Приближавшаяся зима заставила обе стороны строить блиндажи, бараки и землянки, развивать фортификационные сооружения и искусственные препятствия в ожидании наступления противника. Каждой стороне предстояла атака укрепленной позиции, что заставило подготовить осадную артиллерию. Во время «Шахэйского сидения» отчасти имела место даже минная война.

Методы управления и работа штабов

Управление войсками на Дальнем Востоке с начала войны не получило необходимой четкости. Главнокомандующим вооруженными силами являлся наместник — адмирал Алексеев, который еще задолго до войны осуществлял на Дальнем Востоке политику царизма. Своей бездарной дипломатией Алексеев способствовал обострению отношений с Японией и преждевременному разрыву дипломатических сношений. Его слабое знакомство с вопросами сухопутного военного дела послужило причиной его систематических трений с Куропаткиным и разногласий по основным оперативным вопросам. Только после боев на реке Шахэ Алексеева отозвали, и главное командование передано было Куропаткину.

Что касается непосредственного управления боевыми операциями, то трудность его вытекала из возросшей ширины фронта и распадения боя на ряд отдельных очагов по фронту.

Со стороны Куропаткина управление выражалось, главным образом, в утверждении плана операции, который по обыкновению разрабатывался коллективным способом. Последующее влияние Куропаткина на ход сражения затруднялось отсутствием сколько-нибудь достоверных данных о силе, группировке и намерениях противника, и обычно все распоряжения Куропаткина в динамике боя сводились только к парированию ударов, иначе говоря, инициатива всецело отдавалась японцам.

С другой стороны, Куропаткин своим детальным вмешательством в управление подчиненных ему войсковых соединений нередко нарушал план действий, проводимый подчиненным ему генералом. В то же время в критические минуты боя, обнаружив ту или иную ошибку командующего соединением, Куропаткин не находил в себе решимости вмешаться и отдать приказ, который представлялся ему целесообразным в данной обстановке. На главные участки боя, там, где решалась участь сражения, а может быть, даже кампании, Куропаткин ни разу не прибыл с частью своего штаба, для того чтобы взять на себя общее руководство сражением на месте. Ширина фронта не допускала обзора поля сражения, и управление войсками со стороны высших начальников все более приобретало кабинетный характер.

Отсталость в управлении русскими войсками выразилась, например, в подражании образцам, которые отмерли с появлением скорострельного оружия. Куропаткин появлялся иногда на белом коне где-нибудь на высоте, наблюдая за ходом боя на каком-нибудь участке поля сражения. На таком же традиционном белом коне появлялись иногда и другие русские генералы. Белый конь Наполеона имел свой смысл в деле управления войсками в условиях военной техники начала XIX столетия. Появление Наполеона на белом коне, наблюдаемое всей сосредоточенной массой французских войск, являлось сигналом к решительной атаке. Если белый конь Наполеона способствовал управлению войсками, то белый конь Куропаткина в условиях войны на рубеже XX столетия мог только препятствовать ему приблизиться к окопам для попытки воодушевления солдат. Белый конь являлся тем более излишним, что техника управления в русско-японскую войну значительно повысилась по сравнению с предыдущими войнами. Хотя телефон не получил еще широкого применения, но он уже зарекомендовал себя как удобное и надежное средство связи.

Техника управления у японцев была богаче. Телефон применялся более широко. В горах применялись сигнальные средства, главным образом, гелиограф. Методы управления в японской армии были более гибки: войсковым начальникам ставились только цели, но средства к достижению целей избирались, как правило, исполнителями.

Едва ли можно признать, что штаб русского главнокомандующего сыграл сколько-нибудь серьезную роль в управлении боевой деятельностью войск в русско-японскую войну. Уже по своему составу этот штаб не мог обеспечить руководство операциями. Во главе штаба стоял Сахаров, известный своей пассивностью, проявленной им в качестве командира Хабаровского отряда в 1900 г. Приглашенный Куропаткиным на должность начальника штаба не столько за свои служебные качества, сколько за возможность установления через его посредство тесной связи с военным министерством, во главе которого стоял его брат, Сахаров являлся лишь старшим канцеляристом при Куропаткине.

На должность генерал-квартирмейстера штаба Куропаткиным был приглашен начальник военных сообщений Виленского военного округа Харкевич, исследователь войны 1812 г. Проводимую Барклаем в эту войну метафизическую стратегию, продиктованную прусским генералом Пфулем, Харкевич считал высшим достижением военного искусства. Точно так же, как под влиянием Пфуля построены были Дрисский и Бобруйский укрепленные лагери, Харкевич настаивал на постройке укрепленного лагеря в тылу корпуса Штакельберга, когда он выдвигался к Вафангоу. В этом лагере, по мысли Харкевича, мог бы укрыться корпус Штакельберга в случае, если бы он оказался отрезанным от сообщений. Стремление Пфуля к укрепленным лагерям вызвано подражанием Фридриху II, который еще в 1761 г. построил так называемый «Бунцельвицкий лагерь», опасаясь тактического окружения со стороны русских и австрийцев. Этот Харкевич, прозванный «профессором отступательной стратегии», являлся главным вдохновителем отступательной стратегии Куропаткина. В штаб главнокомандующего на должность дежурного генерала, который ведал административными вопросами и, главным образом, личным составом армии, назначен был Благовещенский, который впоследствии приобрел печальную известность под Танненбергом. Во время русско-японской войны Благовещенский считался знатоком по вопросам военных сообщений, однако на должность начальника военных сообщений был назначен не он, а бывший помощник начальника канцелярии военного министерства Забелин, который по своей прошлой службе приобрел опыт в вопросах административных и финансовых. В то же время начальником канцелярии штаба армии, который ведал административными и финансовыми вопросами, назначен был профессор академии Генерального штаба по кафедре тактики Данилов. Наконец, на должность начальника санитарной части армии был привлечен бывший киевский губернатор, кавалерийский генерал Трепов. Последнему неоднократно приходилось наблюдать перевозку раненых в закопченных угольной пылью вагонах, обслуживавших Янтайские угольные копи. Раненые лежали на толстом слое угольной пыли, но никакого протеста по этому поводу Трепов не заявлял.

Таким образом, основные звенья штаба Куропаткина возглавлялись некомпетентными лицами, в то время когда они могли быть целесообразно использованы на другой работе. Помимо указанных работников в штабе было много советников, адъютантов и порученцев, которыми окружал себя Куропаткин. Русские штабы обставлялись мягкой мебелью, которую они возили с собой, а штабы армий жили в роскошных поездах и были прикованы к железной дороге.

Работа штабов затруднялась огромной перепиской по различным, даже мелочным вопросам и составлением по заданиям главнокомандующего различных «соображений» и планов с графическими приложениями на все предполагаемые случаи боевой деятельности войск. Штабы корпусов тоже занимались больше канцелярской перепиской, чем фактическим руководством боевыми действиями войск. Автор воспоминаний о русско-японской войне Дружинин так описывает свои наблюдения за работой командира 3-го Сибирского корпуса Иванова и его штаба во время Шахэйской операции: