В ту же зиму 51/50 г. Цезарь собрал все свое войско, 10 легионов, на большой смотр в земле тревиров. Впервые после окончания Галльской войны все войско увидело его, любимого полководца, с которым оно достигло таких успехов. Много трудов и опасностей перенесли они в продолжение 8 лет под его начальством; но он сделал для них и много хорошего, и, конечно, от него, так заботливо хлопотавшего о ветеранах Помпея, они могли ожидать в будущем не простого вознаграждения. Их сердца и руки принадлежали ему, он был всемогущей душой войска, оторванного от родины долголетней разлукой и совершенно преданного ему и его делу. Только легат Лабиен, который до сих пор оказывал большие услуги и был отличаем Цезарем, теперь казался полководцу подозрительным. Цезарь сделал его командующим в Цизальпинской Галлии, чтобы дать ему возможность перейти на сторону Помпея И сената, так как он знал, что изменник может вредить, находясь только вместе с ним, а не в числе его противников. Лабиен так и сделал, и Цезарь был настолько великодушен, что переслал ему его деньги и вещи.
В 49 г. началась война с Помпеем. Выше, в биографии последнего, мы уже рассказали, как он, после смерти Красса и Юлии, все более и более отдалялся от Цезаря и в союзе с правительственной партией старался вырвать у него из рук силу, пока, наконец, Цезарь, вынужденный защищаться, не перешел через Рубикон и не овладел за 60 дней всей Италией. Пока Помпей собирал свои боевые силы на Востоке, Цезарь быстро овладел Западом. Сам он оставил за собой Испанию; Сардинию занял его легат Кв. Валерий, Сицилию – Кутион, который в Африке, в борьбе с приверженцем Помпея Аттием Варом и нумидийским царем Юбой, потерял свое войско и жизнь. В то время когда Цезарь был в Испании, в Риме его избрали диктатором; вскоре он сложил с себя эту должность и был избран консулом на 48 г., вместе с П. Сервилием Исаврийским. Затем он переправился в Грецию, и, потерпев неудачу при Диррахиуме, разбил Помпея наголову при Фарсале 9 августа 48 г. «В начале войны римляне опасались, что Цезарь будет свирепо обращаться со своими врагами, как Цинна, грабить их и избивать, как Сулла»; но он во всем проявил величайшую снисходительность и мягкость и этим выиграл не менее, чем удачей своего оружия.
Цезарь весьма поспешно и с небольшим войском преследовал Помпея, бежавшего в Египет. С 35 кораблями, 3 700 человек пехоты и 800 конницы он высадился в Александрии, где убийцы Помпея принесли ему голову убитого. Слезы, выступившие у Цезаря при взгляде на эту голову, были непритворны. Царь Птолемей и его сестра Клеопатра вели друг с другом войну за власть. Цезарь, пленившись прелестями Клеопатры, уладил этот спор и помирил споривших; но Потин, евнух, опекун царя и соучастник в убийстве Помпея, видел, что мир опасен для его собственного существования, и, не доверяя Цезарю, поднял против Цезаря население Александрии, сделав попытку отравить его на пиру, устроенном в честь примирения. Один раб выдал его, и он был казнен. В это время египетское войско, 20 тыс. пехоты и 2 тыс. конницы, под начальством Ахилла, союзника Потина, вступило в Александрию и вместе с гражданами и их рабами напало на Цезаря, который укрепился в одной части города Брухиума и оказался в весьма опасном положении будучи окружен с моря и с суши. Наместник Азии Домиций Кальвин послал ему на помощь один легион; Цезарь удачно ввел этот легион в город, и затем начались сражения на море и на улицах. В одном сражении, происходившем между Брухиумом и островом Фаросом, Цезарю пришлось так плохо, что он вынужден был с частью своих людей отступить на стоявшие неподалеку суда, а так как его судно, переполненное людьми, могло потонуть, то он поплыл к другому судну, после чего первое потонуло. Между тем из Киликии, Сирии и других пограничных областей явились в Египет и в область Пелузиума значительные подкрепления под начальством Митридата. Птолемей, которого Цезарь взял в плен, но потом отпустил, вышел во главе войска навстречу римским войскам, но был разбит, так как Цезарь между тем соединился с Митридатом; он бежал и во время бегства утонул в Ниле. Этим кончилась Александрийская война. Цезарь возвратился в Александрию, которая теперь стала просить о пощаде и получила ее. Правление он передал Клеопатре и ее младшему брату Птолемею, который должен был жениться на ней. Пробыв в Египте 9 месяцев, с начала октября 48 до июля 47 г., он оставил эту страну и, оставив там все свое войско, за исключением одного легиона, отправился в Сирию, а оттуда в Малую Азию, чтобы наказать Фарнака, сына Митридата Великого.
