Сюда они прибыли 10 июня 1635 года. Народ вышел встретить гробы на Поклонную гору за Дорогомиловскую заставу. Их несли на головах дети боярские до церкви Николы Явленного на Арбате. Отсюда их понесли московские дворяне на плечах. Патриарх Иосаф, преемник Филарета Никитича, встретил печальную процессию у несуществующей теперь церкви Николая Зарайского, у Каменного моста, и, отслужив литию, пошел за ними вместе с духовенством. Гробы внесли в Кремль через Ризположенские ворота и, когда проходили около двора Бориса Годунова, зазвонили во все колокола. Царь с боярами были все в «смирных», или траурных одеждах. На другой день происходило погребение царя Василия Ивановича в соборе Архангела Михаила. Гроб его был поставлен у северной стены. Надпись гласит: «7121–1613 сентября, в двенадцатый день, на память священномученика Автонома, преставился благоверный и христолюбивый великий государь, царь и великий князь Василий Иванович всея России самодержец, в польском королевстве в 65 лет живота его, а в Польше лежало его тело 23 года».

О Благовещенском соборе известно только, что царь Михаил Феодорович велел устроить в нем новый каменный пол, существующий доселе. Он сделан из набора яшм и перенесен, по приказанию отца государя, из Ростовского собора.

В это же царствование, по благословению патриарха Филарета, рядом с Ивановским столпом Годунова была построена колоколенная пристройка больших размеров для помещения колоколов. Но это здание было взорвано Наполеоном в 1812 году и восстановлено было уже после Отечественной войны и доселе носит название Филаретовской постройки.

Являясь восстановителем прежних храмов Кремля, Михаил Феодорович был и создателем новых. Патриарх Филарет Никитич около 1630 года построил в Кремле, над Тайницкими воротами, первый на Руси храм (соборный) во имя Александра Невского. Как видно из дел Патриаршего приказа, в этом году, 7 июня, по указу патриарха «впервые выдано двум священникам и диакону 8 алтын и 2 деньги». Вот некоторые подробности об Александровском соборе, уничтоженном в конце XVII столетия. В описываемое время для него «поволакивал бархатом червчатым» евангелие переплетчик Ермолаев, «знаменил и золотил евангелистов и крест знаменщик Петр Матвеев. За киот и образ св. Александра Невскаго, для ношения в крестных ходах, заплочено иконнику Ондрюшке Ондрееву 16 алтын 4 деньги. За кадило заплочено 2 руб., 3 алтына, 2 деньги. Над царскими вратами были поставлены образа: Всемилостиваго Спаса, Знамения, Пречистыя Одигигрии, Пречистыя Владимирския, Страстотерпца Феодора и Михаила Малеина, писанныя иконописцем Назарием Истоминым». Протопоп собора с причтом на праздник св. Александра Невского ходил к святейшему патриарху со святою водою два раза в год: 30 августа и в ноябре.

Из других храмов, построенных Михаилом Феодоровичем в Кремле, известны: 1) находящийся теперь внутри дворца Верхо-спасский собор, или Спас за золотою решеткою. Он назывался также Спасом Нерукотворенным на сенях, или на верху. Построение этого храма относится к 1635–1636 году, ко времени увеличения царских теремов. Строитель храма был подмастерье каменных дел Огурцов. В этом храме говели и причащались цари, начиная от Михаила Феодоровича и до Петра I, были крещены их дети, и совершалось молебствие в день совершеннолетия царевичей, когда они объявлялись наследниками престола. Около этого храма, наверху теремной лестницы, была боярская площадка, на коей собирались наши сановники, прежде чем являться к государю. Церковь Спасова была отделена от нее вызолоченною решеткою. 2) «У царицы на сенях» в 1626 году, по повелению Михаила Феодоровича, была построена зодчим Джоном Тайлером церковь Великомученицы Екатерины и 3) церковь Воскресения Словущего, существовавшая с 1635 года и по стилю и украшениям сходная с Верхоспасским собором.

История московского Кремля при царе Михаиле Феодоровиче представляется очень оживленной, не по одному только созданию храмов, но и по обширному строительству дворцов.

По изысканиям знаменитого знатока истории Москвы И. Е. Забелина, эту сторону деятельности молодого царя можно представить в следующем виде. В 1614 году были выстроены большие государевы хоромы, а в следующем году их расписывали разными орнаментами и картинами иконописцы Ивашка да Ондрюшка Моисеевы. В 1616 году в те же хоромы Серебряной палаты сторож Михалка Андреев делал литую висячую подволоку, которая была вызолочена. В январе государь справлял здесь новоселье и дал награду плотникам. Затем над царицыной и проходной палатами и на постельном крыльце котельные мастера устроили новые металлические кровли. Но 14 февраля 1619 года в царских хоромах случился пожар, и дворцовый плотничный мастер строил новые государевы хоромы, столовую избу и постельную комнату; а в 1621 году их украшали «знаменьем и письмом» лучшие иконописцы Чирин, Савин, Паисеин, Поспеев и травник Лука Трофимов и другие. В ноябре в столовой было справлено новоселье. В 1624 году Михаил Феодорович к своим хоромам прибавил две мыленки, избушку и сенничек. В следующем году он возобновил церковь Рождества Богородицы на сенях, с приделом Св. Лазаря. После того построены были каменные ледники и поварни, а над Куретными воротами светлица мастерицам, золотым и белым швеям. Но 3 мая 1626 года случился новый пожар. В Кремле, кроме монастырей Вознесенского и Чудова, «двор государев и патриарший и в приказех каменных всякие дела погореша, и казна, и конюшни, и житницы, и все, „жила“ государевы погореша». Опять поднялась стройка, и в лето пожара Первуша Исаев поставил государю новые постельные хоромы. Затем, в следующем году, построена была брусяная столовая изба, где 23 ноября, на новоселье, государь угощал бояр обедом, а те подносили ему хлеб-соль и соболей. Иноземец — палатный мастер Джон Тайлер — в этом же году возобновлял кремлевский Сретенский собор и строил помянутую выше церковь Св. Екатерины. После этого пожара каменные стройки следуют одна за другой. По государеву указу собраны были из Ростова, Суздаля, с Бела-Озера и из других мест все каменщики и кирпичники, «для многих церковных, дворцовых и палатных каменных дел». Выписан был также «Голландския земли немчин — кирпичный мастер Редерик Матрыс», который устроил кирпичный завод в Даниловской слободе, «по своему немецкому образцу». В 1631 году на кормовом дворе выстроена была русскими каменщиками каменная поварня, на которую посредством водоподъемной машины была проведена из Москвы-реки вода, а в 1633 году прежде упоминавшийся Галловей взвел воду на Свибловскую башню, а оттуда в поварни, в сытный и кормовый дворец. В 1633–1636 годах государь для себя и для детей своих выстроил каменные жилые хоромы, хотя до этого, как более пригодные для здоровья, предпочитались деревянные. Они были построены над выстроенною еще при Иоанне III мастерскою палатою и подклетными палатами, ряд которых тянулся к церкви Рождества Богородицы. Возведены были теперь три новых этажа под лицо с царицыными приемными палатами. Верхний этаж с теремом наверху был назначен для малолетних царевичей Алексея и Ивана, что значится и в надписи, сохранившейся и доныне. Все здание сохранило тип деревянных жилых хором. Кроме каменных растесок и резей, напоминающих деревянную резьбу, терема в своем внутреннем устройстве напоминают русские деревянные постройки.