Енисейские киргизы в то время не составляли одного государства. По данным исследования П. Козьмина, главных киргизских княжеств было четыре: Тубинское (по реке Тубе, в Красноярском уезде и по левую сторону Енисея до Абакана), Езерское (по левую сторону Енисея от Абакана к северу до Батеневского горного кряжа), Алтырское (к западу и к юго-западу от Езерского) и Алтысарское (к северу и северо-востоку от Езерского). По рассказу о посольстве Ивана Петлина в 1618 г., от Томска до киргизской земли было "десять ден ходу скорым обычаем", от киргизской земли до Абакана шесть дней, от Абакана до Кемчика девять дней, от Кемчика до большого озера, т. е. до Убсы, три дня. До Петлина, в 1616 г., через киргизскую землю проезжали Василий Тюменец и Иван Петров. Главою всей киргизской земли считался князь Немек (у Петлина Немей), наследовавший власть от своего отца: под Немеком были "два князька лучших, Номча и Кора". За киргизской землею была "Табынская земля"; по словам Тюменца, это — "те же киргизские земли, только живут особе, а дань дают в киргизскую землю и Алтыну царю"; имеется в виду тогдашний владетель западной Монголии, Алтай-хан туметский. Иван Петлин от киргизской земли, т. е. от ставки Немека, шел только "половину дня" до границы владений Алтан-хана.
Из всего этого можно заключить, что из четырех княжеств, о которых говорится в книге Козьмина, тубинское рассматривалось отдельно от трех других и вело особую жизнь. Из слов Тюменца видно, что в культурном отношении тубинцы стояли ниже прочих киргиз; у них не было ни коров, ни овец, "только одни лошади да олени". Верховным князем всей киргизской земли русские считали алтырского князя; Номча, раньше других, как мы увидим, вступивший в сношения с русскими, был князем алтысарским, следовательно Кора-езерским. Культурный уровень киргизского народа в целом также был в то время не высок, гораздо ниже, чем в XIII в. Говорится, что киргизы "едят рыбу и зверя бьют, а бой у киргиз лучной, лошадей и коров много, а хлеба не сеят". Упадок культуры вероятно, объясняется упадком караванной торговли, процветавшей в эпоху монгольской империи.
Еще до основания Енисейска (1618) и Красноярска (1627) киргизы приезжали для переговоров с русскими в Томск, основанный в 1604 г. По одним известиям в 1606 г., по другим — в 1608 г. в Томск приезжали киргизские князья Номча и Кочебай со своими служилыми людьми; их привели к присяге и отпустили, оставив заложниками в Томске "Номчину жену да Кочебаева сына" (при чем жена Номчи интриговала против Кочебая). Номча получил поручение "итти к Алтыну царю и в Китайское государство", чего он потом по исполнил, а Кочебай должен был "приводить под царскую руку киргизских князей: Нояна, Комку да Обрая". Скоро произошел разрыв; новый томский воевода отнял у жены Номчи соболью шубу, вследствие чего Номча пришел в такое "огорчение", что сделался врагом русских и проявил свою вражду нападением на подчиненных России гулымских татар. Началась война с киргизами, только на короткое время прерывавшаяся договорами: по словам Г.Ф. Миллера, "киргизов, сколько в старания с российской стороны ни прилагалось, совершенно покорить не могли".
В 1614 г. упоминается киргизский набег на Томский уезд, в 1615 г. первый, неудачный поход русских на киргизскую землю. Тем не менее Василий Тюменец и Иван Петров в 1610 г., Иван Петлин в 1618 г. бы и пропущены через киргизскую землю в Монголию беспрепятственно, причем князь Немек, по представлению Петлина, уже тогда был "под государевою царскою высокою рукою". Перед Тюменцем томские воеводы к том же 1616 г. отправили к киргизам купца Василия Ананьина с толмачем "Лукою; Ананьин послал к Алтан-хану киргизского князя Кору. При возвращении Тюменца и Петрова тот же Кора отправил с ними своего посла, вместе с двумя послами Алтан-хана, посланными в Москву. Алтан-хан в то время отверг просьбу киргиз о помощи и принял на себя перед русскими обязательство усмирять беспокойных киргиз. Поэтому киргизы нашли нужным подчиниться; при возвращении из Китая посольства Петлина вместе с послами Алтай хана были отправлены и киргизские послы, прибывшие в 1619 г. в Тобольск и в 1620 г. в Москву; только в октябре 1620 г. их проводили обратно из Томска до "киргизского рубежа".
