После убийства самозванца бояре приказали выбросить его труп за ворота на площадь, а сами, затворившись в Кремле от народа, совещались всю ночь. Наутро они объявили о низложении главы церкви патриарха Игнатия. Незадолго до переворота православные люди с Украины прислали к патриарху некоего львовского мещанина с грамотами. Гонец уведомил патриарха, что царь является тайным католиком. После гибели Лжедмитрия грамоты попали в руки бояр и были использованы думой для низложения патриарха. Боярская дума так же хорошо знала о вероотступничестве Отрепьева, как и глава церкви. Но отвечать за все пришлось одному Игнатию. На него бояре переложили вину за коронацию Лжедмитрия и Марины Мнишек. Грека с позором свели с патриаршего двора и заточили в Чудов монастырь.

Опасаясь народных волнений в стране, бояре спешили завершить дело избрания нового царя в течение одного-двух дней. При жизни Лжедмитрия заговорщики обещали корону польскому королевичу Владиславу. Бесчинства наемного войска, приведенного Мнишком, и последовавшие затем народные волнения привели к тому, что вопрос о передаче трона иноверному королевичу отпал сам собой. Ситуация претерпела разительную перемену, и боярам нетрудно было отказаться от своих обещаний Сигизмунду. Борьба с оппозицией поглощала все силы короля, и Москве не приходилось опасаться вооруженного вмешательства извне.

Решение избрать государя из московской знати положило конец единодушию думы, достигнутому в дни переворота. Слишком многие желали заполучить себе корону. Среди бояр начались распри, которым не видно было конца. Шуйский, Мстиславский, Романовы, Голицыны наперебой вербовали себе сторонников в думе и среди столичного населения. Дворяне поддерживали тех, к кому вхожи были в дома и кто их жаловал.

Правящие верхи не прочь были созвать Земский собор и пригласить на «царское избрание» представителей провинции. Положение в столице, однако, оставалось угрожающим, и боярам пришлось отказаться от своих намерений. Народ не выпускал из рук оружия. Кого бы ни избрала дума, ее ставленник не удержал бы власть без общего согласия. Обращение к народу оказалось неизбежным.

На третий день после переворота, едва члены думы съехались в Кремль, как по всему городу ударили в колокола. Скоро народ запрудил всю Красную площадь. Во дворце собрался импровизированный Земский собор. В его деятельности участвовали Боярская дума, духовенство, многие столичные дворяне, гости и торговые люди. Собор утвердил в качестве кандидатов на трон двух старших и знатнейших членов думы – князя Федора Мстиславского и князя Василия Шуйского. Окончательное решение думные чины предоставили всему православному народу. Взойдя на Лобное место, руководители собора представили населению намеченных кандидатов.

Мстиславский не был популярен в столице. Толпа промолчала, когда дьяк объявил его имя. Кандидатуру Шуйского народ встретил одобрительными возгласами. Это и решило исход дела. Наблюдавший за церемонией Конрад Буссов писал, что Шуйский стал царем по воле немногих бояр и князей и всех этих купцов, сапожников и прочих жителей Москвы. Шуйские в самом деле поддерживали давние связи с верхами московского посада и пользовались определенной популярностью в народе. При расстриге князь Василий едва не лишился головы как поборник православия. С крестом в руках он поднял толпу на еретика в день переворота.

С Лобного места бояре и посадские люди отвели князя Василия в кремлевский Успенский собор. Митрополит Крутицкий нарек его на царство и отслужил молебен по этому случаю.

У Василия Шуйского были сложные отношения с Боярской думой. Не прошло и года с тех пор, как бояре осудили его на смертную казнь. Многие из них боялись мести с его стороны. Чтобы заручиться поддержкой большинства в думе, нареченному царю пришлось составить особый документ – крестоцеловальную запись. Самодержец под присягой обязался без истинного суда с участием бояр не казнить дворян и не отнимать у их жен и детей вотчин и пожитков. По своему усмотрению царь мог «по суду и по сыску» приговорить к смертной казни черных людей – гостей и торговцев. Но и в этом случае он не должен был забирать имущество у семьи казненного. Шуйский обещал не слушать наветы, строго наказывать лжесвидетелей и доносчиков, судить всех истинно и по справедливости.

Обстановка в столице оставалась после переворота тревожной и неопределенной. Даже после наречения Шуйского бояре пользовались большей властью, нежели сам царь. Знать спешила выдвинуть проекты, клонившиеся к ограничению самодержавной формы правления.

Среди церковников царил такой же разлад, как и среди бояр. Положение усугублялось тем, что церковь лишилась главы. Давний покровитель Отрепьева Пафнутий, покинув чудовскую келью, стал митрополитом Крутицким. Он сыграл не последнюю роль в разоблачении самозванца и заговоре против него. Теперь он рассчитывал разделить с Шуйским плоды успеха. Именно Пафнутий нарек князя Василия на царство. По чину руководить подобной церемонией могли лишь старшие иерархи – новгородский либо ростовский митрополит. Когда после избрания царя дума и священный собор начали совещаться насчет избрания патриарха, сторонники Шуйского оказались в трудном положении. Им не удалось привести на патриарший престол Пафнутия. Не прошла также и кандидатура Гермогена, самого рьяного из противников Лжедмитрия. Большинство голосов на соборе неожиданно получил Филарет, в миру боярин Федор Никитич Романов, пользовавшийся до того полным доверием Отрепьева.

Почему дума и князья церкви оказывали предпочтение деятелям умеренного толка вроде Мстиславского и Романова, проявлявших безусловную лояльность по отношению к Лжедмитрию? Ответ на этот вопрос напрашивается сам собой. В Боярской думе оставалось еще слишком много людей, всецело обязанных карьерой Отрепьеву. Они получили из его рук чины, не соответствовавшие их породе и службе. Естественно, что они боялись за свое положение и избегали крутых перемен.

Руководители переворота, захватив Отрепьева, могли организовать суд над ним с тем, чтобы полностью обличить его в самозванстве. Но они предпочли убить его. Три дня обезображенный труп Отрепьева валялся у торга на Красной площади. С утра и до ночи подле него толпилось множество людей. Труп царя таскали с места на место, уродовали и пинали, плевали на него. После трехдневного «позора» Отрепьева увезли за город и, бросив в яму, пригвоздили колом к земле, чтобы «чародей» никогда не мог восстать из мертвых.

Убиение двух государей и самодержцев всего лишь за год – такого в русской истории еще не случалось. Было от чего прийти в изумление подданным российской короны. Смущенные умы тотчас приметили множество зловещих «знамений», предвещавших новые беды. Передавали, будто на могиле поверженного Лжедмитрия по ночам зажигались огни, слышалось дивное пение и творились другие диковинные вещи. В ночь после гибели Отрепьева неожиданно грянул мороз, державшийся целую неделю. На полях померзли хлеба, пожухла трава и листья на деревьях. Испуганные люди объяснили беду вмешательством сверхъестественных сил. Оборотень давал о себе знать с того света, наколдовав похолодание.

Сторонники Лжедмитрия распускали по городу слухи, крайне неблагоприятные для Василия Шуйского. В первое воскресенье после его наречения неизвестные лица на рассвете прибили на многие дома листы с известием о том, что Дмитрий жив и сам Бог вторично укрыл его от изменников. Прокламации вызвали смятение в народе. Красную площадь вновь запрудили толпы москвичей. Они требовали к себе бояр для объяснений. Бояре вышли на Лобное место и поклялись, что Бог покарал лжецаря расстригу Отрепьева, а мощи истинного царевича Дмитрия все скоро смогут увидеть своими глазами.

Василий Шуйский заблаговременно послал в Углич за телом царевича Дмитрия только что нареченного в патриархи Филарета Романова. Вместе с ним в угличскую комиссию вошли Петр Шереметев и некоторые другие лица, противившиеся избранию на царство Шуйского. Предоставив пост главы церкви митрополиту Филарету, царь Василий рассчитывал привлечь на свою сторону всех Романовых и их влиятельную родню. Фаворит Лжедмитрия Иван Хворостинин отправился на покаяние в монастырь. Чин кравчего Василий Шуйский передал племяннику Филарета Ивану Черкасскому. Однако новый царь напрасно расточал милости боярам романовского круга. Переворот воскресил в душе Федора Романова прежние честолюбивые мечты. Бывший боярин не помышлял о сложении духовного сана и возвращении в мир. Расстриги пользовались на Руси самой дурной славой. Но у Филарета был девятилетний сын Михаил. Он имел основание занять трон в качестве племянника последнего законного царя Федора. Боярская дума отвергла кандидатуру малолетнего Романова. Но о возможности его избрания народ толковал по всей стране. В конце мая в Нарве немцы со слов русских говорили, что управлять Москвой будет не иначе как один из Романовичей.