Указ Сенату від 10 травня 1759 р. й царська грамота від 25 січня 1760 р. дозволяли без мита переправляти на Запорожжя з Гетьманщини хліб та харчові продукти для власного споживання. Однак і на цей раз запорозькі депутати були неспроможні добитися імператорської грамоти на захист запорозьких земель від захоплення їх Новослобідським полком та іншими царськими військами й установами.
Наступ царизму на земельні володіння Запорозької Січі, як і взагалі на її автономію, набув особливої сили після вступу Катерини II на престол у 1762 р. Після безрезультатної 1763 року запорозької депутації в 1765 р. до імператорського двору прибуло нове запорозьке посольство в складі кошового отамана Петра Калнишевського, військового писаря Івана Глоби, військового старшини Василя Пишмича з чолобитною Війська Запорозького щодо земель, а також із проханням вилучити Запорозьку Січ зі сфери управління Малоросійської колегії.
Друга Малоросійська колегія була створена царизмом як центральний орган управління Лівобережною Україною після ліквідації тут гетьманського уряду. Січ просила, щоб її питання розглядалися в Колегії іноземних справ. Автори запорозької чолобитної посилалися на грамоту польського короля Стефана Баторія від 1575 р. та універсал Богдана Хмельницького від 1655 р. Щодо земельних претензій, то тут запорозька депутація конкретно ставила питання про знесення з території Запорожжя поселень Ново-Сербії та фортеці святої Єлизавети. Ці побажання були висловлені й на аудієнції у Катерини II. Депутати відвідали й Олександра Румянцева, призначеного генерал-губернатором України після скасування там влади гетьмана.
За указом Катерини II була створена урядова комісія з числа державних керівних осіб (сенаторів П. Паніна, З. Чернишова, князя О. Вяземського, О. Румянцева, К. Глєбова, М. Герандта), яка вивчила «ландкарти» й начебто визначила, що новосербські поселення справді розташовані на запорозьких землях. Крім того, розглядався й проект переселення Нової Сербії. Катерина II теж ознайомилася з «ландкартами». Від неї на Січ надійшла грамота, в якій цариця не дуже виразно обіцяла запорожцям вирішити справу відповідно до їхнього прохання. Проте Калнишевський у своїх листах на Січ висловлював дуже великі сумніви щодо успіху клопотань запорозьких депутатів.
Через два роки в Наказі Запорозької Січі до Комісії зі складання Нового Уложенія 1767 р. зазначалося, що обіцянки Катерини не були здійснені, із запорозьких земель не були зведені чужі поселення та слободи, залишалися на місці царські війська. Взагалі, земельні претензії були однією з головних тем Наказу Січі до згаданої Комісії. Вимога про повернення захоплених володінь аргументувалася тим, що вони — «іздревлє» запорозькі й із ними Запорозька Січ увійшла до складу Російської держави. Посилалися також на історичні документи — «Пункти Богдана Хмельницького», державні договірні умови, про які згадувалося вище.
Прохання про вивід царських військ обґрунтовувалося таким чином. Ці війська розташовані не на кордоні, а «всередині Запорозької землі», що ж до захисту південного порубіжжя від нападів з боку кримського хана й Туреччини, то запорожці «по присяжної своєї должности» як охороняли, так і далі охоронятимуть це порубіжжя.
Під час російсько-турецької війни 1768–1774 років Запорозьке Військо неодноразово відзначалося героїчними подвигами і військовою майстерністю, а його землі в цей час продовжували захоплюватись. Запорозькі козаки намагалися протистояти цьому, витісняли зі своїх земель іноземні й військові поселення. Петро Калнишевський продовжував керувати боротьбою за збереження земель, поєднуючи це з командуванням Запорозьким Військом на театрі військових дій. Він не тільки відстоював кордони Запорозької Січі, а й організовував і стимулював швидке заселення її просторів селянами з Лівобережної та Правобережної України й Слобожанщини. Звільняючи під час боїв бранців, полонеників, що конали в тяжкій турецько-татарській неволі, запорозькі козаки привозили їх на Січ, допомагали їм оселитися й улаштуватися на запорозьких землях. Отже, в 1770 р. на території «Вольностей Війська Запорозького» вже налічувалося 45 сіл, близько чотирьох тисяч хуторів-зимівників.
У 1771, 1773, 1774 роках Запорозька Січ продовжувала відправляти депутації до імператорського двору, але з тим же негативним результатом. Катерина II «радикально» вирішила земельні суперечки Запорожжя. «З матернію ніжністю і щедротою», подаючи надію запорожцям і присипляючи їхню пильність, вона доручила водночас своєму офіційному «російському історіографу» німцю Герарду Міллеру «науково» довести, що Січ, узагалі, не має ніяких прав на володіння своїми землями. Про це стало відомо запорожцям, остання депутація котрих повідомляла на початку 1775 р. у Кіш, що Міллер за завданням Колегії іноземних справ робить виписки з архівних документів про Запорожжя: «Тепер ми сього дійшли, що доручено в Іноземній колегії історику німцю, полковнику Мійнеру, виписку чинити, з якої вже частина скопійована і посилається».
Дві статті Міллера — «Міркування про запорожців» і «Коротка виписка про малоросійський народ і запорожців» були подані уряду як доповідні записки напередодні зруйнування Січі — 10 травня 1775 р. Оцінки Міллера виражали офіційні імперські погляди на запорозьке козацтво. Деякі висунуті ним положення («Січ не має права на існування», «несамовите управління», «злодійський умисел», «політична потвора») були згодом використані в маніфесті Катерини II про ліквідацію Запорозької Січі.
Задовго до зруйнування Січі царський уряд, намагаючися поступово звужувати її автономію, не тільки відбирав землі, а й втручався в самостійний внутрішній лад Січі, галузі управління, самоврядування, судочинства, церковні справи. Спочатку дуже обережно, але послідовно обмежувалися демократичні порядки запорозького козацтва. Готувалися проекти реформ, що передбачали насамперед ліквідацію виборності старшини, зокрема й урядової — кошової, а також заборону рядовим козакам брати участь у радах. Крім того, при кошовому отаманові запроваджувався спеціальний пристав — царський штаб-офіцер.
Ліквідації самоврядування у сфері виборності старшини домагалася й частина запорозької верхівки. Проект скасування виборів і принцип призначення старшини урядом розробив військовий писар Павло Чернявський. Окремі представники запорозької верхівки, догоджаючи царським властям, воліли це робити таємно. Чернявський, зокрема, побоюючись розправи з боку козаків, просив не вказувати його прізвище в офіційних документах.
Зі вступом Катерини II на престол втручання царизму в демократичний лад Запорозької Січі, її управління набрало безцеремонного, брутального характеру. 9 вересня 1762 р. на коронацію Катерини приїхала запорозька депутація у складі щойно обраного кошового отамана Петра Калнишевського і військового кошового писаря Івана Глоби. Оскільки Калнишевський не сподобався імператриці, на Січ надійшов наказ відсунути його від кошового отаманства. У грудні 1762 р. рішення про вибори лише на старшинських нарадах ухвалила сходка курінних отаманів. Відтоді на посади подекуди обирали не на загальновійськовій раді, а на старшинських сходках і саме тих кандидатів, яких воліли самодержиця або її оточення.
Однак через опір козацьких мас і незгоди в середовищі самої старшини нововведення, яких вимагав царський уряд, тривалий час (по суті, до кінця існування Січі) не були реалізовані. Демократичні традиції продовжували жити на Запорожжі й запорозькі козаки на загальновійськових радах обирали кошову та іншу старшину серед тих, кого вони вважали найбільш достойними. Отже, й обрали вони в січні 1765 р. у другий раз кошовим отамана Петра Калнишевського.
Таке нехтування волею самодержиці в Петербурзі розцінили як «зухвалу непокору і свавілля». Швиденько спорядили комісію, котра протягом лютого-березня провадила слідство, яке, щоправда, не дало ніяких результатів. Водночас не на таких далеких обріях вимальовувалася неминучість війни з Туреччиною, протистояти якій без Запорозького Війська російській армії було дуже важко, особливо на такому театрі військових дій, як південні степи. Ось чому Петро Калнишевський, який мав величезний авторитет на Запорожжі, десять років залишався кошовим отаманом і протягом семи років війни командував Запорозьким Військом.
