Недолгое и смутное время правления царевны Софьи не могло оставить по себе многих памятников в Москве.

В ноябре 1682 года в Кремле произошел большой пожар; сгорели выстроенные Феодором деревянные хоромы Петра Алексеевича и царевен; загорелся Успенский собор, на котором сгорела медная кровля и в главах оконницы; все значительные иконы и мощи были вынесены в Архангельский собор на то время, пока шли работы по восстановлению первопрестольного собора. В возобновленном Успенском соборе патриарх поставил епископа Луцкого и Острожского Гедеона (князя Святополка-Четвертинского) в митрополита Киевского и Галицкого. Через три года на месте погоревших были выстроены новые деревянные хоромы для царя Петра и его матери (при дворце в садовом пруду Петр пускал маленькие кораблики), а для царевны Софьи и других меньших царевен были возведены трехэтажные каменные палаты, в нижнем этаже которых была устроена, по приказанию Софьи, комната, «где сидят с боярами и слушают всякие дела». В то же время на кормовом дворе, возле верхнего Красного сада и новых хором царя Петра, построена церковь Свв. Петра и Павла. Для подкрепления Верхоспасского собора в Меньшой Золотой палате были подведены под своды крестообразные каменные «перететивы». Были возобновлены Грановитая, Золотая (средняя), Ответная и другие палаты. Вообще перед единодержавием Петра Кремль достиг апогея своего величия. Царские дворцы находились в самом цветущем состоянии, какого не достигали ни в одно из предыдущих царствований. В это время обширность и великолепие дворцов вполне выражали характер царской жизни, во всем ее блеске и пышности.

В 1686 году было окончено строительство церкви во имя святителя Алексия в Чудовом монастыре по чертежу, данному Феодором Алексеевичем. Цари Иоанн и Петр Алексеевичи собственными руками перенесли мощи святителя Алексия из храма Михаила Архангела во вновь построенную церковь, где они стоят и ныне. Царевна Софья участвовала, вопреки обычаю, в этом торжественном шествии. При большом звоне во все колокола правительница вышла с обоими царями из дворца и прошла с ними в Чудов монастырь. Здесь она во время службы стояла рядом с ними, а когда цари вместе с патриархом понесли угодника, она одна из всего царского семейства следовала за ними. С этих пор она не пропускала уже ни одного торжества или крестного хода, чтобы показаться народу. Этим она старалась достичь того, чтобы все привыкли смотреть на нее, как на свою царицу и самодержицу.

Памятником в Москве правления царевны Софьи был Каменный мост через Москву-реку, считавшийся чудом нашей столицы наравне с Иваном Великим. До этого времени Замоскворечье соединялось с Кремлем и Белым городом посредством так называемых «живых мостов», которые были составлены из плотов и разводились в половодье. Мы видели, что Михаил Феодорович для постройки постоянного каменного моста вызвал из-за границы инженера Ягана Кристлера, который сделал модель этого моста и начал его постройку. Но она остановилась в связи со смертью царя и возобновилась лишь при Софье Алексеевне и продолжалась пять лет, с 1682 по 1687 год. Строителем моста был какой-то монах, имя которого, к сожалению, остается неизвестным. Вбивали дубовые сваи в русло реки и, настлав их брусьями, выводили на них каменные сооружения. Постройки стоили так дорого, что тогда сложилась пословица: «дороже каменного моста». На левом берегу реки с двух сторон к этому мосту, называвшемуся Всесвятским, примыкали вторая кремлевская стена и стена Белого города, сходившиеся у Всесвятской стрельницы с проезжими воротами. У отводных его быков были пристроены водяные мукомольные мельницы с плотинами. На самом мосту стояли палаты Предтеченского монастыря, еще четыре небольшие палатки и деревянные лавки. На южном конце моста были ворота и палаты, над которыми возвышались два шатровые верха, увенчанные двуглавыми орлами. Под ними находились галереи, из которых деревянный сход вел на набережную к Царицыну лугу и Берсеневке. Здесь находились каменномостские бани.

Правление царя-девицы было смутно. Оно, как известно, началось буйством раскольников, которые, опираясь на сочувствовавшего им нового начальника Стрелецкого приказа князя Хованского и старообрядческую часть мятежного войска, под предлогом прений о вере с патриархом и всем Священным Собором совершили буйство не только на Красной площади, но и в самой Грановитой палате, несмотря на присутствие здесь правительницы и обоих царей. Торжествовавшие раскольники праздновали свою мнимую победу и при колокольном звоне торжественно служили благодарственный молебен в церкви Спаса в Чигасах. Но скоро они по приказанию царевны были схвачены, и Москва видела, как казнили на Красной площади их вожака Никиту Пустосвята.

Поддерживавший раскольников и мутивший стрельцов князь Хованский стал подозрителен для двора, а волнения среди стрельцов все росли. Эти обстоятельства принудили царевну со всем царским семейством уехать из Москвы сначала в село Коломенское, а затем в Воздвиженское близ Троицы. Обвиненный в цареубийственных замыслах Хованский с сыном был вызван туда и казнен.

Стрельцы было захватили Кремль и готовились к вооруженному сопротивлению, но когда Софья созвала к Троице служилых людей для защиты царской семьи, стрельцы одумались и принесли через своих выборных повинную. Царевна-правительница отправила часть стрелецких полков в Киев и приказала снять поставленный на Красной площади столб, на котором было написано оправдание мятежных действий стрельцов 15, 16 и 17 мая. Начальником Стрелецкого приказа был назначен думный дьяк Феодор Шакловитый, ставший опасным орудием Софьи против ее брата Петра.

Было очевидно, что Софья Алексеевна из временной регентши стремилась стать царицей, хотя ее правление и не было благословлено успехами и сопровождалось много раз неудачами, в том числе неудачи двух походов ее любимца князя В. В. Голицына в Крым, за который он, впрочем, был осыпан милостями царевны. Она не только принимала послов, решала государственные дела и писала грамоты от своего имени и своих братьев, но и называла себя самодержицей.

Памятником этих ее стремлений остаются ее портреты, на которых она изображается в короне, со скипетром и державой в руках и во всем царском облачении, каким является приведенное нами ее изображение на императорском орле. Ее портрет был выгравирован вызванным из Чернигова мастером Тарасевичем, который, как говорилось тогда, «умел печатать парсоны». Названный Тарасевич занялся этим делом в загородном доме Шакловитого, на Девичьем поле. Царевна была вырезана в царской короне, с державой и скипетром в руках и в царской одежде. Вокруг нее длинный и подробный титул с наименованием ее самодержицей всея Руси; далее были сделаны аллегорические изображения семи даров Духа, или добродетелей правительницы. Внизу были помещены стихи ученика Симеона Полоцкого — Сильвестра Медведева, восхвалявшие мудрость Софьи и сравнивавшие ее с различными славными царицами древнего мира. На другой доске тот же Тарасевич вырезал св. Феодора Стратилата с воинскими доспехами у ног, с литаврами, знаменами, копьями и другим оружием, вероятно, в честь Феодора Алексеевича. Оттиски с этих портретов раздавались многим лицам, а один был послан в Голландию для печатания там, но с подписями и виршами на латинском и немецком языках. Более сотни экземпляров этого портрета были присланы из Голландии в Москву.