1767 року Січ у своєму Наказі до Комісії по складанню нового Уложенія викладала своєрідну історію наступу на запорозькі володіння. У ньому говорилося про «розорення, образи, смертоубивства», що їх чинили загони царських військ, а також про поселення Новослобідського полку при фортеці св. Єлизавети та про створення слободи Нової Сербії, під які «вширину і вдовж немало землі, з лісами і рибними ловлями зайнято». Козаків Бугогардійської та Кодацької паланок, що господарювали на цих землях, із зимівників вигнали. Великих збитків зазнали запорожці й під час розмежування російсько-турецьких кордонів, коли в 1746 р. від їхніх володінь відрізали понад 300 верстов степу і Приазовського узбережжя. Тоді ж частину запорозьких земель віддали Донському війську.
Із створенням у 1754 р. між Запорожжям і укріпленою Українською лінією нової системи військових поселень, так званої Слов'яносербії, Військо Запорозьке, за образним висловом Мазепиних сподвижників Федора Мировича і Федора Нахимовського, переказаним на Січі військовим писарем Романовським, було «все в мішок убрато». Романовський спеціально їздив до Криму, щоб побачитися з Мировичем і Нахимовським. Спостерігаючи наступ царизму на запорозькі землі, вони зробили прозорливий висновок: «росіяни… нині вже Військо Запорозьке дорешти вигубити хотять, для чого знову на сьому боці Дніпра фортеці, як ось Єлісавет і прочія, пороблені, і уж Військо Запорозьке в мішок убрато, і тільки ж ще щоб як то мішок зав'язати, росіяни способу не обрали».
Утверджуючи свої позиції в українських південних степах, царський уряд заснував у 1767 р. Новоросійську губернію на базі Нової Сербії, Слов'яносербії, поселень Слобідського та півтора десятка сотень Миргородського, Полтавського та інших лівобережних полків і запорозьких земель по річці Інгул.
Царський уряд наклав свою руку і на Прогної з соляними озерами, якими користувалися запорожці, а також на перевози, що лежали на водних шляхах до Чорного моря й належали Січі. Спершу царські власті віддали їх під нагляд своїх урядовців, а згодом почали відбирати у Коша всі прибутки, що надходили з перевозів.
1770 року розпочалося будівництво Дніпровської укріпленої смуги, що починалася біля острова Хортиця, йшла вздовж кордону Запорожжя і Кримського ханства до гирла річки Берда біля Азовського моря. Військові інженери-фортифікатори й коменданти гарнізонів по-хижацькому знищували ліси, байраки, розбирали в зимівниках будівлі. На форт-штадтах нових фортець поселяли однодворців, пікінерів, зайд. Крім військових поселень, царські офіцери засновували на запорозьких землях свої власні слободи з селянами, перетворюючись таким чином на поміщиків-кріпосників. Отже, імперський урядовий наступ на Вольності Війська Запорозького супроводжувався загарбанням козацьких земель українськими та російськими поміщиками, представниками лівобережної та слобідської старшини, монастирями.
Боротьба запорожців проти кріпосницького колоніального наступу царизму, українських та російських феодалів, за збереження своїх прав і володінь досягла апогею в останнє десятиріччя існування Січі. Один із істориків — Шиманов — у 1888 р. назвав її «передсмертною поземельною боротьбою Запорожжя», яка спрямовувалася проти кріпосництва, оскільки запорозьке козацтво мало, за твердженням цього дослідника, «більш справедливий суспільний… лад, ніж самодержавна монархія».
Опір козаків наступу царизму на їхні права та землі відбувався в різних формах. Часто за негласними розпорядженнями Коша й особисто Калнишевського, а інколи й відкритих рішень запорозької січової Ради заселялися зимівниками кордони; військові запорозькі команди, окремі запорожці вступали в сутички з гарнізонами фортець, розкидали будівлі, розганяли пости, спалювали оселі. Збройний характер мали також сутички між запорозькими козаками й слобідськими та лівобережними поміщиками, котрі намагалися засновувати маєтки на землях Січі.
