О киргизах говорится, что Мансур-хан увел их в Карашар и Турфан: киргизы были признаны виновниками всех происходивших в Моголистане смут и большею частью перебиты: только немногим удалось вернуться в Моголистан. Уход самого Мансур-хана в Карашар и Турфан произошел под давлением дуглатов; принадлежавший к дуглатам мирза Абу-Бекр в то время (1480-1514) правил в Кашгаре; в последние годы его правления начальник его военных сил, Мир-Вали, вытеснил монголов и киргиз из Моголистана и Аксу; киргизам потом было позволено кочевать на южной стороне Иссык-Куля. Очевидно, это относится к тем киргизам, которым удалось спастись бегством из Карашара и Турфана от Мансур-хана.
По мнению мирзы Хайдера, киргизы принадлежали к тому же народу, как монголы, и отделились от монголов только вследствие частых восстаний против монгольских ханов; кроме того, монголы приняли ислам, киргизы оставались язычниками, что также вызывало вражду между ними. Последнее известие не совсем точно: мы увидим, что стоявший некоторое время во главе киргиз предводитель, вышедший из среды самого народа, носил имя Мухаммед; но и по всем другим известиям киргизы в то время и еще долго спустя не считались мусульманами; очевидно, они по внешности на мусульман не походили. Из этого можно заключить, что их не коснулась рука таких ревностных распространителей ислама, какими были монгольские ханы XV века, особенно умерший в 1416 г. Мухаммед-хан, заставлявший всех своих подданных носить чалму: непослушным вбивали в голову гвозди. Между тем в состав владений Мухаммед-хана входила и та местность, где впоследствии жили киргизы: ему приписывается постройка здания Таш-рабат на северном берегу озера Чатыр-куль.
Мирза Хайдер ничего не знал о прибытии киргиз и, очевидно, полагал, что в той стране, где он их знал, они жили издавна, по крайней мере со времени прибытия монголов. Несмотря на полное отсутствие сведений о киргизах и рассказе о походах Тимура, автор исследования об "этническом составе тюркских племен и народностей" Н.А. Аристов, был убежден, "что так как по Тарини Рашиди" народ этот в начале XVI века оказывается занимающим западный Тянь-Шань, видимо в качестве аборигенов, то не может быть сомнения, что и кара-киргизы (в XIV в) находились на своих нынешних местах". Аристов идет еще дальше и старается доказать, что к "кыргызскому племени" принадлежали и прежние обитатели западного Тянь-Шаня, начиная от усуней, кочевавших, по его мнению, "в III столетии до Р. X., между Танну-ола и восточным Тянь-шанем. Отсюда покоренные хуннами усуни, около половины II-го века до Р. X., были двинуты в западный Тянь-шань". "Истинное народное имя" усуней по мнению Аристова, "было всегда кыргыз".
Против этих мнений, помимо полного отсутствия известий о киргизах в западном Тянь-шане до XVI в., говорит факт, что эти киргизы и в XVI в. считались чуждыми исламу и мусульманской культуре. Из этого можно заключить, что их присутствие в западном Тянь-шане в XVI в. не находилось в связи с теми событиями эпохи киргизского великодержавия, когда влияние киргиз, действительно, распространилось до западного Тянь-шаня; повидимому, после утраты киргизами великодержавного могущества никаких киргиз на юго-западе не осталось. Столь же мало вероятно, чтобы киргизы были здесь в эпоху принятия ислама средне-азиатскими монголами. Более правдоподобно, что киргизы принимали участие в походах на запад их южных соседей, языческих ойратов или калмыков. Из Тарихи Рашиди и некоторых других источников видно, что вторжения калмыков в Моголистан начались в 1420-х годах и временно прекратились в 1470-х годах, когда калмыки очистили Моголистан и вернулись в свою страну: только Мансур-хан после своего оттеснения из Карашар и Турфан вновь должен был воевать с калмыками. Возможно, что в калмыцком движении приняли участие некоторые племена киргиз и что эти киргизы после ухода калмыков остались на западе, в Тянь-шане, хотя и об этом в источниках ничего не говорится.
В 1514 г. Султан-Саид-хану удалось завоевать Кашгар и уничтожить власть мирзы Абу-Бекра; в этой борьбе ему оказал большие услуги киргиз Мухаммед, который в награду за это получил от хана богатые подарки и был отправлен в Моголистан, где ему подчинились все киргизы. Мухаммед стал совершать набеги на Туркестан, Сайрам и Ташкент; во время похода на Туркестан им был взят в плен узбецкий царевич Абдулла, сын правившего в то время в Самарканде хана Кучкунчи, но отпущен; за что Султан-Саид-хан рассердился на Мухаммеда и осенью 1517 г. предпринял поход на киргиз; в другом месте того же Тарини Рашиди сказано, что хан, как мусульманин, хотел наказать киргиз за разграбление мусульманских городов. При впадении в Иссык-Куль речки Барскаун Мухаммед был разбит, взят в плен и уведен в Кашгар, куда хан вернулся к началу зимы.
