Сначала штаб японской армии отвергал идею захвата Мидуэя. Армия опасалась, что это неизбежно повлечет за собой атаку Оаху и оттянет войска с южного направления. Флот утверждал, что такая задача не ставится, и от армии не потребуют высаживаться на Гавайях. Ямамото упрямо стоял на своей давнишней точке зрения: Япония проиграет затяжную войну. Единственная ее надежда заключается в генеральном сражении в течение первых 6 месяцев. Если будет уничтожен американский Тихоокеанский флот, это может привести к переговорам о мире. Но это мнение почти никто не разделял. Операция против Мидуэя (операция MI) была наконец утверждена 5 апреля. Она, включала набег Датч-Харбор и оккупацию Киски и Атту в группе Алеутских островов (операция AL) в качестве отвлекающего маневра.

Адмирал Нимитц столкнулся с новой угрозой. Тихоокеанский флот уступал японцам в кораблях и самолетах, но обладал ценным секретным оружием. Японский военно-морской код JN-25 был расшифрован. Поэтому американский флот знал о предстоящим действиях японцев и мог подготовиться к ним. Именно это знание помогло Оперативному Соединению 17 сорвать операцию МО. Американцы знали, что затевается нечто в центре Тихого океана и на Алеутах в конце мая — начале июня. Поэтому они немедленно отправили тяжелый авианосец “Йорктаун”, поврежденный в Коралловом море, в Пирл-Харбор на ремонт. История ремонта “Йорктауна” совершенно невероятна. Когда он пришел в Пирл-Харбор 27 мая, было определено, что ремонт потребует 90 дней. Однако на него направили 1400 рабочих, которые трудились круглые сутки. Авианосец смог выйти из Пирл-Харбора в 9.00 30 мая. Тяжелые авианосцы “Энтерпрайз” и “Хорнет” из ОС 16 были спешно переброшены с юга Тихого океана в Пирл-Харбор. Командование ОС 16 перешло от вице-адмирала Уильяма Ф. Хэлси, который заболел, к контр-адмиралу Раймонду Э. Спрюэнсу. Были приняты все возможные меры для укрепления обороны Мидуэя 6 крепостной батальон морской пехоты был усилен. Теперь на Мидуэе находилось околб 3000 солдат. Большие силы подводных лодок и гидросамолетов были выдедены для разведки, а маленький остров был буквально забит всем, что могло пригодиться при обслуживании самолетов.

Для американцев было жизненно важным сохранить в полной тайне все происходящее в Пирл-Харборе. Так как “Йорктаун” исчез после боя в Коралловом море, то японцы решили, что он потоплен или, по крайней мере, надолго вышел из строя. У них не было достоверной информации и об остальных американских авианосцах. Они считали вполне вероятным, что во время атаки вблизи острова не будет ни одного такого корабля. А для адмирала Ямамото было исключительно важно получить такую информацию. В марте была начата операция К — попытка следить за ситуацией в Пирл-Харборе. Дальняя подводная лодка типа “I” была отправлена к рифам Френч Фригит. Там она заправляла большую летающую лодку “Каваниси”, которая потом совершала разведывательный полет над Пирл-Харбором, Однако с 27 по 30 мая подводная лодка не смогла выйти в назначенное место рандеву. Американский флот, обнаружив, как японцы используют рифы Френч Фригит, расположил там танкер и 2 эсминца. И японцы лишились возможности использовать летающие лодки в критические дни ремонта “Йорктауна”. Операция К была отложена до 30 мая, и японский флот у Мидуэя так и не получил точной информации о силах американцев.

Но в данных японской разведки была еще одна дыра. 13 подводных лодок типа “I” должны были образовать дозорную линию между Пирл-Хабором и Мидуэем с целью разведки и атаки американских кораблей. Однако они прибыли после того, как ОС 16 и 17 оказались возле Мидуэя. В результате, японские адмиралы оказались в полнейшем неведении относительно присутствия поблизости американских авианосцев. Ударное Авианосное соединение Нагумо должно было прибыть к Мидуэю первым. Оно вышло из Хасирадзима 27 мая в 4.00. Чуть позднее вышли Главные Силы Объединенного Флота под командованием адмирала Ямамото и 2 Флот вице-адмирала Кондо. Если те, кто не нес ответственности командующих, ожидали легкой победы, вице-адмирал Нагумо считал иначе. Он командовал авианосцами с 7 декабря, поэтому отлично знал, что им требовался срочный и серьезный ремонт. Ямамото понимал, что он в очередной раз ставит на карту все. Но на сей раз он не мог оценить шансы, так как не располагал никакой информацией о противнике. Однако он верил, что если война будет выиграна, это произойдет именно в этом сражении. Он страдал от расстройства желудка, но никого не беспокоил своими проблемами и сомнениями.

