5 июня в 4.50 пришел приказ адмирала Ямамото: “Выпустить 4 торпеды Тип 93 с дистанции 1000–1500 метров”. “Акаги” затонул в 5.00. Официально считается погибшим 221 человек. Это очень мало, учитывая пожары и взрывы, имевшие место. (Нормальный экипаж составлял. 1630 человек, в том числе 63 человека штаба Нагумо.) Спасшиеся были переведены на линкор “Муцу”.

Атака и потопление “Kara” были похожи на происшедшее с “Акаги”. Внезапно из облаков на него вывалились 9 пикировщиков. Так как все сосредоточили внимание на торпедоносцах, наблюдатели слишком поздно заметили пикировщики “Энтерпрайза”. “Kaгa” круто повернул вправо и поставил плотную огневую завесу. Однако он получил попадания 4 бомбами. Первая взорвалась в кормовой части, вторая и третья вблизи носового элеватора, последняя в центре полетной палубы. Носовая часть корабля была окутана дымом пожаров и взрывающихся боеприпасов. Когда начали падать первые бомбы, капитан приказал поворачивать. Это был его последний приказ. Третья бомба взорвалась прямо перед мостиком, разнеся стоящие там самолеты, уничтожив саму полетную палубу и убив почти всех на мостике, в том числе капитана. Последняя бомба прошла на ангарную палубу и взорвалась там с ужасной силой. На полетной палубе истребители закончили перевооружение, но не успели взлететь. Командир боевой летной части Такахиса Амагаи, находившийся на мостике, не получил серьезных ранений и принял на себя командование кораблем. Было сделано все возможное, чтобы погасить пожары, однако они были слишком сильны даже для углекислотных огнетушителей. Когда Амагаи решил, что пожары невозможно взять под контроль, он в 13.25 приказал перенести портрет императора на эсминец “Хагикадзэ”. Он также решил снять команду и поделал нескольких человек в машинное отделение сообщить об этом, так как телефонная связь отказала. Но пожары были такими сильными, что никто не сумел пробиться вниз.

Около 17.00 был отдан приказ “Покинуть корабль”. Эсминцы “Хагикадзэ” и “Майкадзэ” сняли уцелевших. В 18.00 Ямамото приказал 4 ДЭМ (“Араси”, “Хагикадзэ”, “Новаки”, “Майкадзэ”): “Ожидать приказов и охранять “Kaгa”. Позднее он передал: “Вы образуете ударное соединение и отвечаете за “Kaгa” и “Сорю”. Наконец, в 19.25 взорвалось носовое бензохранилище, и “Kaгa” затонул. Его обычный экипаж составлял 1708 человек, но, как всегда точное количество людей на борту осталось неизвестно. Считается, что погибли около 800 человек, большей частью машинная команда.

Среди всеобщего замешательства, вызванного атаками базовой и авианосной авиации против Ударного Авианосного Соединения, “Хирю” и его охранение оказались чуть севернее 3 пострадавших авианосцев. Поэтому “Хирю” остался цел и сумел выслать 2 группы самолетов для атаки “Йорктауна”, который сам оторвался от Оперативного Соединения 16. Обе японские ударные волны добились попаданий, но в то же время понесли огромные потери. Всего на авианосце осталось 5 пикировщиков, 4 торпедоносца и 6 истребителей, которые патрулировали в воздухе. Командир “Хирю” капитан 1 ранга Каку знал, что поблизости находятся еще несколько американских авианосцев, хотя не знал, сколько именно. Поэтому Каку запланировал третью атаку. Сначала она была назначена на 16.30, потом ее отложили до 18.00, чтобы люди успели поужинать. Эта задержка оказалась роковой.

Когда летчики “Хирю” ужинали, со стороны солнца внезапно выскочили 13 бомбардировщиков, еще 11 атаковали линкоры и крейсера сопровождения. Атака была абсолютно внезапной. Прозвучала боевая тревога, и “Хирю” начал маневр уклонения. Первые 3 бомбы прошли мимо, но потом авианосец подряд получил 4 попадания. Первый взрыв швырнул плиту носового элеватора прямо на мостик. Все 4 бомбы легли кучно: 2 в средней части полетной палубы, 2 — впереди мостика. Полетная палуба была практически уничтожена. В нескольких местах вспыхнули пожары. Начали взрываться бомбы и торпеды, валявшиеся на ангарной палубе, и вызвали серьезные разрушения. Но, несмотря на повреждения, авианосец сохранил скорость 30 узлов.

