В самой природе замечались какие-то зловещие явления, наводившие на всех страх. Иностранец Бер говорит, что по ночам на небе видны были огненные столбы, которые, сталкиваясь между собою, как будто вели битвы. Иногда всходили две или три луны сразу. Бури низвергали колокольни и ворота; рождалось множество уродов; появилась масса волков; в самую Москву стали, чего не бывало прежде, забегать чернобурые лисицы. Под Москвой поймали большого орла. Наконец, появилась комета с большим хвостом. Напуганный Борис призвал к себе одного старика-иностранца и спрашивал, что она вещает; тот сказал: «Тебе грозит великая опасность».

Рассказывают, что смущенный Борис стал ходить к колдунье, известной под именем Елены юродивой, жившей в землянке. Однажды она принесла в свою пещеру бревно и позвала священника служить над ним панихиду, предвещая этим Борису кончину.

Борис омрачился и ожесточился. Всюду стали ему чудиться измена и крамола. Везде распространились доносчики и шпионы. Пошли опалы, заточения и даже тайные казни. Под влиянием подозрительности Борис велел немцу-хирургу выщипать Вельскому, прежнему своему другу, бороду по волоску, а затем сослал его в заточение в один из Низовых городов. Скоро открылись, к великому огорчению народному, гонения на неповинных бояр Романовых, состоявших через царицу Анастасию в родстве с угасшим царским родом и в большой близости к престолу. Они были отправлены в заточение в разные отдаленные города. Особенно тяжким было положение наиболее царственного из Романовых Феодора Никитича, которого, как говорили, хотел сделать своим наследником царь Феодор Иоаннович. Он отличался царственной красотой, умом и высоким благородством своего характера. Все чувствовали на себе его обаяние и особенно любовались им, когда он ездил верхом. Этого-то боярина и его супругу Борис велел постричь в монашество и отправил в заточение на север, но ничто не помогало.

Сам царь и народ в тяжком предчувствии ждали страшной грозы, и она скоро воплотилась в самозванце, в коем возникло орудие кары убийце царевича-отрока и средоточие всего недовольства против похитителя престола. Вместе с тем Лжедимитрий стал орудием польщизны и иезуитского папизма для порабощения русского православного царства.

Мы не станем пересказывать известные факты о появлении самозванца, о житье его в Чудовом монастыре и т. д. Его сила заключалась не в нем самом и даже не в польской поддержке, а в слабости Бориса, в той смуте, которая крылась в его душе, запятнанной неповинной царственной кровью. Эта смута охватила и весь народ русский. «Шатость» в умах, сомнение, не поднять бы рук против законного и прирожденного своего царя, в защиту похитителя венца Мономахова, лишала всех рук для борьбы с дерзким пройдохой. Эти «шатость и колебания» причиняли Борису глубочайшие волнения и делали неизбежной его трагическую гибель.

Царствование Бориса Годунова важно для нас и потому, что от него дошли до нас важные для изучения топографии Москвы два плана, кои свидетельствовали, что основной тип ее уже сложился и в последующее время испытывал только второстепенные изменения.

Первый из этих планов начерчен Феодором Борисовичем и воспроизводился в XVII столетии в амстердамских изданиях иностранных сочинений о России; он представляет нам Москву в черте Земляного города, или вала, который совпадает с нынешней Садовой улицей. Правда, этот план далеко не совершенен и сделан без соблюдения масштаба, но, очевидно, он снят с натуры и определяет положение всех стен, окружавших Кремль, Китай, Белый и Земляной город, а также взаимное отношение некоторых улиц. Основной недостаток этого плана заключается в расширении Кремля и Китай-города в ущерб остальному и в придании земляному валу овальной формы вместо круглой. Здесь буквой А обозначен Кремль, В — Китай-город, С — Белый город, D — Земляной город, Е — Замоскворечье. На плане показаны: Москва-река, Неглинная и Яуза. Составление этого плана относится ко времени до 1605 года, когда был убит Феодор Борисович.

