Как уже было сказано, в 1787 году Османская империя снова начала войну с Россией. Екатерина пожаловала Потёмкину чин генерал-фельдмаршала, наделила его должностью главнокомандующего Южной армией и отправила на войну с турками. Бытует мнение, что рядом с Суворовым, Румянцевым, Долгоруковым и другими полководцами-героями Потёмкин выглядел бесталанным и якобы даже мешал Суворову и Долгорукову в их военных действиях и в их карьере, из-за чего у них якобы были постоянные столкновения и даже серьёзные ссоры. Но это всё ничем не подтверждённые домыслы.
На самом деле под личным командованием Потёмкина были взяты города Аккерман, Паланки, Бендеры, причём не штурмом, как обыкновенно принято было у полководцев того времени, а бескровно, путём дипломатических переговоров, то есть цивилизованным путём, только в XXI веке признанным правильным, да и то не всеми. Под общим же руководством генерал-фельдмаршала Потёмкина были взяты Кинбурн, Очаков, Измаил и вообще во Второй Русско-турецкой войне отвоёваны Крым, Новороссия и Северное Причерноморье. Кроме того, в нашу отечественную историю были вписаны легендарные победы А. В. Суворова, ПЛ. Румянцева-Задунайского, В. М. Долгорукого-Крымского на суше и Ф. Ф. Ушакова на море, которые, по всей вероятности, не могли бы осуществиться, а тем более быть высоко оценёнными, без участия Потёмкина как главнокомандующего. Во всех своих реляциях императрице Потёмкин не только не преуменьшал, но, наоборот, возвеличивал их победы и просил для них самые высокие награды. Удивительно, но в этом весьма честолюбивом человеке не было стремления видеть в своих соратниках соперников. Напротив, он умел увидеть, оценить в своём соратнике военный талант и искренно поддержать его. Он выдвинул, поддержал и упрочил славу таких замечательных полководцев и флотоводцев, как А. В. Суворов, М. И. Кутузов, В. М. Долгорукий-Крымский, П. А. Румянцев-Задунайский, Ф. Ф. Ушаков, ограждал их от притеснений и просил для них наград и почестей. Недаром А. В. Суворов в письме к B. C. Попову от 8 ноября 1789 года написал такие восторженные строки: «Долгий век Князю Григорию Александровичу! Увенчай его Господь Бог лаврами, славою. Великой Екатерины верноподданные да питаютца от тука Его милостей. Он честный человек, он добрый человек, он великий человек! Щастье мое за него умереть!»
Выдвижение новых талантливых людей было даже для Потёмкина делом непростым. Так, за Суворова Потёмкин хлопотал не только перед императрицей, понимая, что она может послушать наговор какого-нибудь недоброжелательного придворного, а, зная нравы двора, он обращался к канцлеру А. А. Безбородко, в то время влиятельнейшему сановнику, с просьбой поддержать перед императрицей его ходатайство о награждении Суворова и других военачальников Южной армии. О Суворове он писал Безбородко: «Кобург пожалован фельдмаршалом за то, что Суворов его вынес на своих плечах, уже цесарцы бежали. Я просил об нем, честь оружия требует ознаменовать его подвиг».
Много усилий потребовалось, чтобы произвести в контр-адмиралы (III класс Табели о рангах) Ф. Ф. Ушакова. В то время пост первого члена Черноморского адмиралтейского правления занимал контр-адмирал Николай Семёнович Мордвинов, приятель Наследника великого князя Павла Петровича, соратник его детских игр, с детства знакомый Екатерине II. Мордвинов, человек неодарённый, нерешительный, а потому придерживавшийся формализма, естественно, не любил талантов, а потому всячески притеснял Ф. Ф. Ушакова, находившегося у него в подчинении. Потёмкин быстро понял, что Мордвинов не способен руководить морскими силами Чёрного моря, и со всей прямотой дал характеристику его деятельности: «„Есть два способа производить дела: один, где все возможное обращается на пользу и придумываются разные способы к исправлению недостатков.“ другой — где метода наблюдается больше пользы». Скоро «метода» Мордвинова показала свой результат. Суворов, готовясь к штурму Очакова, предусматривал блокирование крепости не только на суше, но и с моря, а потому просил обеспечить своевременный приход Севастопольской эскадры и активизировать действия Лиманской эскадры в целях противостояния турецкому флоту и нанесения ему тяжёлого урона. Приход Севастопольской эскадры зависел от приказа Мордвинова, но тот медлил отдавать распоряжение. Суворов предупреждал, что медлить нельзя, потому что на море с середины сентября начинается сезон бурь и штормов. Однако Мордвинов продолжал задерживать отдачу приказа. И случилось то, что предсказывал Суворов: Севастопольская эскадра, вышедшая наконец-то в море, попала в жесточайший шторм Все корабли и фрегаты либо погибли, либо оказались в негодном состоянии. Сорван был уже подготовленный штурм Очакова, но главное — погиб почти весь Севастопольский флот.
