Когда Помпей получил известие о решении народа и поздравления от окружавших его лиц, он сделал вид, что такая честь ему в тягость; с печальным лицом стал он жаловаться на своих врагов, которые не перестают навязывать ему новые труды, в надежде, что он когда-нибудь не вынесет их тяжести. Слышавшие эти жалобы хорошо понимали, как следует смотреть на них; самое страстное желание Помпея было исполнено. Он тотчас же перешел через Тавр, чтобы пожать там, где посеял Лукулл. Как мало обращал он внимания на последнего – это мы уже видели выше. Сосредоточив свои войска, он двинулся против Митридата, который сначала просил мира, но затем, когда ему было предложено сдаться безусловно и выдать перебежчиков, решился биться не на жизнь, а на смерть. Силы Митридата, как и Тиграна, сломлены были Лукуллом; у него оставалось только еще 30 тыс. человек пехоты и 2 тыс. конницы, только почетный караул для великого азиатского царя. Не давая сражение, он отступил перед Помпеем и ушел из своей земли, вероятно, для того, чтобы соединиться с Тиграном в Армении. В Малой Армении, недалеко от Евфрата, за который он старался спастись, но был настигнут римлянами ночью, в одном проходе, почти на том самом месте, где Помпей потом основал Никополь (Город Победы); Митридат потерял все свое войско: 10 тыс. было убито, 10 тыс. взято в плен, остальные разбежались. Царь вместе с 800 всадниками в самом начале сражения пробился сквозь римские войска; но скоро все разбежались, и он остался один, с тремя спутниками, в числе которых была одна из его жен, Гипсикратейя, которая в одежде персидского всадника всюду следовала за царем, заботилась о нем и утешала его. За ее мужество Митридат называл ее Гипсикратом. Мало-помалу вокруг бегущего царя снова собралось несколько человек. Прибыв в Синору, крепость в Малой Армении, где хранилась часть его сокровищ, он разделил между своими людьми драгоценные одежды и выдал им годовое жалованье. Гипсикратейе, одной из своих дочерей, бывшей вместе с ним, и каждому из своих друзей он дал смертоносный яд, который они должны были иметь при себе затем, чтобы никто из них не достался врагу против своей воли. Отсюда с 6 тыс. талантов он поспешил в Армению, чтобы купить покровительство Тиграна; но последний назначил 100 талантов награды за его голову, думая, что Митридат содействовал восстанию против него и его сына Тиграна. Поэтому Митридат поспешил удалиться мимо источников Евфрата в область Колхиду, где и перезимовал в Диоскурии.
Помпей не преследовал бежавшего Митридата, но вторгся в Армению, куда призвал его Тигран Младший, восставший против своего отца. Царь Тигран, видя, что его сыну и Помпею сдается город за городом, без войска, со своими друзьями отправился к Помпею просить мира. Когда он приблизился к римскому лагерю, стоявшему в 16 тыс. шагов от Артаксаты, все его спутники разбежались, и он поехал в лагерь один, без пурпура, только с высокой тиарой на голове и с царской повязкой. Здесь ликторы приказали ему спешиться, так как обычай никому не дозволял въезжать в римский лагерь на лошади. Он повиновался и при этом отдал ликторам свой меч. Явившись к Помпею, он, царь царей, снял с себя диадему, чтобы положить ее к его ногам и преклониться перед ним по азиатскому обычаю. Но Помпей не допустил его до такого унижения, снова возложил на него диадему и повел его в палатку. Здесь он указал ему место рядом с собой, а по другую сторону полководца сидел Тигран Младший, сердясь на то, что его отца еще признают царем. Помпей решил, что царь должен удержать за собой Армению, но отдать своему сыну, который должен ему наследовать, Софену и Гордиену; все остальные страны, завоеванные Тиграном, – Финикию и часть Киликии, Галатию и Каппадокию – он должен уступить Риму и заплатить 6 тыс. талантов военной контрибуции. Этим решением царь был так доволен, что, кроме 6 тыс. талантов, заплатил еще большую сумму для раздачи солдатам. Но молодой Тигран ожидал для себя большего; он не мог скрыть своего неудовольствия, и когда Помпей пригласил его к столу, он отвечал, что для того чтобы получить такую честь, он не нуждается в Помпее, и что он найдет то же самое у каждого римлянина. Так как он позволял себе еще тайные происки и преследовал отца, то Помпей приказал заключить его в оковы и потом взял его с собой в Рим, чтобы вывести его в триумфе.
Часть своих войск Помпей оставил под начальством легата А. Афрания между Евфратом и Араксом, а сам вышел из области Артаксаты к северу и расположился на зимовку около реки Кир (теперь Кура), на юго-восточной границе Кавказа. Это обеспокоило соседние кавказские пароды. Албанцы под начальством князя Оройза совершили набег на римский зимний лагерь, но были храбро отбиты. Царь иберов, Арток, втайне приготовлялся напасть на Помпея весной, когда тот пойдет через его страну в Колхиду, на Митридата; но Помпей разбил его и проник в Колхиду, где находился его флот под начальством Сервилия. В это время Митридат со своим верным войском пробрался по восточному и северному берегу Черного моря, частью по суши, частью на кораблях, в основанное им Боспорское царство, где низложил своего сына Маха, перешедшего к римлянам, и принудил его к самоубийству. Идти вслед за царем через Кавказ для Помпея было слишком затруднительно и опасно; потому он оставил Митридата покуда в покое и, под предлогом восстания албанцев в тылу, вернулся к нижнему течению Киры. По дороге он покорил албанцев и заключил с ними, а также с иберами и другими кавказскими племенами договор, вследствие которого они стали в зависимые отношения к Риму.
Отступив затем в Понтийское царство, покорив и разрушив здесь последние крепости, оказывавшие ему сопротивление, Помпей летом 64 г. отправился в Сирию, которая находилась в безнадежном состоянии. Сирийское царство Селевкидов совершенно распалось; царствующий дом Селевкидов, вследствие постоянных споров из-за престола, утратил свое могущество и значение, и князья арабских племен вместе с мелкими разбойниками бесчинствовали теперь между Евфратом и Средиземным морем. Только иудеи, освободившиеся в 167 г., под предводительством семейства Маккавеев, или Хасмонеев, из-под власти сирийских царей, по-видимому, старались приобрести себе политическое могущество; но внутренние религиозные и политические несогласия между фарисеями и саддукеями, во время пребывания в Азии Лукулла и Помпея, привели к кровопролитным междоусобицам, которые истощали силы нации. Против царя Аристобула, к которому примкнули саддукеи, восстали фарисеи, желая доставить господство его добродушному, но слабому брату Гиркану. Помпей прибыв в эту страну, стал на сторону фарисеев и приказал, чтобы царская власть была отменена, чтобы снова была восстановлена древняя власть первосвященников; Гиркана он сделал первосвященником и правителем. Аристобул покорился, но его фанатические приверженцы удалились на скалу Иерусалимского храма и упорно держались там в продолжение трех месяцев. В одну из суббот храм был взят Помпеем, и те, которые избежали смерти от меча солдат, окончили свою жизнь под топорами ликторов. Страна сделалась зависимой от римлян и должна была платить дань. Помпей сильной рукой положил конец беспорядкам и разбоям во всей Сирии; дом Селевкидов, от которого оставалось еще трое бессильных претендентов на царство, объявлен лишенным престола и Сирия стала римской провинцией.
Когда Помпей, в 63 г., выступил в поход на Петру, главный город набатеев в Аравийской пустыне, неподалеку от Иерихона прискакали к нему вестники, которые, как было видно по лавровым веткам, обвитым вокруг их копий, принесли ему радостную весть. Помпей в это время упражнялся в верховой езде, объезжая свой лагерь, и хотел сначала кончить свои упражнения, а затем принять посольство; но солдаты, столпившись вокруг него, стали осаждать его криками и просьбами, так что он слез с лошади, приказал подать себе письма и отправился в лагерь. Так как из-за недостатка времени солдаты еще не успели построить ораторской трибуны (она делалась обыкновенно из слоев дерна), то они с нетерпеливым любопытством торопливо снесли в кучу седла вьючных животных и устроили из них возвышение, на которое поднялся полководец, чтобы сообщить им новость. В письме заключалось известие, что Митридат умер: из-за восстания своего сына Фарнака он сам лишил себя жизни; Боспорское царство досталось теперь Фарнаку, который в своем письме заявлял, что вступает на престол для себя и для римлян. Войско выслушало это известие с громким одобрением и на радости устроило жертвоприношение и попойки, как будто бы с одним Митридатом погибло много тысяч неприятелей. Фарнак отослал труп отца в Понт к Помпею, который приказал похоронить его в царских гробницах Синопа.