Двадцатого июля 1844 года Герцен записывает в дневник о работе над первым письмом нового цикла «Эмпирия и идеализм»: «…кажется, хорошо, а впрочем, сначала все написанное кажется хорошо».

Двадцать седьмого июля «1-е письмо для журнала готово». Герцен собирается приняться за второе, но опасается цензуры. Еще нет решения, что новое издание, замышляемое друзьями, так и не состоится. Осенью работа продолжена. 16 ноября Герцен пишет Кетчеру, что занимается статьей «об отношении естествоведения к современной философии; идет недурно». Законченная в феврале 1845-го статья отослана Краевскому.

Вывод об органическом союзе философии и естествознания подразумевал материалистическую философию, основанную на признании объективной реальности природы. Герцен утверждал также необходимость диалектического метода в философии и естественных науках. Для данного этапа развития науки им с наибольшей мерой четкости высказано материалистическое решение вопроса об отношении мышления к бытию. Природа существует вне и независимо от сознания; попытка утвердить сознание над природой как первичное по отношению к материальному бытию — несостоятельна. В этом, как принято считать, отправное положение всех поставленных Герценом в «Письмах» вопросов, сопровождаемых критикой идеализма. Полемика с Гегелем и другими создателями философских систем и теорий предшествующих времен определила широту и злободневность его работы. Вместе с тем «Письма» выражали поиски дальнейших путей философии после Гегеля.

В конце июля Герцен пишет второе письмо — «Наука и природа — феноменология мышления», но в августе работа еще не окончена, хотя и помечена этим месяцем. Очевидно, Герцен дорабатывает обе статьи одновременно, чтобы вместе отправить их в «Отечественные записки». Он начинает письмо с определения науки и с общего обзора ее развития, формулирует важную мысль: «Дело науки — возведение всего сущего в мысль». Для Герцена философская наука — это «живой организм, которым раскрывается истина».

Осенью 1844 года Герцен трудится над третьей статьей, озаглавленной «Греческая философия». 8 февраля следующего года, отослав два первых письма Краевскому, отмечает в дневнике: «Занимался третьим; кажется, изложение греческих философов удачно, особенно софистов и Сократа».

К четвертому письму — «Последняя эпоха древней науки», Герцен приступает в декабре 1844 года, а 29 мая следующего, 1845-го, извещает Краевского о посылке ему «Письма» о «Риме» и просит охранить от попыток «кастрирования», подразумевая цензурные придирки.

Двенадцатого июня 1845 года, когда письмо пятое «Схоластика» «о средневековой философии» было готово, Герцен пишет Краевскому, пытаясь отвести упреки в сложности языка: «…стараюсь теперь всеми силами, чтоб изложение новой философии сделать как можно популярнее: все обвиняют в темноте мои статьи. Тем более постараюсь, что у меня образовался совершенно особый взгляд…»

В июне 1845 года Герцен, работая над шестым письмом — «Декарт и Бэкон», «знакомится ближе с Бэконом». О готовности письма об англичанине Бэконе и французе Декарте сообщает издателю: «…мне кажется, оно удачнее всех других, и знаю одно, что тот взгляд, который тут развит, не был таким образом развит ни в одной из современных историй философии».

Герцен предполагает, начиная шестое письмо в июне 1845-го, дать в нем изложение систем Декарта и Бэкона одновременно, но потом решает посвятить Бэкону и его школе специальную работу. Роль Бэкона в соединении естествознания и философии велика, и Герцен ее очень ценит. В августе письмо седьмое «Бэкон и его школа в Англии» уже окончено.

Очевидно, что Герцен, работая над последней, восьмой статьей «Реализм» в августе — сентябре 1845 года, имел намерение разделить ее на две части. Предварительно хотел написать о реализме в Англии и во Франции отдельно, но от намерения отказался. 27 сентября написал Краевскому: «Письмо о Локке, Юме и энциклопедистах готово». Дорабатывал ее Герцен еще несколько месяцев, до конца года.

Для характеристики основных направлений в философии Герцен употребляет термины: «идеализм», «материализм», «реализм». «Реализм», по Герцену, основан на признании объективности реального мира природы и противопоставлен «идеализму», то есть, по существу, обозначал материалистическое мировоззрение.

Все «письма» на протяжении 1845–1846 годов печатались в «Отечественных записках». Белинский, как всегда, следивший за творческим развитием Искандера, хотя и упрекал друга в трудностях языка, в обзоре «Взгляд на русскую литературу 1846 года» среди «интересных статей ученого содержания» на первое место ставил седьмое и восьмое «Письма об изучении природы».

«Замечательного мыслителя», крупнейшего «представителя нашего умственного движения» в дальнейшем заметит Чернышевский (знакомящийся в 1840-е годы с его сочинениями) и узнают другие деятели из демократического лагеря. Сторонники и противники герценовских воззрений будут спорить об основных постулатах труда, а марксисты, как сказано, возьмут его на вооружение.

Работа над «Письмами» на восьмой статье была прервана. Возможно, повлияли мнения осведомленных читателей или цензурные угрозы, но главное, кажется, было в другом…

Герцен давно мечтал взяться за повесть. Но на что похожи были его прежние приступы к жанру, его первые опыты? Да были ли они вообще успешны? Ведь самим им сказано: повесть не его род. И браться за нее нечего. Разве что «повестью смягчить укоряющее воспоминание, примириться с собою…». Однако «забросать цветами один женский образ», похоронить порочащую вятскую любовь не удалось. И укор не ушел, да и с неоконченной повестью «Елена» («Там») случилась неудача. В ней «бездна натянутого, и, может, две-три порядочные страницы» — так посчитал сам автор. Зато законченный фрагмент «Город Малинов и малиновцы» из «Записок одного молодого человека» ждал успех, да к тому же скандальный, чуть не стоивший ему нового судебного разбирательства. Вятские прототипы-герои оживились, учуяли в сочинении «авктора» «пошквиль». Один вятский советник даже решил жаловаться министру и в доказательство тождества городских лице персонажами выставлял, как знамя, бальное платье брусничного цвета, в которое обряжалась жена директора гимназии. Директорша, как дама отменного вкуса, была взбешена, защищая свой особенный туалет, и вовсе не брусничный, а «цвету пенсе». Так «оттенок в колорите» спас Герцена от нависшей угрозы, и дело само собою закрылось.

Другая сторона успеха «Малинова» заставила Герцена взяться за давно отложенное сочинение, повесть, а в широком понимании — роман, оставивший в русской литературе свой вечный вопрос.

Начал он работать над повестью, которая давалась ему с трудом, во время новгородской ссылки. Вернувшись в Москву в 1842-м, показывал друзьям. Их отзывы, не слишком воодушевляющие, заставили бросить затею, и рукопись на несколько лет осталась невостребованной. Перебирая свои старые бумаги, скопившиеся во время ссыльных странствий, обнаружил рукопись первых глав повести, названия которой даже толком не помнил. Кажется, «Похождения одного учителя». Так, во всяком случае, он писал Краевскому 12 июня 1845 года, предлагая поместить ее в журнал, да еще с обещанием написать новую главу. Краевский с публикацией медлил, будучи неуверенным в скором завершении всей работы. Издательские сложности тоже предвиделись: образ помещика Негрова, безраздельного владетеля (собственника) своих наследственных рабов, вряд ли понравится цензуре. Герцен успокаивал: Негров «решительно сходит со сцены, отдавши Любу замуж за учителя, и тут начинается иная гистория…».