Запорозькі козаки не тільки вдавалися до зброї, але й прагнули здебільшого розв'язувати спірні питання мирним шляхом, політичними засобами. Неодноразово кошовий уряд звертався зі скаргами й протестами до царських властей. Писали козаки й малоросійському генерал-губернатору, військовому командуванню під час війни. Безпосередньо зверталися до імператриці Єлизавети Петрівни, до Катерини II. Депутати з Запорожжя, що їхали за традиційним регулярним щорічним «жалуванням» Війську Запорозькому до столиці імперії (грошове та хлібне утримання, порох та олово для виробництва куль, гармати), під час аудієнцій у цариці та вищих сановників завжди скаржилися на захоплення їхніх володінь. Споряджалися й спеціальні посольства Для розв'язання земельної проблеми.
За царювання Єлизавети Петрівни задовольнялися деякі прохання запорозького козацтва щодо його прав на безмитну торгівлю, володіння перевозами, промислами тощо. Водночас земельні претензії Запорозької Січі царським урядом ніколи не задовольнялися. Калнишевський брав участь у трьох таких депутаціях: у першій — як військовий осавул, у другій — як військовий суддя, у третій — як кошовий отаман.
У 1755–1756 роках у Петербурзі перебувала запорозька депутація в складі військового осавула Петра Калнишевського, Данила Гладкого та Івана Чугуївця, яких обрали на загальновійськовій Раді на Січі після одержання дозволу від гетьманської Генеральної військової канцелярії на відправку депутатів. Запорозький уряд — Кіш забезпечив їх докладною інструкцією й доручив передати царському уряду петицію з повідомленням про захоплення запорозьких земель Ново-Сербією, Слобідським полком і Донським військом. У петиції також викладалося прохання скасувати встановлене у 1755 р. мито на сіль, яку вивозила Запорозька Січ. Узагалі просили дозволити без мита везти із Запорожжя коней, худобу, звіра, хутра, а на Запорожжя ввозити харчі.
Царським сановникам, вельможам, сенаторам Січ, сподіваючись на їхню підтримку, направляла дарунки — горілку, вино, рибу, коштовні речі. Коли судити з реєстрів, що зберігаються в архіві, посилалися навіть такі екзотичні тварини, як верблюди. Приїхавши, депутати встановили тісні контакти з гетьманом України Кирилом Разумовським, який того часу був у Петербурзі, та канцлером Безбородьком, українцем за походженням. Потім Кіш в особливому посланні дякував їм за підтримку.
Наслідком дипломатичної діяльності Калнишевського та інших депутатів була грамота імператриці Єлизавети від 10 червня 1756 р. з указом задовольнити прохання Запорозької Січі щодо мита, однак відмовити в претензіях на землі. Щоправда, в цій імператорській грамоті було наказано створити змішану комісію для опису запорозьких земель і розмежування їх із Ново-Сербією та Новослобідським полком. Така комісія була створена в 1756 р. з депутатами від Запорожжя, Гетьманщини, фортеці святої Єлизавети. Комісія діяла протягом 1756–1762 років. Однак і під час діяльності Комісії наступ на запорозькі землі тривав.
Комісія п'ять разів збиралася на з'їзди. Існувала спеціальна грамота імператриці Єлизавети від 10 січня 1760 р. з наказом продовжити опис запорозьких кордонів. Останній з'їзд відбувся в 1762 р. Запорозька Січ вирядила туди й своїх депутатів — осавула Петра Калнишевського, суддю Павла Кириловича (Козелецького), писаря Артема Кумпана. З'їзд провели після указу Сенату від 7 січня 1762 р., за яким на кордоні утверджувався Status Quo.
1759 року на Січі знову зібралася Рада, яка постановила відрядити нову депутацію — військового суддю Петра Калнишевського, військового писаря Артема Кумпана і колишнього кошового отамана Павла Кириловича — до імператорського двору клопотатися про грамоту на землі Війська Запорозького. Перед депутатами ставилося завдання, крім земельної проблеми, домагатися також скасування мита з хліба та краму, що ввозиться з Гетьманщини на Січ, а також відправки «жалування» та гармат на Запорожжя. Як завжди, запорозькі депутати везли листи й дарунки від Коша Запорозької Січі до царських придворних вельмож. І як завжди, в Петербурзі задовольнили тільки частину претензій.
