Хуарес провел на посту министра внутренних дел всего полтора месяца. Он прибыл в столицу 2 ноября, а в ночь на 17 декабря войска столичного гарнизона под командованием генерала Сулоаги, бывшего кассира игорного дома, заняли все правительственные учреждения. Началась охота на левых либералов. Одним из первых подвергся аресту Хуарес. Очередное пронунсиаменто было налицо. Мятежники отменили конституцию, разогнали конгресс. Кто же их возглавлял? Сам президент Комонфорт. Совершив переворот, он объявил себя диктатором и пообещал вновь созвать учредительное собрание для выработки новой конституции.

Слухи о готовящемся заговоре уже давно ходили в столице. Комонфорт выражал недовольство конституцией, которая, по его словам, связывала ему руки. Он жаловался, что конгресс, наделенный большими полномочиями, лишал его возможности эффективно управлять страной. Президент опасался, что конгресс, в котором ведущую роль продолжали играть левые, навяжет ему новые радикальные реформы. Такие же опасения высказывали генерал Сулоага и некоторые члены кабинета министров. Они убедили Комонфорта возглавить переворот, обещая поддержку командующих военными округами и губернаторов штатов. Комонфорт присоединился к заговорщикам. По его собственным словам, он в одну ночь из законного президента превратился в презренного мятежника.

Перед переворотом Комонфорт вызвал Хуареса и попытался привлечь его на свою сторону. Хуарес вежливо, но категорически отказался. На следующий день о планах заговорщиков стало известно конгрессу. От кого? Возможно, от Хуареса. Конгресс потребовал объяснений от президента и министров, замешанных в подготовке пронунсиаменто. Комонфорт отказался их дать. Хуарес надеялся мобилизовать Национальную гвардию на защиту конституционного порядка, но заговорщики его опередили.

Комонфорту было легче совершить переворот, чем решить, каким путем ему следует пойти дальше. Мятежники захватили власть в столице, в большинстве же штатов они получили решительный отпор. В Оахаке единомышленники Хуареса твердо удерживали власть в своих руках. Губернаторы десяти самых влиятельных и крупных штатов высказались против переворота. Они образовали Лигу губернаторов-либералов, которая потребовала от Комонфорта ухода в отставку и передачи власти его законному преемнику Хуаресу, клерикалы же настаивали на расправе с Хуаресом.

Комонфорт не решался ни на то, ни на другое. Видя его колебания, реакционеры 11 января 1858 года совершили новый переворот, они объявили о смещении Комонфорта и провозгласили президентом генерала Сулоагу. Комонфорт, опираясь на верные ему части, попытался было оказать сопротивление, но, покинутый левыми и правыми, бежал в Веракрус, предварительно освободив из заключения Хуареса и других демократов. В Веракрусе Комонфорт заявил, что отказывается от поста президента в пользу Хуареса. 7 февраля он покинул Мексику и направился в Соединенные Штаты.

После бегства Комонфорта Хуарес и другие левые либералы — члены разогнанного Сулоагой конгресса — тоже покинули столицу и разными путями направились в город Гуанахуато, расположенный в 300 километрах к северу от Мехико. Здесь их поддержал генерал Парроди, располагавший 8-тысячной армией.

Дои Бенито прибыл в Гуанахуато 18 января. «Сюда явился некий индеец Хуарес, выдающий себя за президента республики», — писал в те дни в письме из Гуанахуато один местный житель. На следующий день Хуарес обратился к стране с воззванием, в котором, ссылаясь на конституцию, объявлял, что вступил в должность президента. Он осудил мятежников за стремление под предлогом защиты церкви и религии разрушить законный порядок, установленный согласно воле большинства мексиканцев. Хуарес призвал народ выступить в защиту конституции 1857 года и прогрессивных законов, принятых учредительным собранием, и строго наказать мятежников.

Несколько дней спустя Хуарес создал правительство с участием виднейших левых либералов. Мельчор Окампо стал военным министром, министром иностранных и внутренних дел. Прието — министром финансов. Генерал Парроди был назначен главнокомандующим войск.

