Среднее образование, предлагаемое в городе, вполне удовлетворяло его нужды, но ради получения высшего образования всегда приходилось уезжать из Эдинбурга. Чаще всего пытливые умы отправлялись в университеты Сент-Эндрюса или Глазго, редко — за границу. Люди начали задумываться о том, что столице необходим собственный университет, созданный по более современному плану, нежели те древние правила, изложенные в епископских хартиях, согласно которым функционировали старые университеты. Эта мысль пришла еще до Реформации Роберту Риду, судье и дипломату на службе у Марии де Гиз. После смерти в 1558 году он завещал свои средства на основание Эдинбургского колледжа. Несмотря на то, что сам Рид был священником, в завещании он указал, что этот колледж не должен подчиняться церкви. Предполагалось, что в нем будет три отделения: классическая средняя школа для детей, школа углубленного изучения гуманитарных наук и школа права.[128] Не всем этим планам было суждено осуществиться. Еще один благотворитель внес столь же существенный вклад в формирование колледжа в том виде, который тот приобрел в итоге. Это был Клемент Литтл, который в 1580 году завещал колледжу 200 книг, которые должны были составить ядро научной библиотеки. Большинство этих книг было посвящено религии и философии. Литтл был адвокатом и стал одним из первых представителей профессии, которая начала формировать сообщество, сыгравшее впоследствии первостепенную роль в культурной жизни Эдинбурга. Будучи также одним из церковных старейшин, Литтл был равно озабочен тяжкой долей бедняков и образованием молодежи и стал одним из тех, кто словно бы объединил в своем лице европейское Возрождение с шотландской Реформацией.[129]

В период правления Марии Стюарт и последовавшей за ним гражданской войны ничего более сделать для университета было нельзя. Впоследствии городской совет вновь обратился к этому вопросу. Члены совета хорошо представляли себе, чего хотят: им был нужен колледж, который обеспечивал бы интеллектуальные нужды обновленного города, такой, который они могли бы поддерживать и в некоторой мере контролировать — не тратя при этом слишком много денег. В 1583 году они получили королевскую грамоту, разрешавшую использовать любые «ныне заброшенные и пустые места» (бывшие здания культового назначения, церкви или монастыри), чтобы разместить в них «профессоров школ грамматики, гуманитарных наук и языков, философии, теологии, медицины и права или любых других свободных наук».[130]

Местом, в итоге выбранным для Эдинбургского университета, стал Кирк-о-Филд, до сих пор лежавший в руинах со времени взрыва, призванного скрыть следы убийства Дарнли. Ремонтные работы придали зданию вид построенного кое-как, наспех, что еще долго служило источником веселья для посетителей. Городской совет также не проявил особой щедрости по отношению к первому директору университета Роберту Роллоку, приглашенному из Сент-Эндрюса. Его заставили служить в качестве священника в Грейфрайерсе за стипендию в 300 мерков. Подобное объединение в одном лице академических и священнических функций сохранилось до эпохи директора Робертсона и даже позже. Что до профессуры, сразу после открытия в университете не было преподавателей, специализирующихся по отдельным предметам. Каждый класс студентов обучался у так называемого регента, который вел занятия по всем предметам до выпуска. Первые выпускники получили дипломы в октябре 1583 года. Среди сорока семи студентов, которые поступили в университет следующими и выпустились в 1587 году, по крайней мере пятнадцать человек избрали церковную карьеру. Еще примерно триста лет Эдинбургский университет полностью оправдывал ожидания городского совета.[131]

Церковь, право и университет (вместе со средним образованием) стали тремя столпами нового гражданского общества реформированной Шотландии, к которой стремились Нокс и его товарищи. Это гражданское общество оказалось настолько прочным, что пережило шотландскую государственность, сохранив при этом национальную самобытность и в рамках союза с Англией, что было особо оговорено в союзном договоре 1707 года. Эти столпы гражданского общества поднялись или, хотя бы, начали подниматься в 1560 году, на фундаменте современной Шотландии, покоившемся на структурах, сформированных еще в Средневековье. И территориально все эти три столпа находились в Эдинбурге. Они укрепляли статус столицы королевства и сохранили этот статус даже тогда, когда само королевство перестало существовать. Прежде выживание нации и монархии зависело от героизма и патриотизма шотландского народа; жители Эдинбурга играли в этом свою роль, далеко не главную или решающую. Залогом выживания нового гражданского общества стали другие категории, и здесь уже ключевую роль стал играть именно Эдинбург.

Новое гражданское общество навело порядок в повседневной жизни города и нации в целом, хотя не все из этих изменений приветствовались единодушно. К привычной королевской и феодальной власти присоединилась и власть новых социальных институтов — а власть в Шотландии всегда имела крайне мало эффективных средств заставить себя слушать.

С новыми судами и новыми законами появились и новые преступления. Прежде с мелкими прегрешениями вполне справлялись с помощью исповеди и епитимьи; поскольку исповедь была тайной, все оставалось между кающимся и исповедником. Имелись и исключения однако. В 1547 году исповедник некоей Джанет Брюс велел ей пойти на Хай-стрит, поднести капеллану восковую свечу, найти Изобель Каррингтон и сказать той при свидетелях ясным шотландским языком: «Здесь, при трех честных людях, я свидетельствую, что облыжно оскорбила и оклеветала тебя, сказав, что ты — чертова шлюха. Единственное, что я знаю, что ты — честная женщина и верна своему мужу». Джанет также должна была сказать мужу Изобель, Роберту: «Я оболгала тебя и твою жену, назвав тебя рогоносцем, в то время как я признаю, что это неправда, так как твоя жена — честная женщина». Ради удовлетворения обеих сторон конфликта Изобель также должна была прийти к Джанет и сказать: «Ты — честная женщина, и я не знала точно, что ты совокуплялась со старым чиновником, и поскольку, как можно заключить, я просто передавала сплетню, то прошу Бога и тебя простить меня». Епитимья налагалась публичная, однако целью она имела не наказание грешника, но примирение между сторонами, и скорее утешала обиженных, нежели ожесточала сердца.[132]

Пример старого доброго беззаботного отношения к неприятностям мы видим в стихотворении Александра Скотта «Поединок и спор у Драма». Безусловно, это скорее литературное произведение, нежели репортаж, и в нем выказывается определенное снисходительное отношение поэта-аристократа к неумытому простолюдину — хотя более вероятно, что это скорее знак близости разных слоев малочисленного шотландского общества, которой суждено было пережить великие перемены, обрушившиеся на страну в ту эпоху. С литературной точки зрения стихотворение представляет собой смешение нескольких любимых макарами жанров и в ироикомическом ключе излагает историю о драке простолюдинов. Его персонажами становятся жители Эдинбурга, прогуливающиеся на зеленом пятачке у Драма, на главной дороге, ведущей от города к югу (теперь там стоит особняк в стиле классицизма). Там должен был состояться турнир, однако из-за курьезной путаницы до него дело так и не дошло. Зрителям приходится искать другое место для того, чтобы отметить праздник подобающим образом: