Операция осуществлялась в сложных политических условиях — уже тогда многим стало понятно, что развал Союза неизбежен и руководители союзных структур всячески старались не быть обвиненными в разжигании межнационального конфликта. Именно поэтому командиры частей, участвовавшие в операции, не проявляли собственной инициативы, получая санкции практически на каждый случай применения авиации, бронетехники и артиллерии напрямую из Москвы. При этом военные старались не допускать бесчинств со стороны азербайджанского ОМОНа, что вызывало недовольство Баку, который хотел решить проблему Карабаха раз и навсегда. В этих условиях к 15 мая 1991 года операция была свернута.

В результате кратковременных действий было изгнано население 65 сел, общее число невольных беженцев превысило 100 тысяч, что пошло не на пользу СССР: армяне напрямую обвиняли советские войска в участии в конфликте на стороне Азербайджана. Кроме того, отряды армянского ополчения пополнили сотни молодых людей, потерявших все и страстно желавших мести.

В очередной раз создавшаяся оперативная пауза была использована сторонами для наращивания сил, а армянской еще и для восполнения потерь и перегруппировки сил. Поэтому когда в июле отряды ОМОНа предприняли самостоятельную попытку продвижения в глубь Геранбойского района в северном секторе Карабаха, то получили серьезное сопротивление и были вынуждены ретироваться. В июле — августе боевиками был совершен ряд нападений с применением засад на автомобильных дорогах региона, сбит один вертолет Ми-8, взято в плен более 40 военнослужащих внутренних войск СССР.

16 апреля. Баку. На совещании с участием руководителей КГБ, МВД и Прокуратуры республики Муталибов предлагает в случае неповиновения депортировать жителей армянонаселенного Шаумяновского района, сел Геташен и Мартунашен.

18 апреля. НКАО. Состоялось общее собрание личного состава ВВ СССР комендатуры особого района НКАО. Принято заявление на имя М. Горбачева, Л. Тер-Петросяна, А. Муталибова, В. Крючкова, Б. Пуго с требованием принять политическое решение проблемы Нагорного Карабаха.

19 апреля. Из Геташена и Мартунашена выведены войска ВВ СССР, осуществлявшие охрану этих населенных пунктов и подчинявшиеся коменданту особого района НКАО. Вместо них были направлены подразделения ВВ СССР Бакинского полка из г. Гянджа Азербайджана. ОМОН Азербайджана начал обстреливать Геташен и Мартунашен.

22 апреля. Л. Тер-Петросян направил письмо М. Горбачеву и другим высшим руководителям страны, в котором заявил, что начатые в Геташене и Мартунашене крупномасштабные операции свидетельствуют о намерении депортировать коренное армянское население.

23 апреля. В связи с обострением обстановки вокруг сел Геташен и Мартунашен, Шаумяновского района и в НКАО Президиум Верховного Совета Республики Армения созывает внеочередное заседание Верховного Совета Республики Армения.

Жители Шаумяновского района, Геташена и Мартунашена направляют телеграмму на имя высших руководителей СССР, сообщая, что они находятся в жесточайшей блокаде; прекращена подача электричества, воды. В районе началась настоящая война.

25 апреля. Верховный Совет Республики Армения возбуждает вопрос о созыве внеочередного заседания Съезда народных депутатов СССР для обсуждения ситуации, сложившейся в Арцахе (Нагорный Карабах) и приграничной с Азербайджаном зоне Республики Армения.

29 апреля. На всем протяжении армяно-азербайджанской границы продолжается обстрел из автоматического оружия, танков и бронемашин населенных пунктов на территории Армении.

30 апреля. Заседает Совет безопасности СССР во главе с президентом Горбачевым.

Подразделения Бакинского полка ВВ МВД СССР под командованием полковника Машкова заняли господствующие над Геташеном высоты и начали обстреливать село. Сообщение любительской радиостанции из Геташена: «Ворвавшиеся в село войска начали погромы мирных жителей. На 21.00 убито более десяти человек, имеется много тяжелораненых, захвачены заложники».

Последнее сообщение радиостанции: «Спасите!»

