29 октября на мине подорвался миноносец «Бдительный». Он шел вдоль берега Тигрового полуострова, возвращаясь из бухты Белый Волк, и вел на буксире миноносец «Сердитый», у которого не были разведены пары. Под кормой «Бдительного» взорвалась мина. Кормовая часть сильно деформировалась, мгновенно затопило два отсека, но переборка между командным и кондукторским кубриками осталась цела. «Бдительный» остался на плаву, его взял на буксир подошедший миноносец «Статный» и привел в гавань. Потерь на «Бдительном» не было. Но отремонтировать миноносец до начала осады Порт-Артура не удалось.

Несколько кораблей потеряли и японцы. 21 августа миноносец «Хаятори» погиб на мине в двух милях к югу от мыса Лунвантань недалеко от Порт-Артура. 5 сентября в полутора милях к западу от острова Айрон подорвалась и погибла на мине броненосная канонерская лодка «Хей-Иен» (бывший китайский броненосный крейсер «Пин-Юань»). Погибло 198 человек. 24 октября к юго-западу от Порт-Артура в тумане наскочила на скалу и затонула канонерская лодка «Атаго». 17 ноября подорвался на мине к северу от бухты Голубиная бронепалубный крейсер «Сайен» (бывший китайский «Цзи-Юань»). Погибло 38 человек включая капитана.

Для усиления сухопутной обороны крепости флот выделил 284 орудия и большое количество боеприпасов. Так, например, с «Победы» было снято две 152-мм, четыре 75-мм, две 47-мм и пять 37-мм пушек, а также пять прожекторов. Для обслуживания матчасти было откомандировано 56 человек команды. Кроме того, команде «Победы» передали на обслуживание одно 254-мм орудие, установленное на Электрическом утесе.

Броненосец «Пересвет» сдал на сухопутный фронт три 152-мм, две 75-мм, две 47-мм и четыре 37-мм пушки и три прожектора. Для их обслуживания с «Пересвета» было отправлено 103 человека.

Броненосец «Ретвизан» передал сухопутному фронту две 152-мм, четыре 75-мм, девятнадцать 47-мм, двадцать пять 37-мм пушек и два пулемета, а также четыре прожектора. Для обслуживания орудий и прожекторов с броненосца на сухопутный фронт ушло 170 моряков.

С броненосца «Севастополь» было снято шесть 152-мм, одна 120-мм, шесть 2,5-дюймовых, четыре 37-мм и три 47-мм пушки и три прожектора. На берег сошло 123 человека личного состава броненосца. Одновременно на корабле велись работы по исправлению повреждений, полученных 28 июля, а также выделялись люди и средства на тральные работы.

Орудиями с броненосца «Полтава» предполагалось укомплектовать участок обороны от реки Лунхэ до укрепления № 4. С «Полтавы» были сняты одно 152-мм, одно 120-мм, двенадцать 75-мм, двадцать четыре 47-мм, десять 37-мм орудий, две десантные пушки, два пулемета, три прожектора и 212 человек экипажа для их обслуживания.

7 сентября японцы заняли часть Длинной горы и теперь могли просматривать часть внутреннего рейда и корректировать огонь своих 120-мм пушек. 15 сентября в «Победу» попало пять снарядов, повредивших небронированные части корабля. Один матрос погиб и один был ранен. 16 сентября в броненосец попал один снаряд, а на следующий день — восемь.

Броненосец «Пересвет» в первых числах сентября получил семнадцать попаданий.

Артиллерия кораблей, в свою очередь, периодически вела огонь по позициям японцев. К примеру, броненосец «Ретвизан» 3 августа сделал 17 выстрелов 305-мм снарядами и двадцать пять — 152-мм, а 9 августа — 69 выстрелов 152-мм снарядами, 13 августа — семнадцать выстрелов 305-мм и семь — 152-мм снарядами. «Севастополь» с 1 по 9 августа выпустил 24–305-мм и 104–152-мм снаряда.

Первым броненосцем, потопленным на рейде Порт-Артура, стала «Полтава». Причем японцы потопили его случайно, промахнувшись в ходе обстрела «Ретвизана». 22 ноября в 13 ч 30 мин снаряд 11-дюймовой гаубицы попал в левый борт броненосца и, пробив броневую палубу, разорвался в погребе 47-мм снарядов, вызвав детонацию 2100 снарядов. Начался сильный пожар. Система затопления погреба была повреждена еще во время предыдущих бомбардировок. Погреб стали заливать, пропустив шланги через элеватор и вентиляционные шахты. Но толку от этого не было никакого, так как дно и переборки погреба были пробиты осколками и вода, не задерживаясь в погребе, свободно вытекала в коридор гребного вала. От сильного жара воспламенились 40 полузарядов учебных 12-дюймовых снарядов, находившихся в смежном погребе. Около 2 ч дня эти полузаряды взорвались, разрушив переборки и повредив водонепроницаемость дверей и кормовых отсеков пожарных труб.

