Порядок учета военнослужащих, направленных в штрафные батальоны и роты, был определен в директиве Генерального штаба Красной армии № 989242 от 28 августа, направленной начальникам штабов фронтов и 7-й отдельной армии. Ее подписали заместитель начальника Генштаба генерал-майор Ф.Е. Боков и начальник Организационного управления Генштаба генерал-майор А.Г. Карпоносов. В этом документе говорилось: «Для учета военнослужащих, направленных в штрафные батальоны и роты в соответствии с приказом НКО № 227, надлежит высылать в Генеральный штаб Красной армии (организационное управление) ежемесячно к 5 и 20 числу, по состоянию на 1 и 15 число, донесения о количестве переменного состава, находящегося в штрафных батальонах и ротах, показывая в этих сведениях следующие данные:

1. Количество штрафных батальонов и рот во фронте.

2. Сколько всего людей (штрафников) состоит в переменном составе штрафных батальонов и рот.

3. В том числе, какое количество и на какой срок назначены в штрафные батальоны и роты.

4. Из числа назначенных, сколько и в какое фактически время отбыли (показывать число людей по периодам, до месяца, от месяца до двух месяцев и т. д.).

5. Количество переменного состава штрафных батальонов и рот по ранее занимавшимся ими должностям: рядовых, младших командиров, комвзводов, ком-рот и др.

…………..

Количество переменного состава штрафных батальонов и рот по воинским званиям, присвоенным им до разжалования, суммарно по каждому званию (лейтенантов, ст. лейтенантов, капитанов, мл. политруков и т. д.).

Первое донесение представить к 5 сентября сего года по состоянию на 1 сентября».[16]

К концу сентября 1942 г. были разработаны положения о штрафных формированиях и их штаты. Положения «О штрафных батальонах действующей армии» и «О штрафных ротах действующей армии» были утверждены 26 сентября заместителем наркома обороны генералом армии Г.К. Жуковым (см. приложения № 2 и № 3) и введены в действие приказом № 298 заместителя наркома обороны СССР армейского комиссара 1-го ранга Е.А. Щаденко от 28 сентября.

В соответствии с Положением, штрафные батальоны создавались с «целью дать возможность лицам среднего и старшего командного, политического и начальствующего состава всех родов войск, провинившимся в нарушении дисциплины по трусости или неустойчивости, кровью искупить свои преступления перед Родиной отважной борьбой с врагом на более трудном участке боевых действий». Положение предусматривало, что штрафные батальоны находятся в ведении Военных советов фронтов. В пределах каждого фронта в соответствии со сложившейся обстановкой следовало создавать от одного до трех штрафных батальонов, которые могли придаваться стрелковой дивизии или отдельной стрелковой бригаде.

В постоянный состав штрафного батальона входили командир, военные комиссары батальона и рот, командиры и политические руководители взводов, а также остальной начальствующий состав. Командир и военный комиссар штрафного батальона пользовались по отношению к штрафникам дисциплинарной властью командира и военного комиссара дивизии, заместители командира и военного комиссара батальона — властью командира и военного комиссара полка, командиры и военные комиссары рот — властью командира и военного комиссара батальона, а командиры и политические руководители взводов — властью командиров и политических руководителей рот. Всему постоянному составу штрафных батальонов сроки выслуги в званиях, по сравнению с командным, политическим и начальствующим составом строевых частей действующей армии, сокращались наполовину, а каждый месяц службы в постоянном составе штрафного батальона засчитывался при назначении пенсии за шесть месяцев.

