Пётр настолько привязался к Меншикову, что уже не хотел разлучаться с ним Вместе с ним «Алексашка» был и в Первом (1695) и во Втором (1696) Азовских походах, вместе с ним строил суда в Воронеже. В марте 1698 года Пётр, присоединившись инкогнито к Великому посольству в Европу, возглавлявшемуся Лефортом, взял с собой за границу и своего любимца «Алексашку», «Данилыча», как он его называл. Узнав о стрелецком бунте, Пётр вместе с «Данилычем» вернулся в Москву для розыска и расправы со стрельцами. Меншиков и царь вместе присутствовали на пытках стрельцов и вместе на Красной площади собственноручно рубили головы бунтовщикам.
Меншиков везде следовал за царём и выполнял все самые важные его поручения. Он вместе с Петром участвовал в Северной войне со Швецией (1700–1721), проявляя храбрость, выдержку и недюжинные военные способности. Когда в октябре 1702 года русскими войсками был взят Нотебург (Орешек, впоследствии названный Шлиссельбургом — «Ключ-Городом»), Пётр назначил Меншикова, принимавшего непосредственное участие в сражениях, комендантом этой крепости и губернатором всех завоёванных областей. Тогда же Меншиков был возведён в сан графа Священной Римской империи.
16 мая 1703 года была заложена Петропавловская крепость, что считается основанием Санкт-Петербурга, первыми названиями которого были: Санкт-Питер-Бурх, Питерпол, Петрополь. Первым генерал-губернатором города Пётр назначил своего любимца Александра Даниловича Меншикова.
В 1705 году Пётр послал Меншикова в Литву, где проходили самые активные военные действия, в качестве сначала помощника фельдмаршала Огильви, а с 1706 года — самостоятельного главнокомандующего. В том же году Меншиков одержал победу над шведским генералом Мардефельдом, первую победу русских над шведами. За эту победу Пётр щедро наградил Меншикова и даровал ему титул князя Священной Римской империи.
В июне 1705 года начался мятеж в Астрахани «против бояр и немцев». 13 марта 1706 года силою государевых войск во главе с Меншиковым мятеж был подавлен. В 1707 году Пётр возвёл своего любимца в достоинство светлейшего князя Ижорского.
Когда было получено известие об измене Мазепы, Пётр опять призвал Меншикова, и тот напал на Батурин, ставку Мазепы, взял его приступом и жестоко разорил. Были перебиты почти все жители Батурина.
Особенно отличился Меншиков в Полтавской битве (27 июня 1709 года). Рано утром шведы, под началом генерала Аевенгаупта, пошли в атаку с намерением уничтожить русскую конницу, которая находилась перед русским лагерем. Но атака захлебнулась, потому что русская конница ушла со своей позиции, а шведы оказались под убийственным огнём русской артиллерии. Шведы отступили в лес. В девять часов битва возобновилась. Русские и шведы сошлись в жаркой рукопашной. Пётр, пренебрегая опасностью, отдавал приказы в самой гуще битвы. Одна пуля прострелила ему шляпу, вторая попала в седло, а третья ударила в крест, висевший у него на груди, и отскочила, повредив только крест. Меншиков сражался рядом. Через два часа шведы дрогнули по всему фронту. А затем побежали, оставив на поле боя около девяти тысяч убитых. Оставшиеся 16 тысяч шведов отступили и стали спешно отходить к Днепру. Русские захватили в плен нескольких шведских генералов, которых Пётр, вернув им шпаги, пригласил к себе в палатку на пир. В погоню за остатками армии Карла XII был послан Меншиков. Армия шведов уже подошла к Днепру, но переправляться через реку было не на чем. Запорожцы едва-едва успели перевезти на своих лодках шведского короля и Мазепу. И тут Меншиков догнал шведов. Левенгаупт с армией в 16 тысяч человек вынужден был сложить оружие перед светлейшим князем Ижорским. Победа была полной. Она показала Европе, на что способно русское оружие, победившее одну из лучших армий того времени, в течение девяти лет считавшуюся непобедимой и наводившую ужас на страны Восточной Европы. Пётр послал два драгунских полка в погоню за Карлом XII, но шведский король уже успел укрыться в турецких владениях.
