Перевалив Уральские горы, Сукин должен был построить острог на р. Туре и далее в глубь Сибири не двигаться. Он занял покинутое татарское городище Чимги-Туру (бывшую столицу Тюменского или Сибирского, ханства), но воеводы нашли это место тесным для строительства острога. Тюменский острог — старейший из существующих сибирских городов (теперь г. Тюмень) — был выстроен на новом месте между Турой и Тюменкой в виде четырехугольника. Подходы к нему были защищены обрывистыми берегами Туры и глубоким оврагом. Местные татары покорились без сопротивления и стали платить ясак.
Через год Москва отправила в Тюмень еще 500 служилых людей. Голова Данила Чулков с несколькими сотнями стрельцов поплыл с ними по Туре и Тоболу. Ему не разрешили штурмовать Кашлык, но поручили построить поблизости его острог. Он и выполнил это, поставив в устье Тобола примерно в 20–25 км от Кашлыка ниже по Иртышу Тобольский острог — небольшое деревянное укрепление и несколько изб для служилых людей. Правда, острог поставили на низком месте, которое часто затоплялось в половодье. В 1610 г. Тобольский острог перенесли на правый высокий восточный берег Иртыша против устья Тобола (18, с.254).
С одной стороны гору, на которой строили острог, подпирала р. Курдюмка. Она впадала в Иртыш, образуя мыс, за которым располагалась как бы естественная гавань. Сперва был поставлен совсем небольшой острог. Несколько лет спустя возле старого острога возник посад. Тогда были расширены старые укрепления: воеводы со служилыми людьми срубили город Тобольск и поставили небольшой острог вокруг посада. Этот город называли «Новая Сибирь». Так острог Тобольский стал городом Тобольском, который позже в XVII–XVIII вв. являлся столицей русской Сибири (12, с.611).
Панорама Тобольска
В Кашлыке продолжал сидеть Сеидхан, его поддерживали карачи и хан Казахской орды. Кучум, в свою очередь, опирался на поддержку Бухарского хана. Сеидхан пытался завязать отношения с русским воеводой в Новой Сибири. В 1588 г. Сейдяк с карачи и султаном Ураз-Мухамедом, племянником казахского хана Теввекеля, охотились на берегу Иртыша близ Тобольского острога. Чулков пригласил их к себе на пир и для мирных переговоров.
Когда приглашенные появились у стен Тобольска в сопровождении нескольких сот воинов, то Чулков согласился впустить в крепость не более ста татар и предложил им снять оружие прежде, чем сесть за пиршественный стол. Когда прибывшие татары разместились за столом, то они столкнулись с казаками-ермаковцами. Профессор Р. Г. Скрынников считает, что трудно предположить, будто Чулков сознательно заманил хана в западню. Но казаки не простили караче вероломное убийство Ивана Кольцо. Перебив ханскую охрану, они набросились на знатных гостей и связали их, а затем атаковали стоявшую у стен острога ханскую гвардию и полностью разгромили ее. В бою погиб атаман Матвей Мещеряк, который все же отомстил за гибель побратимов. Сеидхан и казахский султан были увезены в Москву и там определены на царскую службу (12, с.612, 613).
И. П. и В. И. Магидовичи приводят другую версию произошедшего, при которой ермаковцы не являлись инициаторами нападения на гостей: во время пира Чулков стал обвинять гостей в злых замыслах против русских и предложил, чтобы рассеять подозрение, выпить по чаше вина. Гости, как мусульмане, отказались пить спиртное. Тогда их связали, а охрану перебили. Татары, оставшиеся за стенами острога, разбежались (18, с.254, 255). Так или иначе, но вскоре Кашлык опустел, и русские стали единственными хозяевами на Нижнем Иртыше.
Уже в 1590 г. Тобольск, первоначально зависевший от Тюмени, «стал быть собою» (19, с.253). С этого времени московские власти стали вести все сношения с правителями вновь присоединенных к России Сибирских областей только через тобольских воевод. А при царе Федоре Ивановиче воеводам всех сибирских городов предписывалось «обо всяких о тамошних делах обсылатися и писати в Тобольский город к воеводам, чтобы в сибирских городах меж воевод всякие дела были ведомы» (19, с.253).
