Лето 1904 года выдалось для «Севастополя» горячим. 10 июня броненосец в составе русской эскадры из одиннадцати кораблей вышел в море с целью прорваться из Порт-Артура во Владивосток, но попытка оказалась неудачной — наши корабли встретились с крупными силами японцев и по приказу командующего В.К. Витгефта повернули назад, причем «Севастополь» напоролся левым бортом на мину, потеряв одиннадцать человек ранеными. Во время ремонта на корабле возник пожар, в ходе которого погибли два моряка. В строй броненосец удалось вернуть только 25 июля. А уже через два дня «Севастополь» принял участие во второй попытке прорыва из Порт-Артура — сражении, известном в истории флота как «бой в Желтом море». На протяжении этого боя русский броненосец выпустил по врагу 78 снарядов главного калибра и 323 снаряда калибром 152 миллиметра и сам получил несколько попаданий. Три орудия вышли из строя, один член экипажа погиб, 61 моряк был ранен. Одним из двух раненых офицеров был Петр Черкасов — он получил ранение в голову и две контузии, в голову и грудь, но из боя не вышел и отказался от медицинской помощи.
После боя в Желтом море попыток прорыва во Владивосток русский флот больше не предпринимал, а корабли фактически стали плавучими батареями, оборонявшими крепость Порт-Артур. 10 августа 1904 года, отстрелявшись по японским позициям, «Севастополь» уже во второй раз подорвался на мине. Буксировать его в гавань пришлось под сильным артиллерийским огнем противника. Во время буксировки Петра Черкасова ударило лопнувшим перлинем. Надо сказать, что лейтенанту тогда неимоверно повезло — как правило, оборвавшийся трос рассекает человека пополам. Но мужественный офицер, отделавшийся сильной травмой, отказался покинуть боевой пост.
Сентябрь, октябрь и ноябрь 1904 года прошли для Петра Черкасова в боевых действиях на берегу — он командовал десантной ротой, в составе которой сражались 180 моряков «Севастополя». 25 ноября, когда положение оставшихся кораблей русской эскадры стало уже безвыходным, адмирал Р.Н. Вирен дал приказ перевести «Севастополь» (к тому времени все другие русские броненосцы погибли или вышли из строя) в бухту Белый Волк и готовиться к прорыву блокады. Японцы, в свою очередь, начали предпринимать все усилия для того, чтобы потопить «Севастополь». В ночь на 30 ноября семь японских миноносцев атаковали русский корабль, но севастопольцы метким артиллерийским огнем сорвали атаку, а один из вражеских кораблей был сильно поврежден. Следующая крупная атака пришлась на снежную ночь 2 декабря. 23 «японца» вновь попытались расстрелять русский броненосец торпедами, но «Севастополь» спасли вовремя установленные противоторпедные сети. Наши моряки ответили врагу пятьюдесятью залпами, в том числе девятью — из главного калибра. В обоих ночных боях действиями артиллеристов «Севастополя» умело руководил лейтенант Петр Черкасов.
Ночь на 3 декабря стала для «Севастополя» роковой. В корабль попали сразу три японские торпеды, в результате чего броненосец потерял управление. После этого корабль мог использоваться только в качестве несамоходной плавучей батареи. Артиллерийские стрельбы по врагу севастопольцы вели до вечера 19 декабря, когда на корабле был оглашен тягостный для моряков приказ — затопить броненосец в связи со сдачей крепости Порт-Артур. 20 декабря буксир «Силач» вывел «Севастополь» из бухты. К этому дню команда корабля состояла всего из сорока человек, а обязанности старшего офицера с 13 ноября исполнял Петр Черкасов. Борт обреченного корабля он покидал предпоследним. Командир «Севастополя», капитан 1-го ранга Н.О. фон Эссен, и сжимавший в руках кормовой флаг броненосца Черкасов со слезами на глазах следили за тем, как израненная в боях громада медленно погружается в волны. «Севастополь» уходил гордо, как и полагается русскому боевому кораблю, с развевающимся на мачте сигналом «Погибаю, но не сдаюсь», который поднял на стеньге фок-мачты Черкасов…
По итогам Русско-японской кампании Петр Нилович Черкасов был награжден орденами Святой Анны 3-й степени с мечами и бантом, Святого Станислава 2-й степени с мечами и Святого Владимира 4-й степени с мечами и бантом. Отличился в боях и старший брат Петра Василий Черкасов — в родной дом он вернулся с орденами Святой Анны 3-й степени с мечами и бантом, Святого Владимира 4-й степени с мечами и бантом, Святого Станислава 2-й степени с мечами и Золотым оружием «За храбрость».
