В Бе-6СС был переделан серийный Бе-6 № 4601201. Модернизация производилась на опытном заводе ОКБ путем снятия носовой и палубной пушечных установок, рабочего места палубного стрелка, фотооборудования, койки на правом борту и сидений десанта на левом борту лодки в отсеке между шпангоутами № 19 и № 23.

Взамен снятого оборудования были установлены специальные радиотехнические средства поиска и обнаружения — приемное устройство «Штырь-А-4» (принимало сигналы аварийных радиостанций «Камелия») и приставка к радиокомпасу АРК-5У «Приток», средства подбора и приема на борт пострадавших и оказания им первой помощи.

Всего гидросамолет мог принять 15 человек, из которых 12 размещались на сидячих местах и трое — на подвесных койках. В состав экипажа вошел фельдшер, для которого установили сиденье, рабочий стол и специальный шкаф с набором необходимых инструментов и медикаментов.

Испытания спасателя проводились с 11 июня по 18 июля 1958 г. на базе 977-го ОДРАП ВВС ЧФ в г. Поти.

В целом военные оценили результаты испытаний положительно, так как летные характеристики самолета и техника пилотирования практически не изменились (см. таблицу), и рекомендовали Бе-6 в поисково-спасательном варианте к принятию на вооружение после устранения выявленных дефектов и недостатков.

Претензии заказчика относились в основном к составу, размещению и работоспособности поисково-спасательного и медицинского оборудования, Устранение этих замечаний затянулось, и в серию самолет не пошел, тем более что уже 22 декабря 1960 г. командование морской авиации утвердило новые тактико-технические требования к поисково-спасательному самолету. После этого работы по спасателю в ОКБ продолжались, но уже не столь быстрыми темпами. Полученный при переоборудовании Бе-6 в Бе-6СС опыт удачно пригодился при создании Бе-14 и Бе-12ПС.

Единственной же модификацией, дошедшей до серийного производства, стал созданный в 1954–1955 гг. специализированный противолодочный Бе-6ПЛО. На нем для обнаружения подводных лодок в подводном положении разместили первую отечественную систему радиогидроакустических буев (РГБ) «Баку», включавшую в себя самолетное приемное автоматическое радиоустройство СПАРУ-55 «Памир» и комплект из 18 ненаправленных пассивных буев РГБ-Н «Ива».

Первым подвергся переоборудованию самолет с серийным номером № 4601601.

Внешне Бе-6ПЛО отличались от базового варианта отсутствием кормовой огневой установки Ил-К6-53Бе, на месте которой стоял магниточувствительный блок авиационного магнитометра АМП-56 «Чита».

Испытания проводились с июля по ноябрь 1953 г. на Черном море с базированием на озеро Палеостоми и были продолжены на Баренцевом море. В качестве цели служила новейшая по тем временам дизельная подводная лодка проекта 613, которая на скорости хода шесть узлов уверенно обнаруживалась на глубинах до 50 м и дистанции 1500–2000 м.

В январе 1954 г. главнокомандующий ВМС подписал акт, в котором отмечалось, что аппаратура поиска подводных лодок на Бе-6 работоспособна. Система «Баку» успешно прошла испытания и в 1955 г. была принята на вооружение.

Последней модификацией гидросамолета Бе-6 стал самолет Бе-6 «Лайнер» (изделие «КЛ»), на котором в 1965–1967 гг. проводились работы по установке системы связи с погруженными подводными лодками (тема «Лайнер»). В 1965 г. была разработана конструкция антенн, в январе 1966 г. завершилась сдача рабочих чертежей установки аппаратуры «Лайнер». Летом начался монтаж нового оборудования на серийном Бе-6, но в июне работы приостановили с тем, чтобы их продолжить на другом самолете (серийный № 4601403).

Получение этой машины значительно затянулось, и антенны установили лишь в январе — феврале 1967 г. Доработанный Бе-6 был передан на испытания в 318-й отдельный противолодочный авиационный полк ЧФ в Донузлаве. По результатам испытаний тема была закрыта.

Помимо авиации ВМФ Бе-6 послужили на «гражданке» — в Полярной авиации. В период с 1955 по 1957 г. семь летающих лодок прошли переоборудование на заводе № 86 в Таганроге. С них снималось все вооружение и устанавливались дополнительные топливные баки.