Фарнак, как мы уже видели, овладел Боспорским царством своего отца; он воспользовался междоусобицей в Риме, чтобы снова покорить Понтийское царство. Разбив при Никополе легата Цезаря, Домиция Кальвина, он же не встретил дальнейшего сопротивления. Обстоятельства требовали возвращения Цезаря в Италию, но он не хотел оставлять Азию, пока не усмирит Фарнака. Он перешел через Тавр и двинулся через Каппадокию в Понт, еще с четырьмя легионами в четырехчасовом сражении при Целе одержал решительную победу над войском Фарнака. Это было 2 августа, в тот самый день, в который два года назад легаты Помпея сдались Цезарю в Испании. Фарнак с немногими всадниками бежал и затем был умерщвлен своим вельможей Азандером. Битва при Целе была ожесточенная; но вся война была закончена в пять дней. В порыве радости при столь быстром успехе Цезарь написал своему доверенному лицу в Рим известные слова: «Veni, vidi, vici» – пришел, увидел, победил.
Сделав в Азии необходимые распоряжения, Цезарь возвратился в Рим раньше, чем его там ожидали (в конце 47 г.). Его присутствие было в высшей степени необходимо. После битвы при Фарсале он поручил управление Римом и Италией М. Антонию; но последний предался чувственным удовольствиям и мало заботился о порядке и спокойствии. Народный трибун П. Долабелла, зять Цицерона, такой же неумеренный сластолюбец, как и Антоний, старался провести закон о сложении долгов, вследствие чего в Риме стали происходить кровопролитные уличные схватки; легионы Цезаря, стоявшие в Кампании, отказались идти в Сицилию и Африку, пока им не будут выданы обещанные деньги и земли. Антоний не мог усмирить ни этого мятежа, ни беспорядков в Риме. Когда Цезарь явился в Рим, Долабелла вынужден был покориться и взять назад свой законопроект; но мятеж легионов грозил сделаться опасным. Заставив бежать легатов Цезаря, они, совершая разные бесчинства, двинулись на Рим и расположились на Марсовом поле. Они объявили, что хотят вести переговоры только с самим Цезарем. Когда Цезарь в качестве императора безбоязненно явился среди них и спросил, чего они хотят, они стали требовать роспуска. Он ответил коротко: «Вы распущены, квириты». Называя их квиритами, он обращался к ним как к гражданам, уже не состоящим в войске. Этого они не ожидали; они не хотели получить отпуск и обрабатывать землю, они хотели выпросить себе большую награду. Пораженные, они стояли некоторое время без слов, затем с раскаянием стали просить диктатора, чтобы он не прогонял их. Он медлил, повернулся, желая уйти; один военный трибун стал просить о помиловании; но разгневанный и огорченный полководец не мог решиться на это, жалуясь на неблагодарность особенно десятого легиона, который он всегда ценил так высоко. Тогда к нему подошли ветераны этого легиона и униженно просили, чтобы он наказал каждого десятого из них. Упрямство воинов было сломлено, и Цезарь простил их.
Многие влиятельные люди противной партии вышли навстречу Цезарю, ехавшему из Брундизиума в Рим, желая получить прощение победители. Цезарь отнесся к ним великодушно и снисходительно и старался расположить их к себе благосклонностью и дружественным обращением. С особенным расположением отнесся он к Цицерону, высказав желание, чтобы он не удалялся от общественных дел и поддерживал его своими советами, так как для него было важно, чтобы такой влиятельный человек, как Цицерон, объявил себя приверженцем нового порядка, Цицерон снова переехал из деревни и Рим; но он все еще боялся диктатора и вместе со многими другими был озабочен, как бы не повторились проскрипции времен Суллы. Они не умели оценить благородного, примирительного образа мыслей победителя.