегии. В подобных условиях любая попытка перенести центр тяжести кораблестроительных программ на подводные лодки была обречена изначально.

К весне 1939 строились лодки 2 основных типов: средние лодки серии VII–C (770 тонн) и океанские лодки серии IX–C (1120 тонн). В конце 1938 и начале 1939 были проведены маневры на Балтике и в Атлантике. На берегу были проведены штабные игры, к которым были привлечены все старшие офицеры флота. Маневры были очень успешными. В январе Дениц сказал, что ему нужны 300 подводных лодок, чтобы добиться решающего успеха. Редер все еще верил, что войны в ближайшее время не будет. Однако летом он утвердил увеличение количества лодок в рамках Z-плана до 300, после того как лично посетил учения подводных сил на Балтике.

Это отнюдь не была полная победа Деница, чьи стратегические воззрения требовали отдать 75 % тоннажа средним лодкам, а остальное — океанским. Дениц выступал против подводных крейсеров, вооруженных тяжелой артиллерией, и новых малых прибрежных лодок. Редер же просто механически увеличил количество существующих лодок, сохранив первоначальные пропорции Z-плана: 15 % подводных крейсеров, 27 % океанских лодок, 42 % средних лодок, 16 % прибрежных.

Хотя Дениц добивался увеличения размеров своего подводного флота, он замедлил исследовательские работы по созданию нового двигателя для лодок — газовой турбины Вальтера на перекиси водорода. Необходимость немедленно ускорить строительство надводных кораблей и сложности, сопровождающие создание совершенно нового двигателя замедляли работы. Одной из стратегических идей Деница было постоянное дислоцирование лодок в океане, но в эти летние месяцы пришлось от него отказаться.

Планирование осложнилось весной 1939 из-за новых разногласий с Люфтваффе. В начале 1937 Геринг начал поговаривать о том, чтобы забрать в случае войны оперативный контроль над авиацией флота. В январе 1939 он сумел добиться пересмотра соглашения 1935 года. В совместном меморандуме после совещания Геринг и Редер объявили о создании нового поста — Генерал Люфтваффе при Главнокомандующем ВМС. Люфтваффе брали на себя минные постановки (при консультации с флотом), воздушные атаки вражеских кораблей в море, воздушную разведку при подготовке к бою и выделение авиации для действий в бою по требованию флота. Флот сохранял за собой воздушную разведку вообще и тактическое руководство воздушными силами в бою. Для этого Люфтваффе выделяли 9 эскадрилий дальних разведчиков, 18 многоцелевых эскадрилий, 12 авианосных эскадрилий, 2 эскадрильи бортовых гидросамолетов. Люфтваффе для использования на море должны были иметь 13 бомбардировочных эскадр. Все самолеты должны были строиться с учетом требований моряков. Была создана структура двойного подчинения. А с началом войны, когда Люфтваффе полностью увязли в боях над сушей, ситуация еще более усложнилась.

Иностранные дела на военно-морское планирование влияния почти не оказывали. Агрессивные действия Гитлера уравновешивались миролюбивыми заявлениями и дипломатическими маневрами. Речь о мире во время спуска "Бисмарка" в феврале 1939 резко контрастировала с захватом у Литвы Мемеля в марте того же года. В этих событиях принимал участие и флот. В апреле Гитлер разорвал Англо-Германский морской договор, не консультируясь с Редером. Этот бессмысленный и провокационный поступок флотское руководство восприняло как ясное указание на неизбежность войны с Великобританией. Но Редер хотя и был удивлен и встревожен, снова поверил заявлениям Гитлера. Кораблестроительные программы не изменились. В апреле Италия вторглась в Албанию, на что последовал совместный англо-турецкий договор о взаимопомощи. На это последовало заключение "Стального пакта", хотя на переговорах выявилась неготовность Италии вступить в войну ранее 1942.

Воинственную речь Гитлера, которую он произнес 23 мая перед своими офицерами, Редер всерьез не воспринял. Она была полна противоречий, а кроме того Гитлер утверждал, что Британия не станет воевать из-за Польского Коридора. Всю весну и начало лета Редер напоминал Гитлеру, что нужно удержать Англию в стороне от европейского конфликта. И Гитлер заверял его, что так и будет сделано. Но в речи 22 августа Гитлер ошарашил офицеров, заявив о подписании Советско-Германского пакта о ненападении. Он сказал, что Англия и Франция ничего не предпримут, и Польша изолирована. Редер снова поверил, что угрозы войны не существует, хотя и предупредил Гитлера, что в новом кризисе англичане могут и не отступить.

Тем временем началась подготовка к переводу флота в состояние повышенной готовности и отправке кораблей в море. Ничего необычного в этом не было.

Война началась внезапно. 1 сентября 1939 года германские войска атаковали Польшу. Франция и Великобритания вступили в войну через 2 дня. "Надводный флот не сможет сделать больше, чем просто показать, что он знает, как нужно умирать отважно", — писал гросс-адмирал Эрих Редер, когда рухнули все его планы. Однако это мрачное пророчество не стало основой для действий немцев. Как только прошел первый шок, Редер и его штаб начали готовить активные действия.

Организация ВМФ требовала совсем небольших изменений, чтобы перейти на военные рельсы. Непосредственно под руководством Редера Штаб РВМ занимался стратегическим и оперативным планированием и прямым командованием рейдерами и их системами разведки и снабжения. Ниже штабных структур находились оперативные командования — Группы "Вест" и "Ост", которые отвечали за проведение морских операций и безопасность побережья. Большая часть крупных кораблей находилась в Северном море, и командующий флотом подчинялся Группе "Вест". Но в ходе особо важных операций Редер принимал командование лично на себя, что приводило к некоторому беспорядку и трениям в системе командования, особенно на первых этапах войны. Дениц в октябре был произведен в контр-адмиралы и командовал подводными силами. На этом посту он подчинялся только Штабу РВМ. Использование отдельных кодов подводными лодками вынуждало надводные корабли связываться с ними через Берлин. И это было не единственным недостатком системы.

В первый же день военных действий против Великобритании Редер встретился со своим штабом, чтобы пересмотреть планы флота в новой обстановке. В результате родился сильно сокращенный "План Z". Линкоры типа "Дойчланд", один из которых уже находился в море, должны были атаковать британское судоходство. 2 линейных крейсера должны были оставаться в Северном море — их присутствие там связало бы британские линейные крейсера и линкоры, ослабив потенциальное сопротивление рейдерам. Люфтваффе и минное заграждение (названное Западным Валом) в Германской бухте должны были предотвратить любые попытки союзников приблизиться к германским берегам и нарушить коммуникации в Скагерраке. Предусматривались стремительные рейды в районы Норвегии и Шетландских островов и к исландским проливам. Это заставило бы англичан разбросать свои силы.