Трагическая новость пришла в семью Черкасовых летом 1904 года. 16 июня погиб в чине лейтенанта брат Петра — 30-летний Анатолий. Он служил на первой русской подводной лодке «Дельфин». Когда во время учебного погружения возникла нештатная ситуация, Анатолий отказался покинуть гибнущий корабль и остался на лодке, дав возможность спастись проходившим обучение новичкам… Похоронили верного долгу моряка на Смоленском кладбище Петербурга. Братья Черкасовы получили известие о гибели Анатолия еще на «Севастополе», отслужили по нему панихиду… Этот случай глубоко запал Петру в душу. Скорбя по брату, он вместе с тем гордился его поступком.
По возвращении с Дальнего Востока Черкасов некоторое время находился в отпуске — раны, полученные в боях с японцами, давали о себе знать. Только 24 августа 1907 года признанный годным для дальнейшей службы офицер получил новое назначение. На этот раз оно было мирным — служить предстояло на построенном в 1895 году учебном судне «Верный». Но Черкасов хотел вернуться именно на боевой корабль и два года спустя добился своего — командование предложило ему миноносец № 213. Это был построенный на петербургской Охтинской верфи трехтрубный корабль водоизмещением 205 тонн, вооруженный тремя 37-миллиметровыми пушками французского производства и тремя торпедными аппаратами. И хотя этот спущенный на воду в мае 1903-го миноносец уже считался морально устаревшим (его скорость составляла 24 узла, в то время как зарубежные аналоги в то время давали уже около 30 узлов), Петр Нилович с удовольствием согласился на предложение. 15 октября 1909 года теперь уже старший лейтенант Черкасов впервые ступил на палубу в полном смысле «своего» корабля…
«Миноносником» Черкасову довелось быть чуть меньше года. 1 октября 1910-го он был зачислен штатным слушателем Николаевской морской академии по военно-морскому отделению, а год спустя начал посещать дополнительный курс академии по отделению военно-морских наук. 6 декабря 1912 года, в день тезоименитства императора Николая II, он был произведен в капитаны 2-го ранга. В том же месяце разошлись служебные пути братьев Черкасовых — Василий, которому долгое время доводилось служить вместе с младшим братом, получил назначение на строившийся черноморский линкор «Иоанн Златоуст».
1913 год ознаменовался для Петра Ниловича радостным событием — он наконец встретил свою единственную даму сердца, 31-летнюю Сусанну Владимировну Гильтебрандт. Ее дедом был придворный медик, а отцом — скончавшийся 30 ноября 1912 года тайный советник Владимир Аполлонович Гильтебрандт, занимавший должность врача при центральных учреждениях Морского министерства и Главного адмиралтейства. Родной дядя жены П.Н. Черкасова, Яков Аполлонович Гильтебрандт, с 1909 года имел чин адмирала. Морским офицером был и двоюродный брат Сусанны Владимировны, Кирилл Платонович Гильтебрандт, с которым П.Н. Черкасов был знаком еще по Порт-Артуру. В Первую мировую он командовал на Балтике тральщиком «Взрыв» и был убит матросами в марте 1917 года.
В мае 1913-го Петр Нилович взял отпуск и отправился с женой в родные края — в имение своей прабабушки Катунки Нижегородской губернии. Заслуженный моряк, пользовавшийся там всеобщей любовью, был избран гласным Балахнинского земского собрания. В сентябре Черкасов вернулся на Балтику и приступил к чтению лекций в Николаевской морской академии. Однако его старый знакомый Н.О. фон Эссен уговорил его принять командование над канонерской лодкой «Сивуч». Приказ о назначении последовал 23 декабря 1913 года, буквально накануне Рождества.
Прежде на канлодках Петру Ниловичу служить не приходилось. Этот класс кораблей предназначался для выполнения боевых операций в прибрежной зоне — несения патрульной службы, постановки минных заграждений. «Сивуч» был одной из четырех канонерских лодок, названных в честь погибших во время Русско-японской войны предшественниц (остальные корабли этого типа носили названия «Гиляк», «Бобр» и «Кореец»). Изначально все эти корабли строились для службы на реке Амуре и охраны дальневосточных рубежей России, но судьба распорядилась так, что все четыре канонерки остались на Балтике. «Сивуч» вступил в строй 24 июля 1908 года и с сентября 1913-го был прикомандирован ко 2-й минной дивизии Балтфлота, базировавшейся в Свеаборге (ныне Суоменлинна, Финляндия). Водоизмещение корабля — 960 тонн, экипаж состоял из 10 офицеров и 138 матросов. Канонерская лодка была вооружена двумя 120-миллиметровыми и четырьмя 75-миллиметровыми орудиями, тремя пулеметами и несла на борту 40 мин.
