Арест Дмитрия не повлек за собой репрессий против знати. Иван III избегал раздора с могущественным боярством.

Гонения на еретиков способствовали государственному перевороту, приведшему к власти Василия III. Сохранилось письмо Иосифа Волоцкого к духовнику Ивана III Митрофану. В письме Санин вспоминал о покаянии государя и обещании наказать еретиков, данном ему более года назад, — «уже тому другой год от Велика дня (Пасхи. — Р.С.) настал». Полагают, что упомянутое письмо было написано Саниным после Пасхи 1504 г., а покаяние имело место на Пасху 1503 г. Письмо Санина в самом деле можно отнести ко времени, предшествовавшему расправе с еретиками в 1504 г. Но надо иметь в виду, что еретики подверглись осуждению после «розыска по городам». Поездки и допросы отняли много времени. Санин сетовал, что Иван III забыл о своем обещании и не послал судей в города «обыскивать» еретиков. Очевидно, Санин составил письмо после Пасхи 1503 г., а покаяние Ивана III имело место на Пасху 27 марта 1502 г. Государь доверительно сообщил Иосифу, что он прежде того покаялся в своей вине («ведал еретиков», а не преследовал их) и митрополит и епископы уже простили его.

Смысл покаяния раскрылся в последующих беседах. Еретик Ивашка Максимов, жаловался Иван III, «сноху у мене мою в жидовство свел». Вспоминая о первой беседе с самодержцем, Санин горевал об упущенных возможностях: «Туго же было мне ему бити челом, чтоб государь послал… обыскивати еретиков, и (чтобы) князь великий посла мя на дело (обыск. — Р.С.)». Упоминание о посылке «на дело» вызвало много предположений ученых. Полагают, что Иван III хотел заручиться согласием игумена Иосифа «на проведение своих мероприятий» в отношении церкви, либо через Санина рассчитывал получить выморочный Рузский удел и пр. В действительности покаяние великого государя было вызвано отнюдь не мелочными соображениями. Речь шла о будущем трона. Обращение к церкви объяснялось той ролью, которую митрополит играл при коронации монарха. Прошло несколько лет с того дня, как глава церкви совершил миропомазание Дмитрия-внука и короновал его княжеским венцом в Успенском соборе. Теперь Иван III задумал лишить трона законного наследника и соправителя и передать власть удельному князю Василию, рожденному во втором браке. Государю пришлось подумать о том, чтобы обосновать свой шаг и обеспечить новому наследнику благословение церкви.

Покаяние подчинено было политическим целям. Мать Василия III, Софья, завоевала репутацию стойкой поборницы православия. Мать Дмитрия-внука, Елена, покровительствовала вольнодумцам и слыла еретичкой. Акт о низложении законного и «богоизбранного» государя, удостоенного миропомазания, Иван III задумал преподнести как акт спасения истинной веры от ереси. Сын еретички не мог возглавлять православное святорусское государство — «Новый Константинополь».

Московские еретики критиковали церковное «предание» и основанный на нем институт монашества, отвергали «иночьский образ» в принципе и тем самым оправдывали секуляризацию монастырских земель. Арест Елены Волошанки и покаяние Ивана III предопределили крушение так называемой еретической идеологии русских вольнодумцев, что помогло официальной церкви провалить правительственную программу на соборе 1503 г.

Иерархи, оказавшие наибольшее противодействие Ивану III на соборе, не избежали наказания.

Геннадий сразу по возвращении в Новгород «нанят мъзду имати у священников от ставления наипаче первого», т. е. больше прежнего. Приговор об отмене «мзды» за поставление был продиктован собору Иваном III, и иерархи имели все основания считать его незаконным. Архиепископ Геннадий бросил открытый вызов властям. Но он лишь выразил общее отношение высших иерархов ко вновь принятому указу.

Новгород находился в прямом подчинении у Василия Ивановича, великого князя Новгородского и Псковского. Можно полагать, что санкции против Геннадия были осуществлены не Иваном III, доживавшим последние месяцы, а Василием III. В 1504 г. в Новгород приехали «Юреи Дмитрея Володимерова сын» (Ю. Грязной-Головин) и сын боярский И. Телешов с митрополичьим боярином. Посланцы Москвы опечатали софийскую казну и 1 июня того же года увезли Геннадия в столицу. 26 июня 1504 г. владыка отрекся от архиепископского сана «поневоле» и был отправлен в Чудов монастырь. Там он и скончался полтора года спустя.

