В 1804 году для Московского и вновь открытых Харьковского, Казанского, Виленского и Дерптского университетов был разработан новый устав. Составленный либеральными вольнодумцами, забравшими большую силу в начале царствования Александра I, устав этот, казалось бы, не оставлял желать ничего лучшего. Он взял под защиту русскую науку, бережно доверив ее не чиновникам, а самим ученым, объединенным в самоуправляющуюся корпорацию. В нем искусно сочетались интересы самой науки и ее служителей, и он сам по себе мог гарантировать успехи высшего образования в России. Но, увы, устав 1804 года остался мертвой буквой. И когда в 1835 году был утвержден новый устав, он, по сути дела, лишь констатировал существующее положение дел: ликвидацию автономии и практически полное подчинение университетов попечителям и инспекторам.
Французская революция 1848 года, можно сказать, заморозила русскую университетскую жизнь. «А эти? — спросил у попечителя Николай I, кивая на профессоров Харьковского университета. — Хорошо себя ведут?» Одна такая деталь дает достаточно яркое представление об университетских «вольностях» в конце николаевского царствования. Непривычный позор военных неудач, постигших русскую армию в Крымской войне, еще при жизни Николая I вызвал некоторое оживление университетской жизни.
Начало царствования Александра II породило в студенческой среде немало преувеличенных надежд на восстановление духа вольных университетов. Когда же вместо этого министр адмирал Е. Путятин повысил плату за обучение и ввел новые стеснительные правила, среди студентов началось глухое брожение. В такой-то малоподходящий момент появилось правительственное предписание применять вооруженную силу, чтобы разгонять студенческие сходки. Ответом на это распоряжение и явилась сходка, состоявшаяся в Петербургском университете 23 сентября 1861 года.
Вечером на квартиру к Дмитрию Ивановичу пришел из университета солдат, сообщил, что лекции прекращаются с 24 сентября до объявления, и вручил повестку: на следующий день со всеми другими преподавателями университета быть у министра просвещения.
«Я не пошел, ибо это официальная явка, такая, каких я не терплю… Да нехай его, пускай меня найдут теперь, а не я их буду искать. Ведь и он, поди, подписывал протоколы о стрельбе и т. п.».
Лекции в университете были возобновлены 11 октября, и, поскольку студенты продолжали протестовать против унизительных правил Е. Путятина, были вызваны войска и полиция. «Тут произошла сцена, — записывая в своем дневнике Дмитрий Иванович, — которой тягостнее и не видел, разве что припомнить впечатление обозов раненых, которых везли из Севастополя. Выводят студентов, окруженных огромным количеством солдат… В это время наскакивает сперва один взвод, потом другой взвод жандармов — топчет, давит, рубит, окружает. Это дело двух секунд. 3 или 4 раненых. Недоставало крови — теперь она на них лежит пятном, которого не смоют. Обуяет внутри мерзость какая-то. Видишь себя бессильным, слабым…»
Впервые в голове Менделеева мелькнула мысль: уйти из университета. Не видеть пошло-хладнокровных профессоров, рассуждающих о том, что студентов-де следует теперь усмирять не словами, а штыками. Не видеть солдат, жандармов, городовых и пожарных, стянутых к университету и своим присутствием молчаливо угрожавших его стенам. «Взволнованный, убитый всеми этими мыслями — иду, чтобы подать в отставку. В профессорской комнате написал прошение к ректору об отставке… Написал просьбу и пошел в правление — там Плетнев, Воскресенский, Срезневский, Мурашкин. Плетнев не берет, они все уговаривают, говорят опять о законности. О том, что если мы будем подавать в отставку, то они скажут, что профессора противу студентов. Вот выдумывают. Но я взял — бог знает, что говорило во мне: чувство ли самосохранения, привязанность ли к званию, надежда ли на поправку обстоятельств впереди, что ли другое — не знаю, но взял. Скверное время, низкое время — все чахлое какое-то, кроме молодежи».
После ареста и препровождения нескольких сот студентов в Петропавловскую крепость занятия в университете снова прекратились. И этот исход волнений 1861 года долго не давал Дмитрию Ивановичу покоя.
