Полагали, соответственно, что полузабытая высшим светом Елизавета не способна ни на какие заговоры и всякие мысли о власти оставила. Бирон, а затем Миних были к ней благосклонны. Ее отношения с правительницей Анной оставались любезными и даже дружественными. Но у Елизаветы нашлись друзья, которые во что бы то ни стало решили освободить Россию от «засилья немцев», как они заявляли. Но, как ни странно, это опять же были иностранцы: маркиз Лa Шетарди — французский посланник и Лесток — личный врач царевны Елизаветы. Последний был сыном французского лекаря, переселившегося в конце XVII века в Германию. В России он жил уже больше двадцати пяти лет и даже женился на одной из фрейлин Елизаветы. В заговоре, о котором уже поговаривали открыто, был также замешан немец Шварц — капитан пехотного полка. А самым активным заговорщиком был Грюнштайн, бывший маклер и ювелир из Дрездена, а в то время гвардейский солдат. Беспечность и апатичность регентши способствовали благополучному совершению переворота.
И вот гвардейцы присягнули Елизавете. Граф Левенвольде якобы успел предупредить регентшу об угрожавшей ей опасности, но мать малютки-императора, отличавшаяся особой доверчивостью к людям, сочла его безумцем и никаким доносам на цесаревну верить не хотела. Когда заговорщики вместе с Елизаветой вошли во дворец, Анна спала рядом со своим мужем. Один из гренадеров грубо разбудил несчастных. Заплакала крохотная сестренка младенца-царя, которую в суете уронили на пол. Маленького Иоанна Елизавета запретила беспокоить. Но он проснулся от шума, и, взяв его на руки, она растроганно сказала: «Бедный малютка! Виноваты одни твои родители». А между тем повсюду кричали «ура!» И под эти крики ребенок улыбался той, которая только что лишила его императорской короны.
Брауншвейгское семейство взяли под стражу. В ту же ночь были арестованы Миних, Остерман и Левенвольде. Под стражу были взяты их сторонники, а также те, кто считался приверженцем Пруссии — главным Образом, придворные и государственные сановники немецкого происхождения. Утром 25 ноября 1741 года был обнародован манифест о восшествии на престол императрицы Елизаветы. О незаконности прав Иоанна VI не было сказано ни слова. Более того, дочь Петра Великого всячески демонстрировала перед гвардейцами большую нежность к теперь уже бывшему императору.
Сначала свергнутого младенца с родителями хотели выслать за границу к родственникам и даже уже отправили в Ригу. Но попытка совершить контрпереворот в пользу Иоанна VI и многочисленные дворцовые интриги заставили императрицу Елизавету изменить это решение. А прусский король Фридрих II посоветовал русскому посланнику в Берлине сделать все, чтобы поселить брауншвейгское семейство в каком-нибудь отдаленном месте российских просторов, чтобы о них вообще позабыли. Хотя сразу же после переворота Фридрих и австрийская императрица Мария Терезия, родственники принца Антона Ульриха, обратились к Елизавете с просьбой отпустить его за пределы России, так как он никогда не претендовал на правление Российским государством, а был лишь Отцом ребенка, ставшего в угоду Анне Иоанновне номинальным царем. Елизавета согласилась разрешить Антону Ульриху выехать из России, но не пожелала отпустить его супругу и детей. Принц же, узнав о решении русской императрицы, отказался уехать один. И вот под охраной — брауншвейгское семейство отправляют сначала на восток, в сторону Рязани, а затем в Архангельск, чтобы переправить затем на Соловецкий остров на вечное поселение. Иоанна приказано было везти в отдельной коляске под именем Григорий. С родителями его разлучили навсегда. Однако на остров пленники не попали, помешал сильный шторм. В строжайшей тайне семью поселили в Холмогорах, селе, расположенном на берегу Северной Двины. Их разместили в добротном архиепископском доме, который срочно обнесли высоким забором. На площади примерно в 400 кв. м стояли еще два дома и церковь с башней, тут же был пруд и небольшой сад. Всякая связь с внешним миром была запрещена. Пища — самая простая, отношение солдат стражи — как к арестантам.
Бывшего царя, которому к тому времени уже исполнилось четыре года, поместили в маленьком доме отдельно от родителей. Здесь мальчик рос в полном одиночестве. В качестве надзирателя к нему был приставлен майор Миллер, получивший соответствующие инструкции.
Анна Леопольдовна, внучатая племянница Петра Великого, родила в Холмогорах еще троих детей и была целиком занята заботой о них. Вскоре после рождения последнего ребенка она скончалась от родильной горячки, когда ей еще и тридцати не было. Императрица Елизавета, узнав о смерти своей дальней родственницы, приказала привезти ее тело в Петербург для торжественных похорон. Анну Леопольдовну похоронили в Александро-Невской лавре рядом с царицей Прасковьей, ее бабушкой, и матерью, герцогиней Мекленбургской, старшей дочерью царя Иоанна Романова. О смерти матери бывшему императору, которому к тому времени уже исполнилось шесть лет, не сказали. Его продолжали содержать в полной изоляции от семьи. Лишь несколько приставленных к нему лиц могли общаться с мальчиком, не раскрывая ему тайны его происхождения.
Вопреки строгим запретам, кто-то обучил Иоанна грамоте и рассказал ему, кто он такой. Это резко изменило судьбу девятого царя Романова, достигшего уже юношеского возраста. Он был в полной тайне перевезен в Шлиссельбургскую крепость, расположенную на маленьком островке посреди Невы. Крепость в то время еще выполняла функции оборонительного военного сооружения. Лишь через несколько десятилетий она станет зловещей тюрьмой. Антона Ульриха вместе с детьми оставили в Холмогорах, усилив для видимости охрану, чтобы казалось, что свергнутый царь находится все еще там.
Иоанна поместили в небольшом каземате, расположенном в одной из крепостных стен. Единственное окошко замазали серой краской, чтобы не дай Бог кто не увидел таинственного узника. Страже был дан строгий наказ никому не рассказывать про арестанта, каков он: стар или молод, высок или низок, русский или иностранец…
В тесной камере без дневного света и будет проходить дальнейшая недолгая жизнь несчастного отпрыска царской семьи, так и не познавшего прелести жизни.
Целыми днями пленник играл драгоценностями своей матери, которые хранились у него в шкатулке. Первый раз его вывели на прогулку, когда ему было уже двадцать лет. Иоанн вновь увидел деревья, цветы и зеленую траву. Молодой человек любил стоять на крепостном валу и смотреть в даль на расстилающееся перед ним море. А в двадцать четыре года здесь же, в крепости, бедняга был убит якобы при попытке освободить его из заключения. Он был уже вторым по счету представителем династии Романовых, которого убили, чтобы он не оказался на троне. Сначала Алексей, сын Петра Первого, — ему было в то время двадцать восемь лет, — и теперь правнук царя Иоанна, несостоявшийся император, которому было на четыре года меньше.
А события, связанные с убийством этого царя Романова, развивались следующим образом.
Все двадцать лет правления Елизаветы свергнутый Иоанн VI содержался под строгим надзором. После смерти императрицы, ее преемник Петр III отдал распоряжение еще сильнее стеречь своего родственника. Рассказывали даже, что он как-то навестил его в крепости под видом простого офицера, чтобы лично посмотреть на узника. Как свидетельствуется в русских исторических материалах, принц говорил бессвязно, отвечал на вопросы сумбурно. То он утверждал, что он император Иоанн, то что этого императора больше нет на свете, а его дух перешел в него. После вопроса, кто он такой, отвечал: «Император». На вопрос, откуда он это знает, отвечал: «От своих родителей и от солдат».
Не стало Петра III, а Иоанн все еще сидел в своей тюрьме. Перед Екатериной II, пришедшей к власти и кровно совершенно не связанной с семьей Романовых, встала трудная задача, что делать с заключенным в крепости, объявленным когда-то российским императором, да еще приходившимся правнуком русскому царю Иоанну Романову. Первоначальной ее идеей было женить молодого человека на себе, узаконив тем самым свое нахождение на российском троне. Она под каким-то предлогом приехала в крепость, чтобы издалека посмотреть на бедного узника. Но увидев его, тут же оставила эту мысль и приняла новое решение: арестанта ни под каким видом никому не отдавать, а при попытке его освобождения умертвить.