После столкновений с местными бурятами, которые закончились в пользу казаков, на построенных стругах К. Иванов послал отряд из 36 казаков во главе с Семеном Скороходом вдоль северного берега озера. Скороход достиг северной оконечности озера и открыл устье Верхней Ангары, где поставил зимовье. В конце 1643 г. с половиной отряда Скороход прошел по льду почти до устья р. Баргузин и со своими спутниками погиб в бою с бурятами. Казаки, оставшиеся в зимовье в устье Верхней Ангары, были осаждены бурятами, но через полгода сумели вырваться из осады и летом 1644 г. добрались до Братского острога.

Курбат Иванов, базируясь на Ольхон, объясачил прибайкальских бурят, которые добровольно согласились принять русское подданство. К середине сентября он составил «чертеж Байкалу и в Байкал падучим рекам и землицам» — первую карту-чертеж Байкала, который, к сожалению, не сохранился (18, с.282). До весны 1645 г. он собрал еще ряд сведений о Прибайкалье и составил уже карту-чертеж Верхней Лены и Байкала.

Безусловно, уникальная природа Байкала произвела неизгладимое впечатление на казаков-первопроходцев, вероятно такое же, как на видного церковного деятеля XVII в. протопопа Аввакума, проведшего в ссылке в Тобольске и Даурии 10 лет, с 1653 по 1663 г., и вспоминавшего о пребывании на Байкале в написанном им «Житии»:

Скала Шаманка на озере Байкал — обитель местных бурятских шаманов. Фото Н. Федорова

В 1643 г. из Енисейска на Байкал для поиска залежей серебряных руд был отправлен атаман Василий Колесников во главе отряда из 100 казаков. В конце года он вышел к северному берегу озера и зимовал в остроге, поставленном близ истока Ангары. Летом 1644 г. он прошел на стругах до устья Верхней Ангары и на месте зимовья поставил острог. Именно оттуда, вероятно, в следующем 1645 г. он отправил для розыска «новых землиц» в Забайкалье казака Константина Ивановича Москвитина с тремя казаками. По льду озера на нартах под парусом они достигли Баргузинского залива, а затем поднялись вверх по долине р. Баргузин. Проводники из местных жителей повели казаков через Икатский хребет на восток. Путь был исключительно тяжелым, так как в горах лежал снежный покров толщиной более 2 м.

Москвитин вышел к истокам Витима и повернул на юг. Затем через топкие и болотистые места в районе Еравнинских озер он достиг истоков р. Уды, а по ней и Селенги. Казакам не удалось обнаружить залежи серебряных руд. В Монголию их не пустили, но Москвитин принес известие о р. Онон, до которой оставалось шесть дней езды, по ней на стругах за шесть дней можно было добраться до р. Шилки, которая впадает в «Студеное море». Он узнал, что эта река велика и по ней живут оседлые люди, выращивавшие хлеб и овощи (18, с.283).

Из-за самоуправства атамана Василия Колесникова в 1644–1647 гг. отношения казаков с местными бурятами резко обострились. Так как от него в Енисейск не поступало никаких сообщений, то ему на помощь в конце мая 1647 г. был направлен сын боярский Иван Похабов во главе отряда в 100 казаков. Похабов не был новичком в Забайкальских краях. В 1644 г. он первый с 30«охочими» людьми побывал на Нижней Селенге и сособрал там ясак.

Панорама Иркутска. С гравюры XVIII в.

Похабов прошел вдоль западного и южного берегов озера и прибыл на Селенгу. Его поход сопровождался многочисленными стычками с бурятами. Требование Похабова по вторичной уплате ясака привело к продолжению сопротивления со стороны местных бурятов на Нижней Селенге и Уде. Только в 1655 г. буряты окончательно сложили оружие. Возвратившись на Байкал, Похабов основал острог в районе юго-западной части озера.

В 1648 г. отряд енисейского казачьего атамана Ивана Галкина прошел вдоль восточного берега Байкала к устью р. Баргузин и примерно в 50 км от него летом заложил Баргузинский острог, ставший основной базой для дальнейшего продвижения первопроходцев в Забайкалье. В следующем году он собрал ясак с эвенков, живших по притокам Верхнего Витима и в районе Еравнинских озер. Он, а может быть только его казаки, побывали в долине р. Муи, левого притока Среднего Витима. Несколько направленных им на восток от Еравнинских озер казаков перевалили Яблоновый хребет и вышли на р. Шилку, но нехватка продуктов заставила их в 1650 г. вернуться. Их рассказы пополнили даннные, собранные к этому времени русскими первопроходцами об огромной р. Шилке — Шилкаре (Амуре), текущей на восток к неведомому морю.

В середине ХVІІ в. в Забайкалье находилось уже несколько отрядов первопроходцев. Один из них, возглавляемый основателем Якутска сыном боярским Петром Бекетовым в 1653 г. совершил поход на юг вверх по Селенге, а затем повернул на восток и направился по р. Хилок, где основал Иргенский острог (у оз. Иргень) и Шилкинский (в районе будущего Нерчинска).

Вхождение прилегающих к Байкалу земель в состав Московской Руси произошло сравнительно быстро. Дело в том, что, несмотря на первоначальное сопротивление, оказываемое местными племенами первопроходцам, значительная часть коренного населения предпочла опереться на русских в борьбе с набегами монгольских феодалов. Сооружение в районе Байкала цепи укрепленных острогов длительное время обеспечивало защиту русского и коренного населения от вражеских вторжений (2, с.37)

В середине ХVІІ в. русскими был сооружен ряд опорных пунктов (острогов) — это помимо указанных выше Балаганский на Верхней Ангаре, Телембинский на правом притоке Верхнего Витима (1659 г.), Удинский в устье р. Уды (1665 г.), Селенгинский в устье р. Хилок, правого притока Селенги (1665 г.), Нерчинский и другие остроги.

Особое значение для освоения Забайкалья имело создание в 1658 г. у впадения р. Нерчи в р. Шилку военно-административного центра — будущего Нерчинска — с самостоятельным воеводою во главе. Постройка всех этих острогов закрепила за Россией путь в Даурию, путь на Амур.

Окончательное укрепление русских на Байкале связывают с основанием Иркутска. В 1652 г. И. Похабов вначале построил ясачное зимовье на островке Дьячий близ устья Иркута, левого притока Ангары. Через 9 лет на правом берегу Ангары против устья Иркута был поставлен острог, ставший вскоре городом Иркутском, который в следующем столетии превратился в главный город Восточной Сибири.