Студенческие волнения 1861 года показали и правительству, на каких неблагополучных основаниях держится жизнь российских университетов. Е. Путятин на посту министра просвещения был заменен Л. Головниным, который немедленно приказал приступить к разработке нового университетского устава. По этому уставу, утвержденному в 1863 году, главным органом университетского управления становился совет, который с утверждения министерства выбирал ректора, деканов, проректора или инспектора и профессоров. Причины же студенческих беспорядков считались устраненными введением университетской автономии и профессорского суда. Но студенческая жизнь была уже так тесно связана с мощными общественно-социальными процессами 1860-х годов, что одним уставом прекратить периодически вспыхивающие волнения было уже невозможно.
29 августа 1878 года Совет Петербургского университета получил инструкции министерства просвещения, отменявшие явочным порядком многие положения устава 1863 года. В них, в частности, запрещались какие-либо студенческие сборища, сходки, публичные концерты и т. д. И когда 27 ноября около полутораста студентов Петербургского университета собрались, чтобы потолковать о событиях, происшедших в Харьковском университете, к ним были применены новые инструкции, и волнения вспыхнули с новой силой.
В связи с этими событиями петербургский генерал-губернатор, герой русско-турецкой войны генерал И. Гурко вызвал к себе ректора университета А. Бекетова. Зная чересчур деликатный характер ректора, Дмитрий Иванович поехал к генералу вместе с ним. Когда профессора вошли, генерал встретил их криком. Сначала профессора слушали генерала молча, но потом вдруг Менделеев тряхнул своей львиной гривой и стал кричать на Гурко. «Кричали оба, — вспоминал В. Поссе, один из очевидцев этой «беседы», — но скоро голос генерала стал ослабевать, и слышны были только менделеевские громы:
— Как вы смеете мне грозить? Вы кто такой? Солдат, и больше ничего. В своем невежестве вы не знаете, кто я такой. Имя Менделеева навеки вписано в историю науки. Знаете ли вы, что он произвел переворот в химии, знаете ли вы, что он открыл периодическую систему элементов? Что такое периодическая система? Отвечайте!
Генерал смутился: он не имел ни малейшего понятия о периодической системе. Возникла пауза. И тогда Менделеев, распахнув двери, спокойно и внушительно сказал Бекетову: «Пойдемте. Он теперь не пойдет разносить университет».
Волнения, вызванные инструкциями 1879 года, продолжались в течение всего следующего года, и тогда-то Дмитрий Иванович снова решил подать в отставку. Но, как мы уже знаем, коллеги отговорили его от этого шага, выхлопотали ему отпуск, и он уехал в Рим к Анне Ивановне. А вскоре вступление на престол реакционнейшего Александра III ознаменовалось утверждением устава 1884 года, ввергнувшего русские университеты в состояние хронических беспорядков. В начале весны 1890 года начались волнения в Петровской академии в Москве. Полиция арестовала 175 человек, и 30 человек были отданы в дисциплинарный батальон. Петровцев поддержали студенты Московского университета, а 13 марта Дмитрий Иванович, которому студенты доверяли, узнал о готовящихся сходках в Петербургском университете. Вечером к нему пришли А. Иностранцев и Р. Докучаев и уговаривали вместе с другими профессорами попытаться успокоить студентов.
На следующий день, переговорив с профессорами и студентами, Дмитрий Иванович заехал вечером к министру просвещения И. Делянову и говорил с ним о студенческих волнениях, передал просьбы студентов. Разговор был мирный, лишенный всякой запальчивости. 15 марта студенты вручили Дмитрию Ивановичу петицию, и поскольку все остальные профессора поспешили уклониться от участия в передаче петиции министру, Дмитрий Иванович решил отвезти ее одни, движимый лишь желанием «сохранить покой университета, хотя бы с личною расплатою». Вечером, поехав к Делянову, Менделеев его не застал и оставил пакет с петицией, приложив к нему свою записку. Каково же было негодование и гнев Дмитрия Ивановича, когда на следующий день пакет был возвращен ему с сопроводительным письмом следующего содержания: «По приказанию Министра народного просвещения, прилагаемая бумага возвращается действительному статскому советнику, профессору Менделееву, так как ни Министр, и никто из состоящих на службе Его Императорского Величества лиц не имеет права принимать подобные бумаги…»