Том редко напрямую говорил о своей связи с церковью, имеющей миллионы последователей и центры, расположенные по всему миру, но летом 1992 года он в разговоре с писателем Джеймсом Гринбергом сказал, как его злят критические отзывы прессы об учении: «Статьи, которые вы читали, написаны с точки зрения тайны и знания. Они рассказывают, что религия диктует человеку определенный образ жизни. Это неправда. Она подталкивает к концептуальному и независимому мышлению. Сайентология работает на меня. Она помогает мне быть самим собой и делать, что я хочу. Невозможно предсказать, каким будет ваш путь к просветлению. Это ваше личное переживание. Суть проблемы состоит в том, чтобы исследовать собственную личность и решить, что для вас истина и реальность. Сайентологи не хотят внутреннего бунта и борьбы. Но они хотят донести Слово до людей так, чтобы они сами решили, каков будет их путь».

На съемках «Несколько хороших парней» Том настоял, чтобы Майкла Довена, его помощника, члены съемочной бригады называли «коммуникатором».

Основной «Словарь по дианетике и сайентологии» трактует понятие «коммуникатор», как «человек, осуществляющий поддержку в работе и быту. Он помогает подопечному освободить время и сосредоточиться на непосредственной деятельности». Один из секретарей Тома рискнул вступить в члены церкви. Особая чувствительность актера по отношению к публикациям некоторой информации вызвала трения между его пресс-секретарем и рядом американских журналов. Актера неоднократно спрашивали, не принуждает ли он вступать свой личный персонал в ряды сайентологов. Том Круз резко обрывал подобных наглецов: «Я не спрашиваю, какую религию исповедует мой служащий или тот, кто собирается на меня работать. Потому что это незаконно».

Николь Кидман обратилась к церкви под влиянием своего мужа, который неоднократно говорил, что «поняв суть учения, она приняла его для себя». Фонд страдающих дислексией ополчился против актера, который заявил, что сайентология помогла ему излечиться от дислексии как от простой простуды. Его обвинили в распространении неверной информации. Церковь стала камнем преткновения между Томом и продюсером «Заряженного оружия» и «Дней грома», Доном Симпсоном. Том Круз хотел, чтобы при работе над фильмом использовалась система сайентологов «чистый звук». Симпсон вышел из рядов последователей церкви, и долгое время после этого пресса выясняла подробности его пребывания там. Адвокаты Симпсона послали в журнал «Лос-Анджелес» письмо с угрозами, требуя опровержения опубликованной информации. Сайентологи утверждают, что источником лживой информации были неудовлетворенные бывшие последователи. Основатель церкви, Л. Рон Хаббард написал своеобразный кодекс чести, который гласил: «Не воспринимай и не давай информации, пока ты сам не захочешь». Конфликт по поводу использования новой звуковой системы имел свое продолжение, потому что создатели фильма «Дни грома», признав результативность системы, отказались все же от ее использования, ссылаясь на определенные дефекты. Интересно, что систему все-таки применили. Она использовалась в работе над «Далеко и надолго», «Несколько хороших парней», «Фирмой». Интерес Тома Круза к системе объяснялся его желанием придать мощи своему слабому голосу.

Члены церкви утверждали, что учение избавляет их от волнений, концентрирует внимание, и дает возможность освободиться от ненужных переживаний и самому решать свою судьбу. «Каждый сам должен найти свой путь к просветлению», — говорил Том Круз. Церковь пережила трудные времена: ее главам приходилось писать многочисленные опровержения в прессе, выдерживать судебные процессы, на нее ополчились адвокаты обиженных сторон. Но сайентологи успешно выходили победителями из судебных боев и даже более того: когда одного известного адвоката попросили выступить в суде против церкви, он отказался, заметив: «жизнь слишком коротка, чтобы судиться с сайентологами».