На следующий день Сайпан покинули транспорты с войсками в сопровождении “Исудзу” и 10 эсминцев. Соединение Поддержки Оккупации 2 Флота покинуло Гуам. 29 мая вышли все остальные корабли. 71 военный корабль Императорского Японского флота направлялся к крохотному клочку суши в центре Тихого океана. На следующий день была отменена операция К, и теперь Ямамото мог полагаться только на то, что заметят его собственные корабли и самолеты. Скверные радиоприемники адмирала Нагумо не приняли сообщение, что операция К прекращена, поэтому он ждал, что летающие лодки сообщат ему о месте и составе американских авианосных соединений. А пока он не знал абсолютно ничего. 3 июня вышло соединение, которое должно было предпринять диверсию на Алеутских островах (числа приведены к западу от линии смены дат).

Утром 4 июня был установлен первый контакт. PBY с Мидуэя заметила в 670 милях от острова несколько кораблей Эскортных Сил 2 Флота. Позднее в тот же день В-17 атаковали транспорты, но безуспешно. Вечером конвой был атакован еще раз. Танкер “Акэбоно Мару” получил торпеду в носовую часть, но смог следовать дальше. Транспорт “Киёдзуми Мару” был обстрелян самолетами. Теперь Ямамото знал, что операция больше не является тайной. Впрочем, он этого и не ожидал. Его волновал другой вопрос: чем ответит американский флот?

План адмирала Ямамото был прост. Его авианосцы на рассвете 4 июня атакуют Мидуэй под прикрытием 2 быстроходных линкоров, 2 тяжелых и 1 легкого крейсеров и 12 эсминцев. Однако если разведывательные самолеты, подводные лодки или летающие лодки операции К обнаружат американские корабли, тогда удар будет нанесен по ним. После уничтожения всех американских кораблей удары по Мидуэю будут возобновлены. Если завяжется бой с американскими соединениями, или сопротивление Мидуэя будет более упорным, чем предполагалось, тогда можно будет использовать мощный 2 Флот адмирала Кондо, находящийся в 200 милях западнее. Он либо уничтожит остатки американского флота (желательно в ночном бою), либо обстреляет Мидуэй. Если не будут обнаружены американские корабли на первой стадии, то, как ожидал Ямамото, после вторжения противник будет вынужден бросить к Мидуэю все имеющиеся силы. И тогда, располагая значительным преимуществом, Объединенный Флот навяжет американцам бой и разобьет их.

Морская стратегия еще не отработала боевых порядков флота в авианосных боях. Если бы японский флот не тяготел к доктрине дробления сил, Ямамото смог бы обеспечить своим авианосцам значительно более мощное прикрытие. Он также мог бросить все свои авианосцы в атаку против Мидуэя. В этом случае он мог бы использовать “Дзуйхо” (24 садета), “Хосё” (19 самолетов), гидрравианосцы “Титосэ”, “Тиёда”, Камикава Мару” и “Ниссин”. И если бы он не пытался отвлечь американский флот диверсией на севере, он мог добавить к своим силам “Рюдзё” (37 самолетов), “Дзуньё” (53 самолета) и гидроавианосец “Кимикава Мару”.

Однако Нагумо по-прежнему не подозревал, что вблизи Мидуэя находятся значительные американские силы. Впрочем он полагал, что ели таковые и окажутся неподалеку, его 4 огромных авианосца разделаются с противником без труда. Ямамото, хотя и был апологетом авианосной войны, продемонстрировал ярко выраженные черты линкорного адмирала. Диспозиция сил показывает, что он надеялся на решающую битву, которую будут вести эскадры Кондо и его собственная, и будет эта битва ночной артиллерийской дуэлью. Его Объединенный Флот, Главные Силы, легко мог успеть на помощь Кондо, если это потребуется. Так как ни одна сторона не практиковала ночных посадок на авианосцы, этими кораблями предпочитали не рисковать.