Вся команда, кроме артиллеристов, была брошена на тушение пожаров. Однако их возможности были ограниченными, так как большая часть противопожарных средств погибла. Люди начали таскать воду в ведрах. “Хирю” шел в центре круга диаметром 10 миль, образованного кораблями охранения. 4 эсминца подошли к борту авианосца, заливая огонь из шлангов. Корабль еще держал 28 узлов, хотя отважная машинная команда была обречена.

Наконец пламя прорвалось на нижние палубы, и машины встали. Механики предприняли отчаянную попытку спастись, так как из-за жары и огня больше не могли оставаться на своих постах. Однако стальные плиты отсеков разогрелись докрасна, и спастись сумели немногие. Корабль начал принимать воду, и вскоре получил крен 15°. Примерно в 1.58 прогремел взрыв, после которого пожары вспыхнули с новой силой. Стало ясно, что корабль уже нельзя спасти. Капитан 1 ранга Каку, получив разрешение командира 2 дивизии авианосец контр-адмирала Ямагути, державшего флаг на “Хирю”, в 2.30 приказал экипажу готовиться покинуть корабль. Экипаж собрался в 2.50, Каку и Ямагути спустились с мостика. Портрет императора был вручен одному из лейтенантов, обязанному сохранить его в целости.

Произошла очень волнующая сцена. Каку и Ямагути произнесли трогательные речи, убеждая людей, что победа придет и уверяя, что никто не повинен в гибели корабля. Потом оба офицера обменялись ритуальными чашками воды. Флаг был спущен и экипаж запел национальный гимн “Кимигаё”. Наконец в 3.15 капитан приказал экипажу покинуть корабль. Первым был офицер, несущий портрет императора. Потом и остальной экипаж перешел на эсминцы “Кадзэгумо” и “Макигумо”. Капитан 1 ранга Каку и адмирал Ямагути остались на борту и не разрешили своим штабным офицерам сделать то же самое. Презирая опасности, они несколько минут любовались красотой луны, а потом спустились в свои каюты и совершили харакири.

Последний приказ Ямагути адресовал эсминцу “Макигумо” — торпедировать “Хирю”. Эсминец выпустил 2 торпеды, но только 1 из них попала в цель. Решив, однако, что теперь авианосец обязательно затонет, эсминец повернул назад, чтобы присоединиться к легкому крейсеру “Нагара”, на котором теперь находился адмирал Нагумо. Но рано утром разведывательный самолет с легкого авианосца “Хосё” обнаружил, что “Хирю” все еще держится на воду, а на палубе видны люди, размахивающие фуражками. Когда адмирал Нагумо получил это сообщение, он отправил эсминец “Таникадзэ” в указанную точку спасти людей. Однако “Таникадзэ” был атакован самолетами с Мидуэя и сильно запоздал, к этому времени “Хирю” уже затонул. Эсминцы оставили на борту авианосца около 70 человек. 35 из них спаслись, так как сумели спустить шлюпку и были позднее подобраны американским эсминцем. Кроме того, спаслась часть японских пилотов. После гибели авианосцев они были вынуждены садиться на воду, и 27 человек были подобраны американскими кораблями и летающими лодками. Всего на “Хирю” погибли 416 человек, большей частью машинная команда.

К 10.30 4 июня 3 из 4 авианосцев японского Ударного Авианосного Соединения были небоеспособны. Однако уклонившийся к северу “Хирю” оставался в строю. Японские разведывательные самолеты обнаружили американские авианосцы, но неправильно определили их координаты. Так как “Йорктаун” адмирала Флетчера оторвался от “Энтерпрайза” и “Хорнета”, японские разведчики донесли нечто вроде “от 1 до 4 авианосцев”. (4 у них получилось из-за двойного счета кораблей ОС 16.) Хотя быстрая потеря 3 авианосцев была нокаутирующим ударом, японские штабные офицеры полагали, что эти атаки серьезно подорвали мощь американских авиагрупп. Адмирал Нагумо считал, что бой еще можно свести к приемлемому результату, а то и вообще победить. К нему подходили мощные подкрепления, 2 Флот вице-адмирала Нобутакэ Кондо мчался к месту боя со скоростью 28 узлов, а в 200 милях позади него находился Объединенный Флот адмирала Ямамото. Каждое соединение имело по 1 легкому авианосцу. Можно было отозвать авианосцы “Рюдзё” и “Дзуньё” с Алеутских островов. Адмирал Ямамото пока не отказался от идеи захватить Мидуэй или навязать американцам решающее сражение. Но теперь его планы целиком зависели от “Хирю”.