А в сентябре 1944 г. МБР-2 пришлось вывозить английский экипаж «Ланкастера», участвовавшего в операции «Параван» (удар по «Тирпицу»). При перелете из Великобритании экипаж флаинг-офицера Кили не дотянул до аэродрома Ягодник под Архангельском и после выработки топлива посадил свой самолет на «брюхо» прямо в болото в районе деревни Та-лаги. Чтобы вытащить англичан из этой глухомани, пришлось сбрасывать на парашюте проводника, который вывел их к ближайшему озеру, где их и ждал МБР.
Свою лепту в победу на Севере внесли и «амбарчики» ГВФ. В первые дни войны в Архангельске была создана Карело-Финская особая авиагруппа ГВФ, в ноябре 1942 г. ставшая 5-м отдельным авиаполком ГВФ в составе ВВС Карельского фронта. Еще один, 4-й полк ГВФ, находился в составе ВВС Ленинградского фронта. В составе обоих полков воевало более 10 гидросамолетов МП-1 и МП-1 бис. Их основной задачей стало поддержание связи с партизанами. Летающие лодки сотни раз вылетали во вражеский тыл и, садясь на многочисленные северные озера, доставляли партизанам боеприпасы, оружие, продовольствие, медикаменты. МП-1, пилотируемый С. Скоренко, был первым самолетом, доставившим 28 июня 1944 г. представителей штаба Карельского фронта в только что освобожденный Петрозаводск.
К лету 1941 г. ВВС КБФ имели 151 МБР-2, входивших в состав 15-го морского разведывательного авиационного полка (мрап) и 15-й, 41-й, 43-й, 44-й, 58-й, 81-й отдельных морских разведывательных эскадрилий (омраэ).
Летающие лодки были основными самолетами-разведчиками ВВС КБФ и практически единственными, оснащенными аэрофотоаппаратами. Однако летно-технические характеристики МБР-2 уже никак не соответствовали требованиям времени. Тем не менее самолет был неплохо освоен в частях, и экипажи имели достаточный, в том числе и боевой, опыт. Например, в 15-м мрап перед войной все экипажи имели опыт полетов в сложных метеоусловиях, а более половины — еще и ночью, что наложило специфический отпечаток на применение МБР-2, не раз делая его «самолетом для плохой погоды».
Балтийский флот с 19 июня 1941 г. находился в оперативной готовности № 2, и МБР-2 вели воздушную разведку районов, прилегающих к нашим территориальным водам. Поэтому именно летающие лодки первыми вступили в начавшуюся войну. 22 июня в 3 ч 30 мин два МБР-2 с экипажами старшего лейтенанта Трунова и лейтенанта Пучкова из 44-й омраэ, базировавшейся в Таллине, обнаружили во время разведки в Финском заливе группу неизвестных кораблей. Снизившись до 600 м, самолеты взяли курс на них, но были встречены огнем. Это был отряд немецких минных заградителей, возвращавшихся в базу после постановки мин.
С первых дней войны летающие лодки были использованы для поддержки сухопутных войск. 22 и 23 июня 1941 г. МБР-2 43-й отдельной эскадрильи, базировавшейся на озере Дурбе в 40 км от Либавы, помимо обеспечения развертывания подводных лодок из Либавы в Балтику и прикрытия минных постановок, совершили более 100 вылетов на поддержку войск оборонявших город. Сил 43-й эскадрильи оказалось явно недостаточно, но это было все, что мог выделить флот. К исходу 23 июня, когда немцам удалось замкнуть кольцо вокруг Либавы и немецкие танки вышли к озеру Дурбе, 43-й эскадрилье пришлось срочно перебазироваться на озеро Киш вблизи Риги. Там летчики 43-й омраэ совместно с экипажами МБР-2 41-й морской отдельной разведывательной эскадрильи продолжали наносить удары по наступающим немецким войскам вплоть до оставления Риги 30 июня. Оперативная обстановка на Ленинградском направлении продолжала ухудшаться, и для того, чтобы задержать немцев, на поддержку сухопутных частей бросили не только разведывательную, но и большую часть бомбардировочной и минно-торпедной авиации Краснознаменного Балтийского флота.