В 1959–1960 гг. после необходимой подготовки около 20 машин были переданы из наличия ВМФ в Китай. Специалисты ОКБ Г М. Бериева участвовали в этом процессе в составе специальной рабочей группы. По окончании командировки многие были представлены к правительственным наградам.

Китайские Бе-6 надолго пережили своих собратьев в Советском Союзе. В 2003 г. в 3-м отдельном авиационном полку морской авиации КНР еще числилось две машины. Еще одна (с бортовым номером 98706) находится в авиационном музее. Подробности о службе китайских летающих лодок неизвестны, но следует отметить, что «родные» АШ-73 были заменены на ТВД местного производства, а сам Бе-6 в известной степени послужил китайским специалистам прототипом при создании гидросамолета SH-5.

22 августа 1951 г. приказом Военно-морского министра дальний морской разведчик Бе-6 был принят на вооружение. За месяц до этого первый опытный самолет поступил из НИИ-15 авиации ВМС в 403-й одрап Северного флота, базировавшийся в губе Грязная.

В целом производство новой машины разворачивалось довольно медленно, из-за чего перевооружение строевых частей затянулось на несколько лет. Так, к сентябрю 1953 г. в морской авиации числилось всего 20 серийных Бе-6.

В этом же месяце начал переучивание на новую технику личный состав 17-й омдраэ Балтийского флота. Через год в эскадрилье числилось уже десять самолетов.

На Черноморском флоте к освоению новой летающей лодки приступил в начале 1953 г. 977-й одрап. Экипажи этого полка в период с 20 июля по 18 августа 1954 г. перегнали 18 Бе-6 на Тихоокеанский флот. Перегон проходил по маршруту: озеро Палеостоми — Таганрог — Пермь — Красноярск — Якутск — Софийск — гидроаэродром Суходол.

Новые летающие лодки постепенно меняли в частях «Каталины», и к середине 1955 г. на всех флотах переучивание летного состава на Бе-6 в основном завершилось. Хотя тихоокеанский 289-й авиационный полк полностью перешел на новые машины только к августу 1957 г.

Начав свою службу в морской авиации как дальние разведчики, Бе-6 сразу включились в разворачивающееся советско-американское противостояние на море. Тихоокеанцы, летавшие на разведку в Японское море, сразу стали объектами перехвата со стороны истребителей 7-го флота США. Янки дали новичку свое кодовое обозначение «Madga».

В курс боевой подготовки подразделений разведывательной авиации ВМФ традиционно входило бомбометание днем и ночью в простых и сложных метеоусловиях и высотное торпедометание. Теперь центр тяжести учебы стал смещаться в сторону разведподготовки и полетам на поддержание оперативного режима в зоне ответственности своих флотов.

Такие полеты длились обычно по 8—10 часов, но в полках имелись самолеты с дополнительными баками, которые могли находиться в воздухе до 20 часов. В этом случае на борту находилось два экипажа. Тактический радиус Бе-6 позволял обследовать значительные по площади акватории. Североморские летающие лодки часто в таких полетах достигали острова Шпицберген.

Экипажи разведывательного полка Северного флота привлекались к обеспечению проводившихся в пятидесятых годах испытаний ядерного оружия на архипелаге Новая Земля. Их задачей была воздушная разведка над прилегающими к полигону акваториями, но иногда Бе-6 ставилась задача по забору проб воздуха из радиоактивного облака. Каких-либо средств индивидуальной защиты члены экипажа не имели.

Несмотря на успешное начало, карьера Бе-6 как морского разведчика оказалась недолгой. С появлением в 1954 г. реактивных Ил-28Р летающая лодка в этом качестве перестала устраивать командование морской авиации. Но когда перед флотом остро встала задача борьбы с подводными лодками, наиболее предпочтительным кандидатом на роль самолета ПЛО стал Бе-6.

Задача поиска подводных лодок ставилась перед Бе-6 и раньше, однако машина имела лишь РЛС, а успех в поиске субмарин противника могло принести только применение новой техники — радиогидроакус-тических буев и магнитометра.