Несколько раньше те же узбецкие владения (Сайрам, Талас и окрестности Ташкента) подверглись нападению казацкого хана Касима зимняя ставка которого находилась на Каратале. Из этого можно заключить, что киргизы на некоторое время, силой или путем соглашения (источники об этом не говорят), распространили свои кочевья на область казаков; могущественный Касим-хан в это время был еще жив (он умер в 1518 г.). В противоположность киргизам, казаки вышли из среды мусульман, узбеков, и пришли на берег Чу, отложившись от узбецкого хана Абулкайра (умер в 1468 г.) и прибегнув к покровительству монгольского хана Эсэнь-буки (1434-1462). Таким образом, между казаками и киргизами первоначально не было ничего общего, хотя потом эти два народа на короткое время имели общую политическую жизнь.
Султан-Саид-хан был склонен послать в Моголистан своего племянника Баба-султана, сына Султан-Халиля (во время убиения своего отца в 1508 г. этот царевич был еще младенцем); эту мысль внушал хану воспитатель царевича, ходжа Али-бахадур; но когда ходжа умер (несмотря на свое духовное звание, от чрезмерного употребления вина), вместо Баба-султана, в Моголистан был отправлен в 1522 г. сын самого хана, Рашид (собств. Абд-ар-Рашид). С ним вместе был послан отпущенный из плена и вновь поставленный во главе своего народа Мухаммед; ему удалось объединить под своею властью большую часть киргизского народа: но в 1524 г. в страну киргиз пришел казацкий хан Тахир (племянник Касима). Тахир сначала искал союза с Рашидом, был принят в его ставке на Кочкаре и выдал за него свою сестру, но потом между ними произошел разрыв, так как Тахиру удалось склонить на свою сторону часть киргиз. В сношениях с казаками был обвинен и Мухаммед и снова был уведен в Кашгар; после смерти Султан-Саид-хана (1533) он снова был отпущен из плена, но вернулся ли он к своему народу, неизвестно. Киргизы оставались подданными Тахир-хана, даже более верными, чем казаки, отложившиеся от своего хана за его жестокость. Часть киргиз, не успевшая присоединиться к Тахиру, была уведена монголами на Атбаш; в 1526 г. монголы покинули Тянь-Шань и увели с собой 100.000 киргизских баранов, вследствие чего этот поход был назван "бараньим" (кой-черики), как по той же причине в XIX в. было названо "бараньим" мурзарабатское дело 5 апреля 1866 г. (захват стад баранов русскими под начальством Романовского). Весной 1527 г. на Атбаш пришел Тахир и увел оттуда киргиз вместе с оставленными там монгольским ханом табунами.
Наследовавший своему отцу Рашид-хан (правил с 1533; по всей вероятности, до 1559 или 1560 г.) пытался восстановить господство монголов в горах к северу от Кашгара, но без прочного успеха. В 1537 или 1538 г. им был разбит казацкий хан Тугум, брат Тахира; вместе с Тугумом пало 37 казацких султанов; писавший всего через несколько лет после этого мирза Хайдер был убежден, что погиб без остатка весь казацкий народ. Рашид оставил в Моголистане своего сына Абд-ал-Лятифа; но скоро после этого монголы были разбиты Хакк-Назаром, сыном Касима, ханом казацким и киргизским сам царевич Абд-ал-Лятиф, по рассказу Махмуд-Чураса, был ранен, взят в плен и с почетом принят в ставке победителя, но скоро умер от раны. Счастье скоро снова перешло на сторону Рашид-хана; есть известия (у одного из кашгарских авторов), что Рашид-хан в союзе с Науруз-Ахмед-ханом ташкентским разбил Хакк-Назара у Артыша при чем пал сам Хакк-Назар и с ним шесть "князей со знаменем после чего казаками знамена больше не употреблялись. О последнем факте упоминает и узбекский автор описавший в XVII в. в Балхе) по словам которого, во главе казаков было другое лицо (Буйдаш-хан, брат Тахира), и битва произошла в другом месте (на Иссык-Куле); по этому рассказу победителями было захвачено девять знамен. Поход Рашид-хана на Иссык-Куль и свидание его там с Науруз-Ахмедом ташкентским относятся, по другому источнику, к 951 г. хиджры (1544-5 н. э.); в других рассказах дат нет. Махмуд-Гурас рассказывает о гибели Хакк-Назара в войне с Рашид-ханом несколько иначе. По этому рассказу, хан перед своим походом посетил вместе со своим духовным руководителем Мухаммед-Шерифом несколько святынь, в особенности гробницу первого мусульманского хана Кашгарии, Сатук-Богра-хана; после этого он пошел на казаков и киргизов. Шел три месяца и встретил врага только в Эмиле, там взял приступом укрепленный лагерь врагов, при чем были взяты в плен Хакк-Назар-хан и другие князья (тюри); все по приказанию хана были убиты (этот поступок Рашид-Хана дает повод к невыгодному для него сравнению с великодушием Хакк-Назара после поражения Абд-ал-Латифа). Рашид-хан три дня пробыл в Эмиле и привез оттуда семь знамен; после этого у казацких ханов знамен больше не было. О поражении и смерти Буйдаш-хана говорится в биографии ферганского святого Лутфуллы из Чуста (этот святой умер в 979 году хиджры, 1571-2 н. э.); по этому источнику Буйдаш погиб при нашествии на узбецкий Туркестан в 967 (1559-60) г.