Господство в воздухе принадлежало противнику, поэтому каждый вылет МБР-2 на воздушную разведку днем сопровождался потерями. 1 июля финские Фоккеры D.XXI сбили пару МБР в районе острова Гогланд. 6 июля пара МБР-2 15-й эскадрильи (ведущий — экипаж командира звена лейтенанта Куликова, ведомый — экипаж лейтенанта Бондаренко) при возвращении из разведки на подходе к Ирбенскому проливу была перехвачена четверкой истребителей. Самолет ведущего сбили сразу, и он упал в море. Самолет Бондаренко загорелся от попадания в бензобак. Раненый летчик все же сумел посадить горящий самолет на воду, но в конце пробега МБР-2 взорвался. Летчика и штурмана взрывом выбросило из кабины, стрелок-радист погиб. 8 июля «мессершмитты» сбили над Ирбенами еще пару МБР. Впрочем, иногда доставалось и немцам. 27 июня в воздушном бою с МБР-2 получил ранение пилот Ju-88 из 1./KGr806, а Аг-196 из 2./SAGr.125 4 июля вообще был сбит у Либавы (его экипаж остался невредим). Поскольку применение тихоходных МБР-2 днем без прикрытия истребителей вело к большим потерям, с 20 июля «амбарчики» начали использоваться как ночные бомбардировщики.
С начала июля летающие лодки 15-й мрап наносили удары по частям 4-й немецкой танковой группы в боях на реке Луга. МБР-2 бомбили танки у озера Долгое, колонны немецкой мотопехоты в районах Поречье и Осьмино. После прорыва немецкого 41-го моторизованного корпуса МБР-2 поддерживали наши части у озера Самро. Ночи становились длиннее, цели находились на небольшом удалении от аэродромов базирования, и экипажи успевали сделать 2–3 вылета за ночь. Всего в июле-августе 1941 г. экипажами 15-го мрап совершено более 300 вылетов на поддержку наших сухопутных войск под Ленинградом. С начала августа к обороне главной базы КБФ — Таллина — стали привлекаться МБР-2 44-й эскадрильи. Летчики провоевали под Таллином до 26 августа, когда немцы вплотную подошли к городу и самолетам эскадрильи пришлось перелететь в Ленинград.
Для обороны островов Моонзундского архипелага была сформирована специальная авиагруппа ВВС флота, оперативно подчиненная коменданту береговой обороны Балтийского района. В состав группы входили МБР-2 из 15-й эскадрильи, базировавшиеся на аэродроме Кихелькона (о. Эзель), а затем и летающие лодки 81-й эскадрильи, переброшенной с Ханко. МБР-2 Моонзундзской авиагруппы, помимо применения в качестве бомбардировщика, морского разведчика, противолодочного самолета, использовались как импровизированные минные тральщики. Стремясь нарушить наши коммуникации, немцы практически ежедневно ставили с воздуха неконтактные мины в Моонзундском проливе. Из-за отсутствия электромагнитных тральщиков их роль пришлось взять на себя «амбарчикам». По данным береговых постов, летающие лодки бомбили места падения мин, стремясь вызывать либо их детонацию, либо выход из строя от гидравлического удара аппаратного блока взрывателя.
27 августа крупные надводные корабли КБФ покинули Рижский залив, 28 августа был оставлен Таллин. А затем повторилась ситуация Либавы и Риги. С началом высадки немцев на остров Муху 14 сентября МБР-2 поддерживали защитников острова. Но силы гарнизона Моонзунда и немецкой группировки были неравными. 18 сентября аэродром Кихелькона оказался под обстрелом, и оставшиеся в строю самолеты перелетели в Ленинград.
В качестве противолодочных самолетов МБР-2 на Балтике сопровождали конвои на коммуникациях Ханко — Таллин, Моонзунд — Таллин, Таллин — Ленинград, обеспечивали развертывание подводных лодок на позиции в Балтийском море и вели свободный поиск подводных лодок.
Противолодочный поиск самолеты осуществляли в 50–70 милях от наших баз и, кроме того, на выходе из финских шхер. В качестве средств поражения субмарин применялись в основном обычные фугаски ФАБ-50 и ФАБ-100 либо специальные противолодочные бомбы ПЛАБ-100. Эффективность применения МБР-2 как самолета ПЛО снижалась отсутствием каких-либо технических средств обнаружения лодок. Тем не менее МБР-2 обнаруживали лодки 22 раза. Из них три — в надводном положении, остальные — на перископной глубине. 6 июля подводная лодка М-102 в охранении двух торпедных катеров южнее острова Осмусаар была атакована подводной лодкой противника. Уклонившись от торпед, командир М-102 вызвал авиацию. Звено МБР-2 пробомбило место вероятного нахождения вражеской субмарины, а затем начало охранять маленький конвой. 3 августа пара МБР-2 безуспешно атаковала подводную лодку на Восточном плесе.