Потёмкин, получив 24 сентября 1787 года это страшное известие, был потрясён случившимся. Зная, что Екатерина II всячески поддерживает Мордвинова, что законы фаворитизма зачастую бывают выше государственных интересов, он написал императрице прошение об отставке и замене его ПЛ. Румянцевым-Задунайским. Он был буквально убит нанесёнными потерями не от врага, а от собственного начальника Черноморского флота и винил себя за недосмотр настолько, что хотел даже уйти в монастырь. С большим трудом Екатерина II и Румянцев-Задунайский уговорили его остаться на своём посту.
Мордвинов был вынужден подать в отставку, а Потёмкин получил возможность добиться для Ф. Ф. Ушакова повышения в чине до контр-адмирала и должности начальника Севастопольского порта. Процветание фаворитизма в русском обществе делало таких чиновников-сановников, как Н. С. Мордвинов, непотопляемыми. После смерти Потёмкина Мордвинов вернул себе прежний пост и продолжал политику утеснения Ушакова, но адмиралу Ф. Ф. Ушакову, знаменитому флотоводцу, он уже не мог сильно навредить, хотя и доставлял много неприятных минут.
Надо отметить тот факт, что Ф. Ф. Ушаков получил чин полного адмирала (II класс Табели о рангах) за 43 (!) победы на море, а Н. С. Мордвинов, благодаря тому что был в фаворе у Павла I как товарищ его детских игр, не одержав ни одной победы ни на море, ни на суше, да еще сильно проштрафившись в сентябре 1787 года, тоже получил чин полного адмирала.
Но вернёмся к Потёмкину. Ему пришлось много претерпеть клеветы, оговоров, сочинённых о нём явных небылиц. Несмотря на то что обманки, изображавшие избы и поставленные для примера во время путешествия Екатерины в Крым, были придуманы не им, а канцлером Безбородко, их окрестили «потёмкинскими деревнями», и это выражение бытует до сих пор. Завистливые и злобные придворные, особенно из близких Салтыковым и Зубовым, сочиняли и распространяли о нём всякие порочащие его слухи. До сих пор из одной публикации о Потёмкине в другую переписывается как факт рассказ о том, что он сожительствовал со всеми своими племянницами. Основывается это утверждение на том, что они имели доступ в его апартаменты во дворце, когда он был фаворитом-любовником, да еще заходили и в его спальню. Трудно поверить, даже при условии законов фаворитизма, не позволявших относиться к таким «пустякам» серьёзно, что Екатерина не выгнала из дворца племянниц-развратниц, у неё на глазах сожительствующих с её любовником, но, напротив, полюбила их, особенно Александру, доверяла им и всячески им покровительствовала уже и после отставки Потёмкина. Не выдумка ли это придворных? Кто из них стоял со свечой?
Особенной атаке Потёмкин подвергся в конце 80-х — начале 90-х годов., когда стало заметно охлаждение к нему Екатерины II и когда нетерпение великого князя Павла Петровича получить трон достигло наивысшей точки. Партия Салтыкова обвинила Потёмкина в присвоении средств, отпущенных ему казной на строительство городов, поселений и флота. Даже Суворов, который в письме к Попову обещал положить жизнь за благодетеля Григория Александровича, поверил этому и тоже в письмах распространял этот слух. Потёмкин потребовал расследования, и была назначена комиссия по выяснению этого дела. Она скрупулёзно проверяла все отчёты и кассовые документы полученных и потраченных денег. Закончила комиссия свою работу уже после смерти Потёмкина, в царствование Александра I, и пришла к заключению, что Потёмкин не только не присвоил ни одной копейки, но порой вкладывал в дело свои личные средства.
