Башкин не был одинок в своем стремлении помочь «срабным» — рабам. В их защиту с еще большей силой прозвучало «новое учение» Феодосия Косого. Беглый холоп Феодосий Косой, постригшись в монахи, создал учение, поставившее его в один ряд с выдающимися мыслителями XVI в. Он отвергнул не только феодальную церковь с ее иерархией, догматами и обрядами, но и всю систему феодальной эксплуатации, господства и подчинения, придал раннехристианскому вероучению черты совершенно радикальной системы, сделав принципиальное заключение о равенстве народов. В 1554 г. доставленный в Москву из Заволжья со своими учениками на собор Феодосий Косой успел до разбирательства и осуждения бежать в Литву, где его «новое учение» было быстро подхвачено простым людом и разнесено по Украине и Белоруссии.
В XVII в., несмотря на зарождение новых социально-экономических явлений, церковь стремилась сохранить свою роль. Между тем в жизни общества, особенно в городах, изменялось соотношение мирских и церковно-религиозных потребностей людей в пользу первых. Следствием этого стал рост религиозного индифферентизма. Неудовлетворенность церковными службами и обрядами способствовала росту влияния на духовную жизнь людей скоморошества и развлечений, которые церковь объявила языческими и несовместимыми с православной верой.
Кроме того, русская церковь за долгий период обособленного существования прониклась множеством всевозможных обрядов, разобщавших ее с общеправославной традицией. Из всех «нестроений» церкви особенно бросались в глаза беспорядочность и небрежность в богослужении, отсутствие единообразного богослужебного чина, что выражалось в сохранении местных различий в порядке совершения служб и обрядов, в разных составах почитаемых святых и отсутствии единообразных богослужебных текстов. «Нестроением» являлось также отличие богослужебного чина, принятого русской церковью, от чина других православных церквей, «зазорное» поведение «белого» и «черного» духовенства. Нужна была реформа церкви.
Церковные преобразования связаны с личностью Никона, возведенного на всероссийское патриаршество в 1652 г. Царь Алексей Михайлович считал его единственным иерархом, способным справиться с этой трудной задачей. Вместе с тем Никон имел устойчивое представление о превосходстве церковной власти над государственной, ставил своей целью победу над светским мировоззрением, которое постепенно утверждалось, мечтал превратить Московское государство из провинции христианского мира в центр, равный Царьграду. Таким образом, в деятельности Никона переплелись интересы государства, потребности церкви и личные амбиции властолюбивого патриарха, стремившегося занять по меньшей мере равное с царем положение в управлении Россией.
Следствием же умеренной церковной реформы явилось то, что русское общество оказалось в глубоком и трагическом расколе. Сама реформа, силовые методы ее проведения вызвали широкое недовольство. Введение новых обрядов и богослужения по исправленным книгам многие восприняли как введение новой религиозной веры, отличной от предыдущей, «истинно православной». Возникло движение сторонников старой веры — раскол, родоначальниками которого были провинциальные ревнители благочестия — протопопы Иван Неронов, Аввакум Петров, Даниил Логгин. Большинство же сторонников старой веры составили посадские люди и крестьяне, недовольные укреплением феодально-крепостнического режима и ухудшением своего положения, что они связывали с нововведениями, в том числе и в религиозно-церковной сфере.
Вместе с тем Никон не пожелал удовлетвориться второй ролью в государстве. Опираясь на принцип «священство выше царства», он попытался полностью выйти из подчинения светской власти. Будучи личностью незаурядной, энергичной, Никон все же не смог одержать верх в борьбе против царя. Его позиция отражала исторически обреченный, запоздалый всплеск претензий духовной власти на приоритет перед светской. Царю удалось добиться победы при поддержке зарубежных патриархов, которые в декабре 1666 г. осудили своего собрата и лишили его высшего церковного сана. Крушение Никона стало важным этапом на пути утверждения абсолютизма в России. Оно в известной степени подготовило радикальный шаг Петра I, связанный с фактическим упразднением патриаршества в 1700 г.
Раскол и оформление старообрядческой церкви были показателем падения влияния официальной церкви на народные массы в последней трети XVII в. Идеологии раскола были присущи как консервативные, так и прогрессивные черты. К первым можно отнести идеализацию и защиту старины, проповедь национальной замкнутости, враждебное отношение к распространению светских знаний и пропаганду принятия мученического венца во имя «старой веры» как единственного пути спасения души. Эти идеи породили практику «огневых крещений». В психозе массовых самосожжений гибли сотни и тысячи людей.
К прогрессивным сторонам идеологии раскола следует отнести освящение и оправдание различных форм сопротивления власти официальной церкви и феодально-крепостнического государства, разоблачение репрессивной политики царской и церковной властей в отношении старообрядцев и других верующих, не признававших официальную церковь, и оценку этой политики как действий, противоречащих христианскому вероучению. Вожди раскола в 70-е годы XVII в. подошли даже к оправданию народных восстаний своего времени. Эти черты идеологии и преобладание в составе участников крестьян и посадских людей придали расколу характер социального, антикрепостнического по своей сути движения, что выявили народные выступления последней трети XVII в. Кроме того, в обстановке крутой ломки сложившихся социальных форм и духовно-идеологических устоев именно старообрядчество, несмотря на свою эсхатологическую сущность, даже фанатизм и житейскую отрешенность, сохраняло преемственность в развитии национального самосознания и культуры.
Полоса репрессий против идеологов раскола, отказавшихся от примирения с официальной церковью, завершилась в апреле 1682 г. сожжением содержавшихся в тюрьме Пустозерска протопопа Аввакума и его товарищей по заключению.
Русская церковь давно проявляла усердие в борьбе с западными влияниями. В XVII в. эту борьбу осложнило то, что восприимчивыми к взглядам западного толка оказались царская фамилия и столичные светские феодалы, несшие службу при Царском дворе. Ставший патриархом с 1674 г. подозрительный Иоаким был непримиримым врагом всего «латинского» и, кроме того, сторонником никоновского положения «священство выше царства». Проводниками «латинства» из духовных лиц были монахи Симон Полоцкий и его ученик Сильвестр Медведев. Симон Полоцкий в 1664 г. по приглашению царя Алексея Михайловича прибыл в Москву на должность наставника царских детей. Он принадлежал к особому сословию духовных лиц, которые появились в России после воссоединения с ней Украины и были совершенно раскованы в религиозном отношении, веря преимущественно в разум, мирские науки. В большинстве своем они получали образование в западноевропейских университетах, где проникались сознанием широкой веротерпимости и уважения человеческого достоинства. Симеон Полоцкий тяготел к западной образованности, фактически став первым светским профессиональным писателем в Московском государстве. Созданная им атмосфера просвещения и духовности разлагала средневековый мир догматизма, открывала перед Россией просторы интеллектуального развития. Вот почему он проявлял так много заботы об открытии в Москве академии как всесословного учебного заведения, выпускники которого могли поступать как на гражданскую службу, так и посвящать себя духовным занятиям.
Во второй половине XVII в. противовесом просветителям были грекофилы. Каждая из группировок пыталась реализовать собственную программу, опираясь на одну и ту же силу — царскую власть. Идейными вдохновителями грекофильства становятся братья Иоаникий и Софроний Лихуды, прибывшие в Москву от константинопольского патриарха в 1685 г. Усилению грекофилов во многом способствовала поддержка «мудроборчески» настроенного патриарха Иоакима. Церковные ортодоксы предприняли настоящее наступление против все усиливающейся секуляризации духовной жизни, рассчитывая удержать мистико-аскетические традиции восточного православия.