Вскоре после этого положение Алтан-хана укрепилось вследствие победы над ойратами; поэтому он прекратил переговоры с русскими и согласился принять киргиз в свое подданство: киргизы возобновили свои набеги на русские пределы. Переговоры между русскими воеводами и киргизами большею частью велись непосредственно; один раз русские прибегли к посредничеству бухарских купцов, заинтересованных в восстановлении мира ради безопасности торговли. Переговоры были прерваны киргизами вследствие вероломства воевод; прибывший в Томск для переговоров киргизский князь Кора был там задержан и потом "изведен".
Положение снова изменилось в 1630-х годах, когда в войне между Алтан-ханом и ойратами счастье перешло на сторону последних. В 1634 г. Алтан-хан был вынужден перейти через Саянский хребет на Енисей и Абакан и вступить в русское подданство. По желанию русских, он сделал попытку употребить свое влияние на киргиз для примирения их с русскими; но прибывшей для этой цели лама не имел успеха (1635). Киргизы даже перешли на сторону ойратов, во главе которых стоял тогда Батур, принявший в 1635 г. титул хунтайчжи (у русских "контайша"). Ойратское подданство принял алтысарский князь Бехтеней, еще в 1633-4 г. подступавший к Кузнецку.
В надежде на помощь ойратов киргизам пришлось разочароваться: Батур еще в 1641 и 1643 г. называл киргиз своими подданными, но не мог оказать им действительной помощи, когда оправившийся Алтан-хан снова обложил киргиз данью. В 1648 г. тот же князь Бехтеней принял русское подданство. В 1652 г. киргизская земля подверглась нашествию со стороны Алтан-хана и его сына Лочжана; на этот раз киргизы обратились с просьбой о помощи в Красноярск; русские оказали им поддержку только в переговорах, но и этого было достаточно, чтобы заставить Алтан-хана отступить. Лочжан, которому Алтан-хан еще при жизни уступил власть, думал возобновить войну с киргизами и русскими, сначала имел успех и хотел уже идти на Томск, когда весть о смерти Алтан-хана заставила его вернуться, чтобы не потерять своих собственных владений.
В 1660-х годах положение изменилось в пользу русских; политическое единство и могущество ойратов после смерти Батура (1653) на некоторое время ослабело; в 1666 г. сам хунтайчжи Сенге согласился вступить в русское подданство; в том же году в Томск присылал просить о помощи Лочжан. Но к это время, в первый и последний раз в XVII в., среди киргиз появилась сильная личность, внук Номчи (сын Ишея) Иренак, который "свыше 20 лет (он умер в середине или во второй половине 1680-х годов) был грозою Красноярска, Ачинска, Кузнецка, Томска, Канска и даже Енисейска и Удинска" (Нижнеудинска). Самостоятельным главой своего народа или хотя бы части его он не был; сперва он считался подданным Лочжана, к которому русские обращались с требованием о выдаче Иренака; когда Лочжан был побежден и взят в плен ойратами, киргизы подчинились власти хунтайчжи, сначала Сенге (убитого 1671 г.), потом его брата и преемника Галдана, при котором ойратское государство снова сделалось великой кочевой державой.
Ойратская держава — едва ли не единственная, имевшая дело в одно и то же время с киргизами енисейскими и тяньшаньскими. Насколько известно до сих пор, никакого сопоставления этих двух групп киргиз не было сделано ни самими ойратами, ни бывшими в их стране европейцами и русскими. Никаких сношений, тем более никаких соглашений между двумя группами киргиз, насколько известно, не было. Галдан, в 1680-х годах воевавший с тяньшаньскими киргизами, еще в 1670-х годах спасался от своих врагов в земле енисейских киргиз. Главная орда Галдана и ого преемников находилась в долине реки Или, ближе к земле тянь-шаньских киргиз, чем к земле енисейских. С русскими Галдан старался жить в мире, просил томских и красноярских воевод не беспокоить киргиз и удерживал киргиз от набегов на русские поселения. Последнее ему не всегда удавалось; в 1673 и 1674 гг. киргизы даже могли совершить поход на русские владения при содействии ойратов. Иренак в 1678 и 1683 г. принимал у себя русские посольства; в 1684 г. он готовился к одновременному походу на Томск, Енисейск и Красноярск, но в это время вернулись из Москвы его послы, и поход не состоялся. Последний поход другого князя, Шандыка, часто упоминаемого в качестве союзника Иренака, относится к 1691-2 гг.
