Падение фаворита Сперанского большинством государственных мужей было встречено с каким-то даже ликованием Однако не всеми. Так, Н. С. Мордвинов, известный государственный деятель, экономист, в знак протеста против удаления Сперанского, которого он очень высоко ценил, подал в отставку с поста председателя Департамента экономии Государственного совета и уехал в своё имение, в деревню.
Но на этом история Сперанского не кончилась: бывший фаворит отправил императору письмо, в котором чётко и ясно доказывал свою невиновность и в то же время утверждал, что составленный им план государственных преобразований явился причиной всего, что случилось с ним, но выражал уверенность, что рано или поздно Государь вернётся к этой проблеме и использует его идеи.
Даже после отправления Сперанского в ссылку его недруги продолжали преследовать его своими наветами. Так, например, уже по удалении Сперанского в правительственных и придворных кругах получила хождение записка на французском языке, в которой утверждалось, что Сперанский — злодей и предатель отечества, что он для захвата власти хотел своими преобразованиями произвести в государстве переворот, что он связан с Наполеоном, войска которого 12 июня перешли реку Неман и продвигаются к Москве. Эта записка была составлена ещё одним недругом Сперанского, Розенкампфом, и доработана Армфельтом Розенкампф служил в комиссии законов, смертельно завидовал талантам Сперанского и за это ненавидел бедного Михаила Михайловича. А Армфельт продолжал вдогонку добивать своего бывшего покровителя. В самый разгар войны, в сентябре 1812 года, поступил ещё один донос на Сперанского, донос о том, что Сперанский в разговоре с архиереем будто бы упомянул, что Наполеон пощадил духовенство в Германии. В результате Александр I распорядился перевести «злодея» в Пермь.
Из Перми Сперанский написал ставшее знаменитым «оправдательное» письмо. В нём он весьма логично и убедительно опроверг все обвинения, выдвинутые в записке, которую император передал ему во время прощания и в которой говорилось, что будто бы Сперанский хотел увеличением налогов вызвать ненависть народа к верховной власти и, таким образом, путём предпринятых финансовых мер расстроить государство перед нашествием наполеоновских войск. Утверждение, что якобы Сперанский дурно отзывался о Государе, Сперанский назвал клеветой, потому что он порицал правительство, а не Государя. Автор письма просил разрешения поселиться в его новгородском имении. Но и это письмо осталось без ответа.
Только после нового письма Сперанского к Государю с просьбой обратить внимание на его судьбу (а это было уже в 1814 году, когда наши войска вступили в Париж) Александр дал дозволение о переезде его в новгородское имение.
В ссылке Сперанский продолжал работать над проектами нововведений, причём, сбитый с толку, не понимал, что Государь навсегда отказался от реформирования, что он передал власть в руки Аракчеева, весьма далёкого от каких-либо либеральных реформ, тем более ограничивающих власть его до самозабвения любимого императора.
В 1816 году Сперанский снова просил императора о помощи и одновременно отправил письмо Аракчееву с просьбой похлопотать о нем перед императором Неизвестно, помог ли ему действительно Аракчеев, но 30 августа 1816 года Александр I издал указ, в котором говорилось, что «по внимательном и строгом рассмотрении поступков» бывшего статс-секретаря Сперанского Он, Государь, «не нашел убедительных причин к подозрениям», а потому, чтобы Сперанский получил возможность «усердною службою очистить себя в полной мере», назначает его пензенским губернатором.
Всё существо Сперанского было нацелено на реформаторство, и он, будучи губернатором Пензы, продолжал составлять проекты и отправлять их Государю. Но Александр в эти годы был уже во власти депрессии и мечтал освободиться от императорства (по крайней мере, он неоднократно высказывался на этот счёт). Сперанский не видел и не понимал этого, он предлагал учредить комитет по выработке реформ, даже советовал в этот комитет пригласить министра финансов Гурьева, нескольких губернаторов и предводителей дворянства и, конечно, себя.
В марте 1818 года, окончательно реабилитировав в своём мнении Сперанского, император назначил его генерал-губернатором Сибири с соответствующим этому званию повышением класса чина (II класс Табели о рангах с обращением «Ваше высокопревосходительство»). И в частном, собственноручно написанном письме к Сперанскому Александр I поясняет, что этим назначением он хочет показать всем, насколько несправедливо Сперанский был оклеветан. Это звучало, как покаяние.
Работая сибирским генерал-губернатором, Сперанский, в соответствии со своими обязанностями, создал план преобразования Сибири и продолжал еще писать записки и в правительство, и Государю, но в них уже не было того пыла, каким он горел прежде. Он понял наконец, что его мечты остаются только мечтами, что Россия не готова к реформированию, что людей, понимающих его необходимость и готовых на деле, а не на словах решать эту проблему, очень мало. Будучи самым крупным специалистом-практиком в деле реформирования государственного устройства России, Сперанский, ознакомившись с декабристскими идеями, увидел в них наивные, по сути непродуманные и непроверенные на практике предложения. Конечно, он весьма скептически отнёсся к этим проектам, особенно к конституционным идеям и призывам освободить крестьянство. В письме к графу В. П. Кочубею Сперанский замечает: «Все чувствуют трудности управления как в средоточии, так и в краях их. К сему присовокупляется недостаток людей. Тут корень зла: о сем прежде всего должно бы было помыслить тем юным законодателям, которые, мечтая о конституциях, думают, что это новоизобретенная какая-то машина, которая может идти сама собою везде, где ее пустят». А о преждевременном освобождении крестьянства без решения проблемы с их хозяевами-помещиками и с землёй Сперанский написал: «Кто метет лестницу снизу?», сразу указав на нелепость этих призывов.
В марте 1825 года Сперанский вернулся в Петербург. Но это был уже не тот Сперанский, который прежде, чувствуя поддержку своего покровителя, императора Александра I, смело высказывал свои мысли относительно государственного управления и его реформирования. Теперь, настрадавшись, он стал сдержанным на высказывания, строгим и несколько замкнутым Некоторые историки считают, что Сперанский стал угодливым и льстивым, даже перед Аракчеевым По-видимому, он просто стал понимать, что их судьбы с Аракчеевым схожи в одном: оба они, фавориты императора Александра I, труженики во имя Отечества, оба искренне и бескорыстно служили царю и Отечеству, и оба получили от общества, на которое работали, порицание их трудов и негативную оценку их самих как личностей. Поэтому Сперанский высоко оценил работу Аракчеева в создании военных поселений; возможно, заодно и в благодарность за его, Аракчеева, заступничество перед их общим благодетелем в тяжёлое для него, Сперанского, время.
По возвращении из Сибири Сперанский получил назначение членом Государственного совета. На радость ему, Александр I одобрил выработанные им проекты преобразования Сибири, и они получили статус закона. Но после этого с императором Александром I он уже не встречался: илшератор уехал в Таганрог и 19 ноября 1825 года скончался. В декабре произошло восстание декабристов. Николай I, вступив на престол, создал судебную комиссию по рассмотрению дел декабристов. Он знал, что Сперанский не одобрял ни идей «юных законодателей», как он их однажды назвал, ни их непродуманного, а потому бессмысленного поступка, поэтому пригласил его поработать в этой комиссии. И Сперанский согласился. С его стороны это было не предательство, не противоречие в его позиции, это было выражение его подлинного мнения.
Николай I приблизил Сперанского к себе как никем не превзойдённого законодателя и поручил ему составить «Свод Законов Российской империи», или «Собрание Законов Российской империи». Это был огромный труд; надо было собрать и разобрать все законы, указы и постановления по годам, внутри каждого года тоже в хронологическом порядке, причём все, начиная с царствования Петра I, а затем вышедшие в царствования: Екатерины I, Петра II, Анны Иоанновны, Елизаветы Петровны, Екатерины И, Павла I и Александра I. Для того времени этот труд был практически необходим и в Сенате, и в Государственной думе, и в министерствах, и в департаментах. В последующие царствования он архивно пополнялся, но заслуга Сперанского в этом деле, несомненно, великая. И для нас, потомков, этот труд имеет огромное научное значение с точки зрения истории.
