Энгельгардт верил в «особые пути отечества». Собственно, только это сближало его с народниками. Однако другие черты мировоззрения Энгельгардта дали возможность В. И. Ленину отнести автора писем «Из деревни» к продолжателям дела Чернышевского. Первой такой чертой была критика — очень меткая и подчас уничтожающая, которой Энгельгардт подвергал народнические идеи о характере русской крестьянской общины.

В. И. Ленин писал: «В противоположность ходячим фразам об общинности нашего крестьянина, ходячим противопоставлениям этой «общинности» — индивидуализму городов, конкуренции в капиталистическом хозяйстве и т. д., Энгельгардт вскрывает поразительный индивидуализм мелкого земледельца с полной беспощадностью»{В. И. Ленин. Сочинения, т. 2, стр. 475.}. Таким образом, Энгельгардт, по существу, показывал, что крестьянская община вовсе не является «социалистической ячейкой», как об этом на все лады твердили народники.

Очень важным являлось и то, что Энгельгардт прекрасно понимал, как сильно страдает крестьянство от пережитков крепостничества, хотя официально крепостное право было и отменено. Об этом В. И. Ленин писал:

«Другая черта, сближающая Энгельгардта с представителями наследства без всякой народнической окраски, это — его вера в то, что главная и коренная причина бедственного положения крестьянства лежит в остатках крепостного права и в свойственной ему регламентации. Устраните эти остатки и эту регламентацию — и дело наладится. Безусловно отрицательное отношение Энгельгардта к регламентации, его едкое высмеивание всяких попыток путем регламентации сверху облагодетельствовать мужика — стоят в самой резкой противоположности с народническими упованиями на «разум и совесть, знания и патриотизм руководящих классов» (слова г-на Южакова…)»{В. И. Ленин. Сочинения, т. 2, стр. 477.}.

Заканчивая свой обзор писем «Из деревни» В. И. Ленин отмечал:

«— В общем и целом, сопоставляя охарактеризованные выше положительные черты миросозерцания Энгельгардта (т. е. общие ему с представителями «наследства» без всякой народнической окраски) и отрицательные (т. е. народнические), мы должны признать, что первые безусловно преобладают у автора «Из деревни», тогда как последние являются как бы сторонней, случайной вставкой, навеянной извне и не вяжущейся с основным тоном книги»{В. И. Ленин. Сочинения, т. 2. стр. 480.}.

Полицейские власти в конце шестидесятых годов, — а это были годы разгула реакции, — особенно зорко следили за Земледельческим институтом и его химической лабораторией. В парке полиция часто устраивала облавы. Нередко многие из вольнослушателей Энгельгардта, по воспоминаниям лабораторного служителя Лосева, подвергались «изъятию» из химической лаборатории.

Прогрессивно настроенное студенчество, возглавляемое Энгельгардтом, в ответ на эти преследования усиливало свою революционную деятельность: возникали тайные кружки, налаживались связи с такими же кружками университета и других высших учебных заведений столицы. В здании института на стенах вое чаще появлялись листовки. Костычев примкнул к этому студенческому движению: он активно участвует в распространении прокламаций.

Все это очень беспокоило директора института Петерсона.

В марте 1869 года деятельность студенческих кружков особенно усилилась, не дремала и полиция. Сохранился следующий любопытный доклад Петерсона на имя директора департамента земледелия, в подчинении которого находился институт:

«Пятница, 21 марта 1869 г., 11 ч. вечера. Его превосходительству Д. Д. Неелову.

Сегодня в 7-м часу вечера во втором этаже юго-восточного флигеля главного дома института, в коридоре замечено было некоторыми студентами печатное объявление, приклеенное к стене, со следующим содержанием:

«К ОБЩЕСТВУ.

Мы, студенты Медицинской академии, Технологического института, Университета и Земледельческой академии, апеллируем к Обществу: мы желаем, чтобы нам дозволены были сходки и кассы, и заявляем, что гораздо лучше томиться в ссылке и казематах, чем подвергаться стеснительным требованиям полиции, которые ложатся на нас позорным клеймом со школьной скамьи. Мы просим Общество о сочувствии. 20 марта 1869 г.».

Далее в том же докладе директора было написано: «Весьма малое число студентов успели прочесть это объявление, которое вскоре было сорвано стипендиатом 3-го курса И. Шатом, изорвано и сожжено».

По словам директора, «объявление было напечатано мелким хорошим шрифтом и является произведением типографии».

Скоро студенчество института расплатилось за это объявление арестом нескольких студентов. В ночь с 24 на 25 марта были арестованы Костычев и его друг Малышев. 26 марта 1869 года директор института получил из полиции следующее секретное уведомление:

«По приказанию господина С-Пб. обер-полицмейстера, имею честь известить Ваше превосходительство, что лаборант Костычев и Малышев арестованы.

Пристав 2-го участка Васильевской части А. Ковалев, 25 марта 1869 г.».

Друзей увезли в Петропавловскую крепость. Это свидетельствовало о том, что дело считалось серьезным. Однако прямых улик против Костычева и Малышева не было. Шат не видел, кто вешал прокламацию, он только предполагал, что это дело рук Костычева и его друзей. Они же вели себя на допросах исключительно твердо. Их продержали несколько месяцев и выпустили «без последствий».

Впрочем, последствия были. Когда Костычев пришел в институт, ему посоветовали побыстрее сдать экзамены за третий курс, получить диплом и… оставить институт. Несмотря на все красноречие Энгельгардта, Петерсон заявил, что Костычеву казенной стипендии не дадут и для подготовки к профессорскому званию при институте его не оставят.

В довершение ко всему Костычеву предстояло перенести большое горе. Зимой 1869 года умер от туберкулеза любимый учитель и друг Костычева С. П. Карельщиков. Тяжело пережил Павел эту безвременную утрату: Сергею Петровичу было всего лишь 35 лет. Теперь близкими друзьями Костычева среди преподавателей института остались только Энгельгардт и Лачинов. Но и над ними сгущались тучи…

После успешного окончания института Костычев оказался без работы. Снова приходилось перебиваться кое-как. Он пишет в «Земледельческой газете», занимается переводами сельскохозяйственных статей из немецких журналов, снова репетиторствует. Иногда ему давал платную работу Энгельгардт — это бывало в тех случаях, когда химическая лаборатория проводила очень много анализов и не могла обойтись наличными силами. Петерсон шел на уступки и зачислял Костычева лаборантом, но временно, на один-два месяца.

Молодой ученый продолжает усиленно работать над анализом русских фосфоритов, принимает также участие в химических исследованиях прудового ила и городских нечистот, которые предполагалось использовать в качестве удобрений. Он читает и реферирует в «Земледельческой газете» русскую и иностранную литературу по вопросам земледелия, физиологии растений и сельскохозяйственной химии.

По литературе он продолжает знакомиться с русским сельскохозяйственным опытом. В журналах появлялось много нового, но в деревне попрежнему преобладало трехполье с его крайне примитивной техникой. Главное, по мнению Костычева, заключалось в том, что не существовало научно обоснованной системы сохранения и повышения плодородия почвы, системы, которая обеспечивала бы высокие и устойчивые урожаи. Правда, трехполье тоже представляло собой «систему», но это была система ограбления почвы, система, направленная, в конечном счете, на падение урожаев, оскудение лугов и ухудшение скотоводства.

О необходимости преобразования условий русского сельского хозяйства задумывался не только Костычев, но и многие другие передовые русские ученые. К их теоретическим трудам и практическим предложениям и обращается Костычев. Жадно ловит он каждое новое слово.