В автографе иначе раскрывался и образ той, кому адресовано было письмо неизвестного мечтателя. Она более настойчиво, чем в журнальном варианте, сближается с грешницей, приведенной к Христу книжниками и фарисеями и отпущенной им без осуждения (см.: Евангелие от Иоанна. Гл. 8. Ст. 1–7). На память о пережитом у героини остается гравюра с картины широко известного в 1840-х годах французского художника Эмилия Синьоля «Блудница» («La femme adultère», 1840) с надписью — евангельской цитатой (слова Христа) на латинском языке «Кто из вас без греха, первым брось на нее камень».

В журнальной редакции повествование ведется уже от лица героини, и роман имеет подзаголовок «История одной женщины», раскрывающий его основную тему. Каждая из трех дошедших до нас частей не только звено в композиции целого, но и внутренне законченная новелла с особым сюжетом, особой завязкой, кульминацией и развязкой.

Из задуманных шести частей «Неточки Незвановой» написано было только три: «Детство» (гл. I–III), «Новая жизнь» (гл. IV–V) и «Тайна» (гл. VI–VII). Роман остался незавершенным, так как 23 апреля 1849 г. Достоевский был арестован за участие в собраниях петрашевцев. Третья часть романа появилась в майской книжке «Отечественных записок» без подписи уже в то время, когда писатель находился в Петропавловской крепости.

После каторги Достоевский отказался от мысли закончить «Неточку Незванову», переработав начало романа (имевшего в журнальной редакции подзаголовок «История одной женщины») в повесть о детстве и отрочестве героини. Поэтому отпало деление на части, а нумерация глав стала сплошной. При переделке написанного автору пришлось пожертвовать некоторыми эпизодами: так, он исключил из числа действующих лиц другого воспитанника князя, бедного мальчика-сироту Лареньку, с которым подружилась Неточка и которого она в своих записках характеризует как второго «будущего героя» повествования: «В одну из таких прогулок я зашла в комнату, где стояло очень много цветов, у окна устроена была целая беседка из самых редких растений. Я любила эту комнату и останавливалась в изумлении перед деревьями, на которых были такие чудные, красивые листья, иные чуть ли не в аршин длиною. Вдруг я услышала за деревьями шорох. Пробравшись дальше, я увидела в амбразуре окна, в уголку, прятавшееся от меня существо, перепуганное и чуть не закричавшее, когда я подошла к нему. Это был мальчик лет одиннадцати, бледный, худенький, рыженький, который присел на корточки и дрожал всеми членами. Увидев меня, он немного ободрился, привстал, но все-таки смотрел на меня с каким-то недоверчивым удивлением. Испуг его всё еще продолжался.

— Кто вы такой? — спросила я, подходя к нему ближе.

— Я несчастный мальчик, — отвечал мой маленький незнакомец, показывая очевидное желание заплакать.

— А как вас зовут?

— Ларенькой.

Мальчик замолчал; чтоб ободрить его еще более и познакомиться с ним покороче, я придвинулась к нему ближе и поцеловала его. Мне показалось, что так непременно нужно начинать всякое знакомство. После того мы несколько времени смотрели друг на друга молча, ожидая, что будет далее.

— Уйдите, пожалуйста, — сказал наконец мальчик, — а то меня сыщут.

Я было и ушла, но с двух шагов воротилась с известием, что уж мы отобедали и что если он не обедал, так ему больше не дадут кушать.

— А мне хочется есть, — сказал мальчик.

— Так отчего же вы нейдете наверх?

— Да я еще утром заблудился. Фальстафка отнял у меня крендель; я побежал за ним посмотреть, не бросит ли он его куда-нибудь, чтоб потом поднять, но он съел его в этой комнате, там, в углу. А после того я испугался, когда кто-то вошел, и спрятался сюда.

— А как придет ночь, как же вы будете?

— Я уж думал и плакал об этом. Я сниму курточку и положу вместо подушки. А панталон не буду снимать, потому что здесь холодно; только очень боюсь, что запачкаюсь. Но уж нечего делать; я так здесь и буду ночевать.

— Кто же вам будет кушать давать?

— Да я как-нибудь… не буду есть, — сказал мальчик, и по худым щекам его покатилась слезинка. Я схватила его за руку и потащила за собой. Он не хотел идти, но я так решительно сказала, что надобно, что бедняжка не посмел ослушаться.