На этом плане нетрудно уже рассмотреть некоторые главнейшие подробности топографии Москвы. В Китай-городе уже намечаются три главных улицы: Никольская, шедшая до так называемых Сретенских (теперь Никольских) ворот, Троицкая, со времен Алексея Михайловича — Ильинка, Варварка, шедшая до Всесвятских ворот, названных так по церкви Всех Святых (на Солянке). Космодамиановские ворота вели к Москве-реке на так называемую Великую улицу, шедшую вдоль Москвы-реки. Стены Китай-города были красные кирпичные и такими оставались до правления царевны Софьи, которая велела их выбелить. На Никольской улице еще при Иоанне IV была типография, на Варварке дом бояр Романовых и Английское подворье.

Стена Белого, или Царь-города, имела 28 башен и 9 ворот: Чертольские или Пречистенские, Арбатские, Никитские, Тверские, Петровские, Сретенские, Мясницкие, Покровские и Яузские. К этим воротам вели улицы соответствующих названий. Ворота и стены Белого города по ветхости были разобраны при императрице Елизавете Петровне. Екатерина II приказала заровнять и шедший вокруг стен ров и на его месте устроить бульвары. При постройке стен в Белом городе было немало свободных мест, кои образовали площади, как, например, Житную (в Охотном ряду), где был Моисеевский монастырь, Коневскую, между Варваркой и Ильинкой.

Скородом (от легких, скорых построек), или Земляной город, представлял круг неправильной формы, охватывавший саму Москву, за исключением подмосковных слобод и сел. Один из спутников германского посла Марка Воркоча в 1593 году говорил, что деревянные стены Скородома были очень толсты и имели множество башен, что придавало городу величавый и красивый вид. В нем все ворота были одинаковой постройки, большие и красивые, и все, как видно и на плане, с трехконечными башнями; всех их было 34; из них две — Серпуховская и Калужская — были каменные. Окружность этих стен представлялась французу Маржерету, во времена Лжедимитрия, большей, чем окружность стен Парижа. Некоторые ворота, к коим вели продолжавшиеся из Белого города улицы, носили их названия, как Чертольские, Арбатские, Никитские и т. п.

В стенах Земляного города, включая в него и Заречье, за Москвой-рекой, находились разные слободы, давшие имена их урочищам и определявшие их быт. Таковы: Могильцы (близ Мертвого переулка), Плотники, Кречетники, Трубники, Сторожи, Воротники, Пушкари, Грачи (куски свинца, коими стреляли), Мясники, Огородники, Садовники, Каташи (ткачи), Толмачи (переводчики), Яндовы (медная посуда), Бронники, Бараши (шатерники). Были здесь и слободы инородческие, населенные преимущественно татарами, как Татарская слобода, Балчуг, Таганка, Ордынка, в Наливках жили выходцы с запада и т. д. За Земляным городом шли уже села, скоро обратившиеся в слободы и вошедшие в состав города, как Напрудское, Елохово, Рубцово, Образцово и другие. Эти селения впоследствии были замкнуты новым, более обширным концентрическим кругом, — Камер-коллежским валом.

Этот общий топографический обзор Москвы может быть пополнен подробным планом Кремля, относящимся ко времени Годуновых. Он напечатан был в XVII столетии в Geographie Blaviane, изданной в Амстердаме. Надпись на этом плане показывает, что он посвящен царю Алексею Михайловичу, и вместе с тем свидетельствует, что он был составлен «под державой царя Бориса Федоровича». Так как на плане этом имеется колокольня Ивана Великого, то он составлен в промежуток времени от 1600 по 1605 год. В. Е. Румянцев в издании Императорского московского археологического общества «Вид Кремля в самом начале XVII века» говорит: «этот вид Кремля, древнейший, после фантастического вида Герберштейна, превосходит другие, позднейшие, и своим размером и более подробным указателем мест и строений и тщательной вырисовкой предметов, которая дает понятие о самой фигуре зданий с мелкими подробностями их архитектурной отделки».