Однако, ни казаки, ни киргизы не были на долгое время ослаблены этим поражением: бывший в Туркестане в 1558 г. англичанин Дженкинсон слышал, что казаки в то время снова угрожали Ташкенту, киргизы — Кашгару. Из этих слов можно заключить, что после смерти Хакк-Назара казаки и киргизы уже не составляли больше одного государства; вообще, насколько известно, эти два народа с тех пор никогда больше не объединялись под властью одного хана.

Кроме Кашгарии, набегам киргиз подвергалась Фергана. В упомянутой биографии шейха Лутфуллы говорится, что киргизы во время одного из своих набегов на аксикетский округ захватили принадлежавших дервишам баранов, но потом вернули их с извинениями и прибавили, что питают к "божьим людям" не меньше уважения, чем сами ферганские мусульмане. Подобно другим шейхам, шейх Лутфулла, заботился о распространении ислама среди степняков; его ученик, казак Мухаммед, действовал не только среди казаков, но и среди киргизов. Такие проповедники из дервишей отправлялись в степь до новейшего времени; под их влиянием кочевники становились не столько мусульманами, в смысле принятия догматов и обрядов ислама, сколько личными почитателями шейхов, в которых они видели подвижников и чудотворцев.

Несмотря на временное объединение под одной властью, киргизы и во второй половине XVI в. не признавались мусульманами даже в такой степени, как казаки. К 1582 г. относится сочинение о Средней Азии османского турка Сейфи: по его словам, казаки были мусульманами канофитского толка, тогда как киргизы не были "ни кафирами, ни мусульманами". Подобно мирзе Хайдеру, Сейфи считал киргиз родственниками монголов Киргизы жили в трудно доступной местности; в случае нападения врагов они отсылали свои семьи вглубь гор, а сами защищали проходы: камнем "яда" они вызывали такой снег и холод, что враги не могли владеть ни руками, ни ногами и терпели поражение. Трупы умерших клались в гробах на ветви высоких деревьев (это известие, вероятно, заимствовано из более ранних письменных известий о енисейских киргизах). У киргиз не было царей (ханов), а были только беки, которых называли кашка (титул, часто встречающийся у калмыков).

Даже писавший в XVII в. по персидски узбекский историк Махмуд-ибн-Вели называет киргиз кафирами. Эти киргизы, в числе 12.000 семейств, в реджебе 1045 г. х. (с 11 дек. 1635 до 9 янв. 1636) прибыли через Каратегин в Гисар; во главе их было 12 предводителей (очевидно, по одному на 1.000 семейств), которые в следующем месяце шабане (с 10 янв. по 7 февр.) были приняты узбецким ханом в Балхе; раньше они проводили дни в неверии, заблуждении и невежестве (очевидно, после прихода в страну узбеков они сделались мусульманами). С этим событием, вероятно, связано поселение киргиз в Каратегине, где некоторое число их живет и до сих пор. Есть предание, что Каратегин долгое время принадлежал киргизам и только недавно был вновь занят таджиками, хотя теперь киргизы составляют там незначительное меньшинство (по последним сведениям, их немногим более 8.000, тогда как таджиков 173.488, т. е. киргизов всего 4%).

Махмуд-Чурас говорит еще о нескольких столкновениях между киргизами и монголами в XVII в. Во время смут в Кашгарии после смерти Мухаммед-хана (около 1610 г.) отряд в 5.000 киргиз, под начальством Тилеке-бия и Бай-Бута-Кара, совершил набег на Уч и Аксу; во время набега они разделились: у Тилеке было 2.000 человек, у Бай-Бута-Кара 3.000; Бай-Бута-Кара был разбит войском Тимур султана (внука Мухаммед-хана) и потерял 2.000 человек; остальные 1.000 человек с колчанами на шее явились к султану с выражением покорности: Тилеке тоже пришел с подарками и извинениями; султан всех простил и отпустил. Это произошло очень скоро после смерти Мухаммед-хана, так как султан только от киргиз узнал о смерти своего деда. По другому источнику киргизы успели разграбить Уч и были настигнуты монголами у перевала Янги-Арт.

Новое столкновение между монголами и киргизами произошло в 1620-х годах, при хане Абд-ал-Лятифе, носившем прозвание Анак-хан (умер в 1037 г. х., т. е. 1627-8 г. н. э.). Киргизы разграбили деревню Шахназ; хан выслал отряд для их преследования, но они устроили этому отряду засаду и нанесли ему большой урон.

Во время междоусобий, происходивших в Кашгарии в начале 1630-х годов, говорится о помощи, оказанной киргизами одному из претендентов, Махмуд-султану, получившему потом прозвание Кылыч-хан.

Несколько раз упоминаются киргизы в истории продолжительного царствования Абдуллы-хана (1048-1080 х., т. е. от 1638-9 до 1669-70 н. э.). В начало своего царствования хан совершил успешный поход на Ош; на обратном пути киргизы преследовали хана, и, не настигли, за то нанесли большое поражение нескольким монгольским предводителям в месте Беш-Буйнак. Набег киргиз на Уч и Аксу удалось отбить. В следующем году хан совершил поход на киргиз, стоявших на Аксае; во главе их находились Койсары, сын Тилека, и Йол-булды; поход назывался аксайским (Аксай черики); вероятно, он не имел успеха, так как о результатах его ничего не говорится. После этого киргизы снова совершили набег и разбили монгольское войско, потом сами потерпели поражение, но продолжали угрожать хану, спасшемуся от них только благодаря храбрости своего брата Ибрахима. Дальше говорится о двух походах Абдуллы на Андижан, из которых первый имел успех, второй кончился неудачно; во втором принимали участие киргизы.

Когда хану удалось восстановить в своем государстве спокойствие, беспокойным элементом оставались только киргизы; по совету вельмож, хан решил истребить их (очевидно, говорится о киргизах, находившихся на ханской службе); было перебито до 10.000 человек; при этом говорится, что киргиз называли львами лесов Моголистана (это выражение заимствовано из Тарихи Рашиди), но в то же время они отличались вероломством. В рассказе о следующем походе хана на Адбаш и Аксай говорится только о калмыках; киргиз там повидимому, уже но было. Несмотря на избиение киргиз, хан снова нашел нужным привлекать их к себе на службу, и они снова пользовались в Кашгаре и Аксу большим влиянием: если у них выходил спор с кем-нибудь, хотя бы по пустякам, хан позволял им убить такого человека и захватить его имущество. Во время борьбы между сыновьями хана, Нур-ад-дином и Йол-барсом (при жизни отца), при хане был киргиз Чумак-бек. Около 1680 г. хан отправился в Мекку; в это время большую часть его спутников составляли киргизы; 2.000 киргиз были посланы им для преследования Йол-барса, враждовавшего с отцом и после его отъезда в течение года правившего в Кашгарии. Во время новых смут, в 1680-х годах, киргизы захватили Кашгар, на короткое время заняли и Яркенд, но потом были вынуждены его очистить. Их попытки вновь овладеть им кончились неудачно.

Вскоре после этого господство в Кашгарии и вообще в Средней Азии перешло к калмыкам (ойратам). В истории калмыков о столкновении с бурутами, как калмыки называли киргиз, говорится в рассказе о событиях осени 1683 г. Калмыки имели дело с киргизами также на Енисее, куда в начале XVII в. явились русские, вследствие чего мы снова получаем некоторые известия о енисейских киргизах, о судьбе которых в XIV, XV и XVI веках, насколько известно до сих пор, не говорит ни слова ни один исторический источник.

Истории завоевания русскими Сибири, в том числе и страны енисейских киргиз, посвящено довольно значительное число изданий документов, извлеченных из центральных и сибирских архивов, и написанных по таким документам исследований. На Енисее интересы русских сталкивались с интересами ойратской державы, и потому изучение судьбы киргиз в XVII в. связано с изучением русско-ойратских отношений. Как видно из недавнего (1921) исследования профессора Котвича "Русские архивные документы по сношениям с ойратами в XVII и XVIII вв.", относящийся к этому вопросу материал еще далеко не весь приведен в известность. Одним из самых ранних и ценных исследований по истории завоевания Сибири является книга Герарда Фридриха Миллера "Описание Сибирского царства и всех происшедших в нем дел" (1750). Среди новейших исторических исследований есть специальный труд о енисейских киргизах — "Хакасы" проф. Н.Н. Козьмина (1925).