В тот же день принято Заявление Верховного Совета Республики Армения, в котором Верховный Совет настаивал на своем требовании немедленно созвать внеочередной Съезд народных депутатов СССР, обращался к народам, парламентам и правительствам государств мира, Верховным Советам союзных республик с призывом предпринять все усилия для прекращения агрессивных действий против армянского народа.

Села Геташен и Мартунашен обстреливаются со всех сторон. Утром в 7.00 бронемашины двинулись на села. Военные обстреливали села из пушек и пулеметов. ОМОН Азербайджана, воспользовавшись этим, ворвался в деревни и начал погром. 17 человек убито, десятки ранены, в том числе дети. Войска и ОМОН захватили 50 заложников, население во время самообороны взяло 12–13 заложников.

В приграничных селах Армении наблюдалось скопление войск. Село Воскепар Ноемберянского района было окружено войсками.

1 мая. Из Геташена запросили направить вертолеты с врачами, лекарствами и продуктами, однако ни одному вертолету не разрешили совершить посадку вблизи села.

15.35. Войска и ОМОН вышли из Геташена. Много разрушенных домов.

Продолжался обстрел приграничных Ноемберянского, Иджеванского, Таушского районов Армении со стороны Азербайджана внутренними войсками МВД СССР й ОМОНа Азербайджана. Имелись раненые, один убит.

Телефонный разговор Л. Тер-Петросяна с президентом страны. М.С. Горбачев обещал взять под свой личный контроль меры по стабилизации ситуации.

В информационном выпуске бакинского телевидения было сообщено, что Чайкенд (Геташен) занят ОМОНом и войсками, 15 армян погибло, 14 ранено, захвачено 45 заложников армян, ранено 4 азербайджанца.

2 мая. Тревожные вести, поступавшие из Геташена, Мартунашена, НКАО и приграничных районов Армении, вновь взбудоражили народ, в Ереване состоялся многотысячный митинг.

В Ереване приземлились два вертолета, прибывшие из Шаумяновского района, куда на бронемашинах вывезли нескольких раненых из Геташена и Мартунашена.

Азербайджанский ОМОН распространил документ, согласно которому жители сел Геташен и Мартунашен якобы просили омоновцев и военных дать им возможность беспрепятственно покинуть села.

Председатель КГБ СССР Крючков в телефонном разговоре с Л. Тер-Петросяном апеллировал к тексту этого документа.

3 мая. С раннего утра возобновился артобстрел приграничных армянских сел. Из нескольких сел Иджеванского района эвакуированы женщины и дети.

Таушский район Армении. Из артиллерийских орудий и автоматического оружия обстреливаются села Паравакар, Мовсес, Кармир-Ахпюр, Неркин-Шен. Погиб 1 армянин.

В Геташен вылетел военный вертолет, однако врачам не разрешили выйти и оказать помощь раненым. Вертолет прилетел обратно с 22 женщинами и детьми, а также 2 ранеными на борту.

Село Мартунашен полностью горит. Погибло 12 человек, без вести пропало 20 и взято в заложники 7. Подразделения ВВ, азербайджанского ОМОНа не дают приблизиться к 2 трупам у памятника.

Радиотелеграмма из Геташена:

«SOS! SOS! SOS!

Мы, жители двух армянских сел в Азербайджане Геташен и Мартунашен, умоляем: спасите наши жизни.

Советская армия уничтожает нас, советских граждан. В нас палят из пушек, стреляют из пулеметов и автоматов с земли и с неба. Нас давят танками в наших домах и дворах, детей, женщин, стариков хватают заложниками азербайджанские омоновцы, ломают руки, ноги, ребра разбивают ударами об стену, отбивают почки, снимают скальп, гонят голыми по улицам, колют ножами. Мы держались три года, но против армии нам не устоять, наши мужья бессильны защитить нас охотничьими ружьями, армия уничтожает нас, заставляя признать власть Азербайджана или покинуть родные села, но даже бежать не дают, стреляют. Наши дома разгромлены, горят, нам негде укрыться! Люди мира! Спасите! Хотя бы детей спасите! Мы погибнем, огражденные танками от внешнего мира. SOS! SOS! СПАСИТЕ».