— Ну, вот он! — закричала девушка, когда я привела его наверх. — Где это вы пропадали? Ступайте кушать, суп простыл.

Но мальчик не разобрал, что ему говорили, сам побежал в угол и стал на колени, будто наказанный; потом, сложив свои маленькие руки, с умоляющим видом и захныкав, начал просить прощения.

— Pauvre enfant! (Бедное дитя!) — сказала наша француженка, выводя его из угла и утирая ему слезы. Эта старушка была предобрая женщина.

Мальчик, будущий герой моего рассказа, был, тоже как и я, сиротка, сын одного бедного чиновника, которого князь знал за хорошего человека. Когда родители его умерли, князь выхлопотал ему место в одной школе; но он был такой убитый, такой слабый здоровьем, так боялся всего, что и порешили весьма благоразумно оставить его на некоторое время в доме. Князь очень о нем заботился и поручил мадам Леотар как-нибудь ободрить и развеселить его. Но мальчик приводил в отчаяние свою воспитательницу и с каждым днем становился чуднее и жальче. Его комната была очень отдалена от моей: вот почему я до сих пор не видала его. А главное, сам князь запретил до времени нас знакомить, боясь, чтоб унылый характер Лари не подействовал на меня мрачным образом, затем что я всё еще не оправилась от болезни, а между тем уже выказала свою болезненную впечатлительность. Теперь, когда мы сошлись так нечаянно, нас уже разлучить не могли, и знакомство осталось за нами. Ему не мешали. Это знакомство оставило на меня болезненное впечатление, потому что слишком сильно подействовало на мое сознание и развитие.

Но только трудно было встретить более странное существо, как это бедное дитя. Во-первых, я ужасно долго не могла с ним познакомиться: он всё бегал от меня, как от страха, и прятался по всем углам. Один раз я его вытащила, чтоб играть во что-то; только отвернулась, а его уж и нет: опять спрятался! Наконец я несколько приучила его к себе и он стал понемногу со мной разговаривать; но долго еще не клеился наш разговор. Я очень любопытствовала и расспрашивала его: кто он такой и где прежде был? Но на вопрос мой он менялся в лице, со страхом осматривался, как будто боясь, чтоб нас не подслушали, и потом начинал потихоньку плакать. Помню, что у меня сжималось сердце, глядя на него, может быть оттого, что я инстинктом чувствовала, что тоска его сродни моей тоске, которую я по временам больно ощущала в душе, но до сих пор вполне не осмыслила: какой-то страх нападал на меня, когда я начинала о себе задумываться. Как теперь вижу перед собой Ларю — бедненького мальчика, вздрагивавшего от малейшего шума, от каждого голоса, со слезой, набегавшей на его маленькие рыженькие ресницы, когда, бывало, он забьется в угол один и, думая, что его никто не видит, хнычет потихоньку… Одним словом, мне во что бы ни стало нужно было узнать, о чем он тоскует. И вот раз, в один необыкновенный вечер, когда княжна принимала у себя кого-то и когда все наверху были в большой суматохе, мы с Ларей забились в самую отдаленную комнату и уселись рядышком на диване. Мне вздумалось, чтоб утешить и развеселить его, рассказать одну из тех волшебных сказок, которые я слышала от батюшки. В эту минуту и сама я была в особенном настроении духа и поминутно прерывала сказку, объясняя, кто таков был батюшка, не забыв, разумеется, сказать, какой он был большой артист, и растолковать, по-своему, что такое артист, как мы оба жили с матушкой, и, чудное дело! даже и теперь, когда уже всё сердце во мне было возмущено более чем сомнением — раскаянием, страданием за нее, мою мученицу, даже и теперь, говоря с Ларей, я не забыла изобразить ее как гонительницу нашу и единственную помеху нашему счастью — так медленно совершался во мне процесс сознания и перехода в новую жизнь! Вдруг, среди рассказа, какое-то необыкновенное чувство воодушевило бедного мальчика. Он припал ко мне и начал горячо целовать мою щеку, плечи, платье. Он был в сильном движении. Неизъяснимо приятное ощущение овладело мною. Я поняла, что победила наконец его страх, его недоверчивость и добилась любви его. Помню, я вся притихла, когда он целовал меня, и сладостное смущение охватило мое сердце. Минуты две мы не говорили ни слова. Наконец, он обхватил мою шею, прижался головою к груди моей и зарыдал, уже не стараясь подавить своих слез, надеясь на мое сочувствие.