Вместе с Геннадием «встречи» Ивану III говорил Серапион. Авторы «Слова иного», похвалив его мужество, попытались доказать, что его ждало наказание и мученичество, но небесные силы заступились за игумена. Свою версию они подтвердили такими фактами. Некие дворцовые крестьяне из села Илемна пожаловались, что их соседи, крестьяне Троице-Сергиева монастыря, нарушили межу. Иван III велел оштрафовать монастырь. (Дело было малозначительным, соответствующим, вероятно, был и размер штрафа). Власти потребовали, чтобы троицкие старцы предъявили им грамоты, подтверждающие права монастыря на его вотчинные владения. Иноки боялись, что Иван III без соборного приговора отберет у них земли, на которые у них не было грамот. Чтобы отвести беду, Серапион и братия усердно молились, не отходя от раки Сергия Радонежского ни днем, ни ночью. Неизвестно, чем бы кончилось дело, если бы не вмешательство провидения, о чем автор «Слова иного» упоминает с видимым удовольствием. У больного Ивана III случился удар. Князь послал старцам просьбу о прощении, а те «славу воздаша Богу, великого князя самодержца смирившаго».

Архиепископ Геннадий попал в заточение и не смог завершить свой поход на еретиков. Его дело продолжил Иосиф Санин. Между 1492 и 1504 гг. он в основных чертах завершил работу над главным сочинением своей жизни — «Сказанием о новоявившейся ереси новгородских еретиков». Почитатели таланта Санина со временем назвали его труд «Просветитель». Оценивая значение осифлянских идей, Г. Флоровский отметил, что Иосиф всю жизнь оставался равнодушен и недоверчив к богословскому творчеству, а в целом, проповедь осифлян не благоприятствовала культурному подъему.

В свое время архиепископ Геннадий, решив одним ударом покончить со своими противниками, объявил их тайными приверженцами иудейской веры, воспринявшими учение от некоего «жидовина». Архиепископ непосредственно руководил розыском, сам допрашивал новгородцев и имел возможность выпытать у еретиков имя их учителя. Ему надо было назвать его, чтобы подтвердить достоверность своих обвинений. Но Геннадий не знал этого имени, а потому и не назвал его.

Иосиф Санин жил в удельном монастыре за пределами Новгородской земли и писал позже, чем Геннадий. У него не было таких источников информации, как у архиепископа. Тем не менее Иосиф назвал шесть еврейских имен и составил «точную» генеалогию распространения «жидовства» в Новгороде. По утверждению Санина, проповедь иудаизма начал «жидовин Схария» (местная транскрипция имени Захарий), а затем в помощь ему из Литвы явились «инии жидове, им же имена Осиф, Шмойло, Скарявей, Моисей, Хануш». Я. С. Лурье убедительно доказал, что сведения о Захарии (Скаре) легендарны. На самом деле Санин не мог назвать ни фамилии, ни прозвища ересиарха, ни места в Литве, откуда он прибыл. Что касается имени Захарий, то оно было весьма распространенным среди евреев.

Историки пытались отождествить мифического Сха-рию с реальным лицом — «таманским князем» Захарием (Скарой). Завоевание турками Тамани вынудило местного князя в 1480-х гг. обратиться в Москву, где его поначалу почитали «евреянином», а затем стали называть то «черкасином», то «фрязином». Захарий Гвизольфи, переписывавшийся с Иваном III, происходил по матери из черкесского рода, по отцу из знатной генуэзской семьи Гвизольфи, традиционно придерживавшейся католической веры. С Тамани Гвизольфи бежал в Крым. Ни о каких поездках его в Литву или на Русь ничего не известно, как и о проповеди этим несомненным католиком иудаизма. Некий «жидовин» Захарий (Скара) излагал иудейские догмы русскому послу в Крыму Д. В. Шеину, о чем мы узнаем из послания инока Саввы. Однако отождествить его с Гвизольфи или со Схарией из Литвы нет оснований.