Основная база церкви находится в Калифорнии, недалеко от главной резиденции Тома Круза. Последователи занимают роскошные особняки, где могут встречаться адепты. «Центр знаменитостей» предлагает широкий спектр курсов и семинаров. По словам одного из посетителей, «сотни артистов посещают курсы в «Центре». Они в один голос твердят, что сайентология помогает им решить психологические и профессиональные проблемы». В собственность церкви входит усадьба, расположенная на 550 акрах земли, в 70 милях от Лос-Анджелеса, киностудия, радио- и телевизионные каналы.

Том пользовался всеми удобствами комплекса, включая бассейны, спортивные залы и рестораны. Вместе с Николь они прилетали в комплекс на частном самолете. Комплекс необыкновенно красив и ухожен. Жемчужиной его можно считать искусно разбитые парки и искусственное озеро с водопадом, прогулочные тропинки и спортивные поля.

Николь Кидман заявляла, что вступила в ряды последователей учения еще до встречи с Томом. В прессе мелькали сообщения о том, что Николь была огорчена присутствием сайентологов на их свадьбе. На ужине в честь бракосочетания рядом с Томом сидел могущественный Майк Овиц, по другую сторону находились два стола, за которыми сидели сайентологи. По имеющимся сообщениям, «они были такими же, как всегда: спокойными, вежливыми и покровительствующими, они будто бы защищали Тома». На свадьбе присутствовал и один из глав церкви, Дэвид Мискагив. Их взаимоотношения вызывали массу слухов в Голливуде. Мискагив присутствовал на чтении сценария «Далеко и надолго», приезжал на сами съемки. Том во всеуслышание заявил: «Дэйв — мой хороший друг, нам жаль, что мы не можем видеться чаще».

Однако церковь отнюдь не безупречна. Некоторые покинули ряды последователей с определенной долей горечи. Других посвятили в учение, но они не остались в рядах адептов на достаточно долгий срок. Тем не менее, все, покинувшие ряды, боятся откровенничать о годах посвящения, утверждая, что лозунгом сайентологии отнюдь не является «подставь другую щеку». Иначе как можно объяснить сомнения Тома относительно дачи интервью журналу «Премьер», когда первоначальное желание актера сотрудничать обернулось скандалом с его пресс-секретарем Пат Кингсли.

Вот какое признание сделал Том Круз «Премьеру»: «Сайентология мне дала много нового. Я могу помогать людям своим вмешательством и присутствием». Однако «Премьер» настаивал на интервью Тома. Вскоре настойчивому журналисту порекомендовали быть осторожным в выборе источника информации. Церковь делала все возможное, чтобы сохранить тайну членства. Никто не говорил ни об именах, ни о суммах пожертвований.

Одним из жертв контроля сайентологов над своими владениями стал режиссер «Смертельного оружия» Ричард Доннер, который снял фильм «Бред». Одна из его героинь, которую играла Эмма Соме, говорит о власти покойного Джона Кэнди: «Он лишает меня воли. Не кажется ли вам, что он сайентолог?» В результате преследований оскорбленных адептов режиссер и оператор решили вырезать шутку из фильма, чтобы не дразнить гусей. Церковь сражалась и с психиатрами, которые говорили, что сайентологи используют варварские методы в личностном исследовании. Один из управляющих церковью отметил, что «они — помогают знаменитостям, мы — служим им, мы делаем их более способными, тактичными, удачливыми. Их никогда не уничтожают психологически. Никогда!»

Том Круз, как правило, защищал церковь. Это отношение явно выражено в интервью Тома: «То же отношение к церкви прослеживается в прессе. Они совершенно не правы. То, как журналисты спрашивают о моем членстве, свидетельствует о недостатке интереса. Я знаю о церкви больше, чем кто-либо из журналистов. Они действительно приносят добро. В конце концов, она не должна подвергаться преследованию хотя бы потому, что я являюсь ее членом».

Примерно такое же отношение к проблеме высказал режиссер фильма «Несколько хороших парней», Роб Райнер: «Я ничего не знаю о сайентологии. Но если ее адепты так же относятся к работе, как Том Круз, я считаю, все должны быть сайентологами».