В штрафные батальоны в качестве переменного состава на срок от одного до трех месяцев направлялись лица среднего и старшего командного, политического и начальствующего состава приказом по дивизии или бригаде (по корпусу — в отношении личного состава корпусных частей или по армии и фронту — в отношении частей армейского и фронтового подчинения соответственно). На эти же сроки могли направляться по приговору военных трибуналов (действующей армии и тыловых) лица среднего и старшего командного, политического и начальствующего состава, осужденные с применением отсрочки исполнения приговора (примечание 2 к ст. 28 Уголовного кодекса РСФСР). Причем командиры и военные комиссары батальонов и полков направлялись в штрафной батальон не иначе как по приговору военного трибунала фронта. Все, кто направлялся в штрафной батальон, подлежали разжалованию в рядовые. Однако разрешалось назначать штрафников на должности младшего командного состава с присвоением званий ефрейтора, младшего сержанта и сержанта.

В Положении устанавливалось, что за боевое отличие штрафники могли быть освобождены досрочно по представлению командования штрафного батальона, утвержденному Военным советом фронта, а за особо выдающееся боевое отличие — представлены к правительственной награде. Все освобожденные из штрафного батальона восстанавливались в звании и во всех правах. Штрафники, получившие ранение в бою, считались отбывшими наказание. Они подлежали восстановлению в воинском звании и во всех правах и после выздоровления направлялись для дальнейшего прохождения службы, а инвалидам назначалась пенсия из оклада содержания по последней должности перед зачислением в штрафной батальон.

Штрафные роты создавались с «целью дать возможность рядовым бойцам и младшим командирам всех родов войск, провинившимся в нарушении дисциплины по трусости или неустойчивости, кровью искупить свою вину перед Родиной отважной борьбой с врагом на трудном участке боевых действий». Они находились в ведении Военных советов армий. В пределах каждой армии предусматривалось создание от пяти до десяти штрафных рот, которые придавались стрелковому полку, дивизии и бригаде.

Положение определяло, что к постоянному составу штрафных рот относились: командир и военный комиссар роты, командиры и политические руководители взводов и остальной постоянный начальствующий состав. Командир и военный комиссар штрафной роты пользовались по отношению к штрафникам дисциплинарной властью командира и военного комиссара полка, заместители командира и военного комиссара роты — властью командира и военного комиссара батальона, а командиры и политические руководители взводов — властью командиров и политических руководителей рот. Им предоставлялись те же льготы, что и постоянному составу штрафных батальонов.

Переменный состав штрафных рот комплектовался из числа рядовых бойцов и младших командиров, которые направлялись в эти подразделения сроком от одного до трех месяцев. При этом младшие командиры подлежали разжалованию в рядовые. В остальном (порядок освобождения, восстановления в воинских званиях, награждения и т. д.) Положение о штрафных ротах было идентичным Положению о штрафных батальонах.

В последующем был издан ряд приказов и директив, которые значительно расширяли круг лиц, имевших право направлять военнослужащих в штрафные формирования, а также увеличивали количество проступков, за которые в виде наказания следовала отправка в штрафные части и подразделения.

В первую очередь были приняты меры в отношении осужденных военными трибуналами за воинские и другие преступления с применением отсрочки исполнения приговора до окончания войны. Так, заместитель наркома обороны СССР армейский комиссар 1-го ранга Е.А. Щаденко 16 октября 1942 г. подписал приказ № 323 следующего содержания: «Народный комиссар обороны тов. Сталин в приказе № 227 указал, что главной причиной наших временных неудач на фронте является слабая дисциплина в войсках:

«Не хватает порядка и дисциплины в ротах, батальонах, полках, дивизиях, в танковых частях, в авиаэскадрильях. В этом теперь наш главный недостаток». Сказанное народным комиссаром обороны тов. Сталиным о войсках действующей армии целиком и полностью относится и к войскам внутренних органов. В запасных частях, в учебных центрах, учебных бригадах и полках, в местных стрелковых частях, новых формированиях и в военных училищах воспитание и дисциплина все еще находятся на низком уровне. Это происходит в значительной степени потому, что командный и начальствующий состав в ряде случаев не служит примером дисциплинированности и требовательности, сам не использует всей полноты предоставленной ему власти и не требует этого от подчиненных. В результате на фронт приносится неорганизованность, расхлябанность и, как следствие этого, малодушие и трусость перед лицом врага, дезертирство и другие преступления.