Ім'я Петра Калнишевського виринає в документах архіву Коша Запорозької Січі з початку 50-х років XVIII ст., коли він займає вищі старшинські посади. Спочатку був військовим осавулом, котрий відповідає за стан і організацію війська, потім — військовим суддею, тобто третьою особою після кошового отамана, яка входить до складу Коша (запорозького уряду). З 1762 р. — він короткий час був кошовим. І, нарешті, в 1764–1775 роки Калнишевський — беззмінний кошовий отаман. Він керує Запорозькою Січчю упродовж десятиліття, що передувало катастрофі — остаточному знищенню російським царизмом Запорозької Січі.
Територія Підпільненської або Нової Запорозької Січі називалася «Вольності Війська Запорозького» і займала великий простір на південь від річок Тясмина та Орелі в межах сучасних Запорізької, Дніпропетровської, Донецької, Кіровоградської, Луганської, Херсонської та Миколаївської областей. Назва «Вольності Війська Запорозького» певною мірою відбивала історичну ситуацію, що склалася на той час. Санкціонуючи подібне визначення для володінь Запорозької Січі, царський уряд визнавав тим самим своєрідність, самостійність її адміністративно-політичного та соціально-економічного ладу, а також її автономію.
Історія Підпільненської Січі бере початок у 1734 р., коли помер гетьман Данило Апостол, і цариця Анна Іоаннівна знову заборонила гетьманські вибори. Тимчасове відновлення гетьманства в 1750 р. імператрицею Єлизаветою Петрівною, яка ставилася прихильно до України, було остаточно скасоване Катериною II, за часів царювання якої феодально-кріпосницькі відносини в Російській імперії досягли найвищого ступеня розвитку. Насамперед, це виявилося в подальшому зростанні дворянського землеволодіння, посиленні процесу закріпачення селян.
Запорозька Січ залишалася своєрідним острівцем в океані феодально-кріпосницького й національного гноблення Російської імперії, останнім оплотом демократизму й національної незалежності. Нові, прогресивні для того часу, буржуазні відносини, які розвивалися на Запорозькій Січі, в Російській імперії пробивали собі шлях із величезними труднощами й перешкодами, їм активно протидіяли соціально-економічні та політичні сили, які на Лівобережній та Слобідській Україні репрезентувалися, російськими та українськими феодалами, зокрема значною частиною козацьких старшин, що вже не виступали, як раніше, за збереження автономії України, а вимагали надання їм прав та привілеїв російського дворянства.
Зрозуміло, що саме державне буття Січі з притаманними їй вольностями, демократизмом та антикріпосницькою суттю суперечило основним напрямам колоніальної феодально-кріпосницької внутрішньої й зовнішньої політики абсолютистського уряду Катерини II.
У XVIII ст. Запорозька Січ зберігала автономію й українську державність, які великою мірою базувалися на давніх традиціях і мали коріння в історичному минулому українського народу. Політична автономія, самобутній республіканський лад Січі з його демократичними порядками — частим проведенням рад, на яких вирішувалися найголовніші козацькі справи, виборністю старшини, місцевим самоврядуванням, своїм судом, — усе це було історичною антитезою російському самодержавству, абсолютній монархії. Проводячи політику ліквідації автономії України, імперський уряд, зрозуміло, не міг обминути й Запорожжя. Проте зовнішньополітичні та військові інтереси царизму протягом деякого часу не дозволяли йому здійснити цей вирок.
Царизм скасував Січ через 15 років після ліквідації Гетьманщини в 1764 р., хоча ще раніше розгорнув наступ на її землі, права та особливий устрій. Саме в таких історичних умовах запорозька рада на Січі вручила булаву Петру Калнишевському, обравши його кошовим отаманом. Посівши місце голови уряду запорозької республіки, Калнишевський виявив талант державного діяча й адміністратора, дипломата й воєначальника.
В економічній політиці кошовий атаман дбав про розвиток сільського господарства в Запорозькій Січі, поширення торгівлі, енергійно займався колонізацією Запорожжя. На рахунок прогресивної, плідної економічної діяльності Калнишевського слід віднести той факт, що останній період в історії Запорожжя позначився помітним економічних піднесенням. Значно зросла кількість запорозьких зимівників — багатогалузевих господарств фермерського типу, що базувалися на власній і найманій праці.
Зростання землеробства й розвиток скотарства на Запорозькій Січі поєднувалися з поширенням там різних промислів (мисливства, рибальства, млинарства, рудництва тощо), а також удосконаленням ремесел. Запорозька Січ завжди провадила активну й жваву внутрішню і міжнародну торгівлю. Підпільненська Січ зберігала високий рівень розвитку торгівлі.
На ремісничо-торговельному передмісті Січі — Гасан-Баші серед численних лавок, яток, шинків можна було побачити багато іноземних купців. У зовнішній торгівлі переважали зв'язки з Лівобережною і Правобережною Україною, російськими містами. У міжнародній торгівлі передусім — із Кримським ханством і султанською Туреччиною. Традиційним був торговий шлях Стамбул — Очаків — Січ. Чимало запорожців чумакувало. До складу архіву Коша Запорозької Січі входять документи торговельних компаній, копії купчих, векселів, листування з питань торгівлі з гетьманським урядом, українськими слобідськими полковниками, російськими генерал-губернаторами, польсько-шляхетською адміністрацією, царськими властями, ханським урядом, ногайськими ордами. Ці документи свідчать про широкі торговельні зв'язки Запорозької Січі, її значну роль у транзитній торгівлі. Адже Запорожжя лежало на торгових шляхах, де перехрещувалися інтереси сусідніх держав — Польщі, Росії — з Гетьманщиною, а Криму — з Туреччиною.
На Запорожжі існувала розвинута статистична служба, що була для того часу досить винятковим явищем і свідчила про певну досконалість системи управління. Статистичні відомості фіксувалися в численних «переписах», «реєстрах», «відомостях», «описах», «компутах», «списках», «екстрактах», якими рясніє запорозький архів. У них є зведені дані про населення, кількість дворів, хат, худоби, майна в селах, слободах, селищах, зимівниках кожної з дев'яти паланок — тобто адміністративно-територіальних областей, де жили сімейні запорожці з родинами та селяни, так звані «військові посполиті» або, як їх ще називали, «піддані Війська Запорозького».
Володіючи узагальнюючою, всебічною інформацією, в якій, ніби у фокусі, були сконцентровані дані про різноманітні явища та події, що відбувалися на запорозьких землях, кошовий отаман Калнишевський мав змогу певною мірою коригувати й спрямовувати процеси їхнього розвитку. Наприклад, у 1768 р. були зібрані статистичні відомості по паланках про кількість загиблих під час лютої зими 1767–1768 років, коли не вистачало коней, рогатої худоби, овець, із переліком сіл, хуторів, зимівників, господарів. Виявивши тяжкий стан у скотарстві, запорозький уряд ужив заходів до його поліпшення.
Свою колонізаційну діяльність, зокрема заселення Запорожжя, Іван Калнишевський примушений був поєднувати з боротьбою проти наступу царизму на «Вольності Війська Запорозького», захоплення ним запорозьких земель. Обравши курс на поступове скасування Січі, імперський уряд активізував спорудження фортець і впровадження поселень на запорозькій території, прагнучи таким чином відмежовувати Запорожжя від Лівобережної та Правобережної України. Ці поселення залюднювалися здебільшого іноземцями.
Ще 1687 року за рахунок запорозьких рибництв, пасік та мисливських угідь на р. Самарі було збудовано Богородицьку фортецю. Запорожці протестували, відчуваючи, що фортеця може стати прецедентом для майбутньої окупації Запорожжя царськими військами. Москва відговорювалася, що фортеця — тимчасова, існуватиме, поки триває кримський похід царських військ і козацьких полків. Однак фортеця так і залишилася стояти на запорозькій землі.
Згодом на лівому березі Дніпра, в Кам'яному Затоні, було зведено нову фортецю, на яку покладалася функція контролю над Січчю. 1735 року за два кілометри від Січі для утримання козаків «в надлежащем порядке» було збудовано Новосіченський ретраншемент, комендант якого підлягав київському генерал-губернатору. Частина запорозьких земель увійшла до складу створеної в 1754 р. Єлизаветградської провінції. Що ж до збудованої фортеці св. Єлизавети, то на неї покладалося завдання на річках Самоткань та Верблюжій перехоплювати селян-утікачів та гайдамаків.