Увидев на «Полтаве» пожар, командир спасательного буксира «Силач» сразу же подошел к броненосцу, пришвартовался к борту и бросил свою команду на борьбу с огнем. Все шланги буксира были направлены в кормовое подбашенное отделение «Полтавы», но пожар продолжал бушевать.

От большого количества разлившейся по корме воды у «Полтавы» образовались дифферент на корму и крен на правый борт. Для уменьшения крена затопили левые бортовые коридоры, после чего броненосец совершенно потерял запас плавучести и затонул на глубине Им, погрузившись в воду по верхнюю палубу с креном в 2,5° на полубак.

Следующей жертвой 11-дюймовых японских гаубиц стал «Ретвизан». Как уже говорилось, японцы 22 ноября с 10 до 15 ч вели обстрел «Ретвизана» из 11-дюймовых гаубиц. Первый снаряд попал в шканцы броненосца, пробил палубу и разорвался в каюте командира, осколками пробив борт и переборки каюты и оторвав ствол у одной 75-мм пушки. Два снаряда попали в броню левого борта, оставив только вмятины. Четвертый снаряд пробил навесную палубу и разорвался в верхней батарее, не причинив серьезных повреждений. Пятый снаряд, попавший в коечную сетку на кормовом верхнем мостике, также особых повреждений не нанес. Шестой снаряд попал в шканцы правого трапа и разбил кнехт. Седьмой снаряд пробил подводную часть левого борта и междубортное отделение и, разорвавшись в погребе № 6, повредил осколками переборки. Восьмой снаряд попал в коечную сетку на продольном мостике.

23 ноября японцы возобновили обстрел «Ретвизана». Около 9 ч утра три 11-дюймовых снаряда попали в левый борт ниже ватерлинии. Через образовавшиеся пробоины хлынула вода, и броненосец получил крен на левый борт. Четвертый снаряд попал в 4-ю кочегарку, в котлах которой были пары. Три матроса получили осколочные ранения и были обварены паром. Работу котлов пришлось прекратить.

Еще два снаряда попали в 6-й машинный погреб, пробив переборки и сорвав с петель броневые и водонепроницаемые двери. Осколки снаряда повредили пожарную помпу. Погреб быстро наполнился водой.

Один снаряд попал в навесную палубу, пробил каземат правого кормового 152-мм орудия и жилую палубу и разорвался около элеватора машинного погреба № 5. Вспыхнул пожар, который усилился от последующих попаданий в жилую палубу, где загорелись вещи и мебель. Пожарная магистраль была перебита, и пожар тушили брандспойтами и ведрами.

В броню левого борта попало несколько снарядов, не причинив повреждений. Через подводные пробоины в броненосец поступала вода. От сотрясений разошлись трещины старой пробоины. Двери и водонепроницаемые переборки во многих местах были разрушены, и вода разливалась по всему кораблю. Водоотливная система не действовала, да и откачивание воды уже не имело смысла.

В 16 ч 05 мин броненосец «Ретвизан», погружаясь левым бортом, опустился на грунт. Во время прилива вода едва доходила до верхней палубы корабля. Убедившись, что броненосец затонул, капитан 1 ранга Щенснович приказал выгружать из еще незатопленных погребов снаряды, заряды, продовольствие и вещи команды.

К 7 ч утра следующего дня продовольствие и вещи матросов были свезены на берег на четырех портовых баркасах. Снаряды и заряды погрузили на баржи и отправили на склады минного городка. В 8 ч утра 24 ноября «Ретвизан» был покинут экипажем.

23 ноября пять 11-дюймовых снарядов попали в броненосец «Пересвет». Первый, пробив палубы, разорвался в механической мастерской. Второй пробил носовой кочегарный кожух, но не разорвался и остался на верхней палубе. Третий пробил котел в носовой кочегарке и также не разорвался. Четвертый попал в тросовое отделение, разорвался там и пробил корпус корабля в подводной части. Пятый снаряд, пробив офицерский камбуз, разорвался в кормовом кочегарном кожухе.