За победу в Полтавской битве Меншиков был награждён фельдмаршальским жезлом (чином генерал-фельдмаршала). Дальнейшие годы до 1714 года Меншиков провёл в походах русских войск в Курляндию, Померанию и Голштинию. В 1710 году он участвовал во взятии Риги, Ревеля, Выборга, Кексгольма — словом, в присоединении Прибалтики к России. Весной-летом 1711 года Меншиков вместе с Петром I отправился в Прутский поход, оказавшийся неудачным настолько, что в результате окружения русской армии турками Пётр чуть было не попал в плен. Меншиков договорился с турецким пашой, а фаворитка Екатерина Алексеевна, бывшая тоже в этом походе, отдала все свои бриллианты, чтобы откупиться от турок, что и явилось спасением и царя, и его армии. Вернувшись из похода, Пётр учредил в честь Екатерины орден Св. Екатерины, наградил её этим орденом, а в 1712 году сделал Екатерину своей женой, царицей, придав тем самым и дочерям своим, Анне и Елизавете, статус царевен. Наградил он достойно и своего фаворита «Данилыча», сумевшего договориться с турецким пашой.
В 1713 году Меншиков участвовал во взятии русскими войсками Гельсингфорса (ныне Хельсинки) и Або (ныне Турку). Участвовал он и в знаменитой битве при Гангуте (1714). Но после 1714 года Пётр возложил на Меншикова, как самого своего верного и ближайшего соратника, обязанности по внутреннему устройству государства, касавшемуся всех важнейших проблем реформирования и реорганизации, создания новых учреждений и строительства новых сооружений. Недаром А. С. Пушкин назвал Меншикова, это «дитя сердца» Петрова, «полудержавным властелином», то есть разделившим пополам с царём власть, потому что фаворит царя командовал во многих областях жизни государства почти наравне с царём Как только царь учредил коллегии вместо бывших ранее приказов, Меншиков в 1719 году был назначен президентом Военной коллегии, которая ведала не только чинопроизводством и назначением чинов на военные должности (вот широкое поле для взяток!), но и строительством новых верфей, гаваней, заказами и закупками обмундирования, обеспечением армии и флота продовольствием (завидное место для присвоения казённых денег!).
Александр Данилович был хорошим воином, храбрым и талантливым военачальником В те годы он душой и телом был безгранично предан Петру. Но в силу своей необразованности вряд ли мог осмысленно разделять устремления царя и потому искренне поддерживать реформы Петра во внутренних государственных преобразованиях. Главным делом для него, фаворита, было воспользоваться своим положением и обогатиться и за счёт казны, выделявшей средства на эти преобразования, и за счёт взяток, которые, зная его могущество, несли ему со всех сторон.
Когда в 1711 году Пётр впервые узнал о тёмных делах своего любимца, он пришёл в ужасный гнев и просто палкой поколотил Меншикова. Разумеется, «Данилыч» просил прощения, оправдывался и обещал, что этого больше не будет. Если бы это был не Меншиков, а кто-нибудь другой, Пётр, не колеблясь, отправил бы его на виселицу, но своего друга, к которому искренно привязался сердцем, так покарать он не мог.
По сути, Пётр был очень одинок. Рядом с ним была только Екатерина с детьми, но и она, благодарная Меншикову за её знакомство с царём, испытывая к нему расположение, постоянно заступалась за него перед Петром Это одиночество делил с ним еще только «Данилыч», который был всегда рядом: и в бою, и в тяжелые жизненные минуты, например, когда царевич Алексей Петрович предал и своего отца, и Россию, когда Петру необходимо было решать участь своего сына. Своим отцовским горем Пётр мог поделиться только с «Данилычем». Он видел в Меншикове даровитого и всей душой преданного ему человека, верного советчика, в том числе и в семейных делах, всегда не на словах, а на деле готового ему помочь без промедления. И лишиться такого близкого человека Пётр просто не мог, а потому терпел, хотя все обещания и мольбы «Данилыча» повторялись, как только его опять уличали в воровстве и взяточничестве.
В 1714 году по доносу Курбатова, изыскателя доходов для казны, было возбуждено против Меншикова дело о вопиющих его злоупотреблениях. Работала следственная комиссия, все злоупотребления были доказаны, однако Пётр продолжал оставлять своего «Данилыча» во власти и могуществе. Конечно, его доверие к Меншикову было поколеблено, но Пётр хотел верить клятвам фаворита.