Обычно в Мексике считалось, что тот, кто правил в столице, правил в стране. После очередного переворота проигравшая сторона, по крайней мере на некоторое время, прекращала дальнейшую борьбу. Теперь же, создав свое правительство внутри страны, левые заявляли, что они отказываются подчиниться неписаным правилам игры в пронунсиаменто и будут бороться с оружием в руках против мятежников, засевших в столице, пока правое дело конституционалистов не восторжествует.

Хуарес и члены его правительства, не теряя времени, стали направлять послания и письма своим единомышленникам в других штатах, призывая к активному сопротивлению мятежникам. Телеграфа в их распоряжении не было. Ежедневно Гуанахуато покидали курьеры Хуареса, переодетые в погонщиков мулов или крестьян, с посланиями его единомышленникам в провинциях. «Вооружайтесь, создавайте партизанские отряды, готовьтесь к длительной и беспощадной борьбе, нас ждут суровые времена, но мы победим извечных врагов мексиканского народа — реакционных церковников и продажных генералов-предателей», — писал им законный президент Мексики.

Контрреволюционеры тоже не сидели сложа руки. Они образовали в столице правительство во главе с Сулоагой. США, Англия, Франция и другие державы поспешили признать его. Иностранные державы надеялись добиться от Сулоаги новых концессий и льгот. На сторону Сулоаги перешла значительная часть армии и почти весь генералитет. Ему оказывала финансовую помощь церковь. Сулоага получил в дар от церковников только в 1858 году около 5 миллионов песо. Его политическими советниками являлись архиепископ Мехико де ла Гарса-и-Бальестерос и епископ Мичоакана Мунгия.

Действуя по их наущению, Сулоага отменил законы Хуареса и Лердо, вернул все права и привилегии духовенству, провозгласил себя верноподданным панского престола, за что удостоился личного благословения со стороны Пия IX.

Хотя в большинстве штатов, в том числе в таком важном стратегическом пункте, как Веракрус, порт которого являлся морскими воротами страны, сторонники Хуареса одержали верх, тот факт, что за Сулоагой стояла армия, что его признали иностранные державы и что он являлся хозяином столицы, давал ему значительный перевес над сторонниками конституционного правительства. Но Хуарес и его единомышленники были полны решимости продолжать начавшуюся борьбу до победного конца.

Стремясь не дать Хуаресу опомниться и мобилизовать силы левых, Сулоага направил ударную колонну верных ему войск под командованием генерала Осольо в сторону Гуанахуато. Это вынудило Хуареса и его правительство перебраться в Гуадалахару, где их настигло известие, что Осольо нанес при Саламанке поражение Парроди. Из 8 тысяч солдат у Парроди после сражения при Саламанке уцелело всего 2 тысячи, с которыми он поспешно отступил к Гуадалахаре, преследуемый победоносным Осольо.

Хуарес, получив известие о поражении Парроди, обратился с новым манифестом к народу, в котором писал: «Независимо от того, выиграем ли мы или проиграем нашу битву, погибнем ли мы в боях или падем от руки наемных убийц, священное дело, которое мы защищаем, непобедимо. Поражение при Саламанке всего лишь несчастный случай. Нас могут постигнуть и другие поражения. Война только начинается… Но будущее принадлежит демократии, свобода — ее непобедимое оружие. Ее цель — прогресс. Я всем своим существом верю в эти идеалы. Это мое единственное достоинство, дающее мне основание претендовать на должность президента. Поражения в войне не заставят нас отказаться от наших идей, сила которых превыше пушек».

Между тем оставаться и в Гуадалахаре было небезопасно. Хуарес решил направиться в город Колиму, но ему помешал мятеж одной из рот местного гарнизона, которым командовал подполковник Ланда. Мятежникам удалось выпустить из тюрьмы уголовников и с их помощью арестовать Хуареса и членов его правительства.