Старшинство тобольских воевод, несмотря на явное сопротивление этому со стороны воевод других сибирских городов, подтверждено совершенно определенно в наказах царей Бориса Годунова и Василия Шуйского.
После завершения «смутного времени» окончательно складывается Тобольский разряд, в состав которого первоначально входили все города Сибири: Верхотурье, Тюмень, Туринск, Тара, Пелым, Березов, Мангазея, Сургут, Нарым, Томск и остроги — Кетский, Енисейский и Кузнецкий. Несмотря на образование в 1629 г. особого Томского разряда, Тобольск остался первым и главным городом Сибири и главенствовал над Томским разрядом. Главное, Тобольский воевода являлся как бы главнокомандующим всеми сибирскими служилыми людьми.
Летом 1590 г. Кучум совершил набег на свои прежние сибирские владения. Он разграбил ряд селений в районе Тобольска. Его воины в селениях, расположенных выше по Иртышу между Вагаем и Ишимом, поубивали многих татар, согласившихся платить ясак Московскому царю. Все это настраивало против него местное население. Поэтому, когда в 1591 г. тобольский воевода князь Владимир Васильевич Кольцов-Масальский вышел в поход против Кучума, в составе его отряда было множество тобольских татар. Воевода настиг Кучума у Ишима и разбил его войско. Но хан сумел уйти с немногими соратниками в Барабинские степи. Таким образом, уже через 6 лет после гибели Ермака русские сумели вновь овладеть областями по Нижнему Иртышу и Нижнему Тоболу.
Софийский собор в Тобольске
Затем русские отряды двинулись вверх по Иртышу. Воеводе князю Андрею Васильевичу Елецкому был дан наказ: «Идти города ставить вверх Иртыша, на Тару-реку, где бы государю было впредь прибыльнее, чтобы пашню завести, и Кучума-царя истеснить» (18, с. 255). Его отряд из 1500 бойцов состоял из русских стрельцов и казаков, пленной «литвы», 400 поволжских татар и башкир из Уфы, Казани и Свияжска и 550 сибирских татар, из них 300 под командой татарских командиров.
Зимой 1594–1595 гг. была закончена постройка Тарского острога в устье р. Тары, правого притока Иртыша. Затем Елецкий трижды посылал на юго-восток смешанные русско-татарские отряды на поиски Кучума. Сперва отряд из 90 воинов под командой Григория Ясыря прошел вверх по Иртышу примерно 100 км и собрал сведения о р. Оми, выше устья которой в «Черном городке» на берегу Иртыша была ставка Кучума.
Затем отряд из 276 бойцов под командой «письменного головы» Бориса Доможирова поднялся по Иртышу до «Черного городка» и захватил его. Отряд Кучума поспешно бежал. Ранней весной 1596 г. Доможиров с отрядом из 483 бойцов на лыжах вышел в Барабинский поход и покорил районы долин Тары и Оми, прошел до их верховьев и вышел в Барабинскую степь. Из-за оттепели он вынужден был повернуть в обратный путь. За время всех этих походов не было потеряно ни одного человека. В свою очередь, при столкновениях с русскими Кучум терял десятки, а то и сотни своих воинов, но хан не сдавался и не вступал в мирные переговоры, несмотря на то, что добровольно явилась в Тару мать царевича Маметкула, сдались некоторые другие родственники хана и влиятельные мурзы из его двора.
Московские власти все время запрашивали тарских воевод о месте пребывания Кучума и о его замыслах. 9 мая 1598 г. помощник тарского воеводы Андрей Воейков с отрядом в 400 бойцов — русских служилых людей (казаки, стрельцы) и служилых татар — вышел в очередной поход против Кучума. При воеводе находился казачий голова Черкас Александров. Захваченные им «языки» сообщили, что хан кочует на Черных водах и при нем 500 татарских воинов и 50 бухарскиих торговых людей. Пленные подтвердили, что Кучум откочевал на Обь и собирает бойцов, чтобы напасть на Тарский городок. А тут еще до русских воевод дошли сообщения о сосредоточении воинов-калмыков в двух днях пути от кочевий Кучума.