Тогда-то «заметили» Коха, и он получил повышение по службе — «обер штабс-врача первого класса». Имя Коха гремело на весь мир.

К 1883 году относится интересный инцидент — столкновение двух величайших ученых того времени — Коха и Пастера. Кох давно уже относился скептически к учению Пастера о предохранительных прививках: «Как можно прививать против бешенства, когда неизвестен даже возбудитель бешенства?» думал Кох. В этом сомнении Коха была правильная и неправильная стороны. Правильная сторона состояла в том, что Пастер, отличавшийся темпераментом страстного бойца, иногда применял прививки без достаточной осмотрительности. Известны случаи, когда он своими прививками губил не только животных, но даже и людей. Но из-за того, что прививки тогда не были еще достаточно точно методически проработаны, нельзя было отрицать самую возможность пользоваться прививками: нельзя было вместе с мутной водой выплескивать здорового ребенка. И вот, в 1883 году в Женеве, в присутствии виднейших представителей международной медицины, Пастер сделал блестящий доклад на тему: «Как предохранять живые существа от заразных болезней путем введения в них ослабленной культуры микробов». В своем докладе он старался доказать, что «основные принципы уже найдены и никто не может отрицать, что будущее богато самыми радужными надеждами. «Мы все воодушевлены высокими стремлениями, — закончил с пафосом Пастер, — стремлениями к прогрессу и истине».

Среди слушателей Пастер увидел Роберта Коха, глаза которого за золотыми очками скептически улыбались. Заметив эту улыбку, Пастер, чтобы предотвратить атаку, сделал попытку втянуть Коха в публичную дискуссию, зная, что Кох более силен в бактериологической технике, чем в словесной дискуссии. Кох встал, откашлялся и сказал: «Я предпочту ответить г. Пастеру на его доводы письменным докладом в самом ближайшем будущем» — и сел на место.

Вскоре действительно последовал ответ. Кох в полуироническом тоне начал с того, что ему удалось приобрести у агента Пастера небольшое количество так называемой вакцины сибиреязвенной болезни. Пастер говорил, что его вакцина убивает мышей, но не морских свинок; Кох испробовал ее, оказалось, что она бессильна убить даже мышонка, а некоторые образцы, наоборот, легко убивали овцу. Пастер говорил, что его вторая вакцина убивает морских свинок, но не кроликов; оказалось, что она убивает не только кроликов, а иногда и овцу, которую Пастер пытался спасти этой вакциной от смерти. Ясно, что его вакцины, кроме сибиреязвенных, содержат и другие бактерии. Кох иронически заметил, что он «подверг тщательному анализу эту вакцину и обнаружил, что она представляет собой настоящий зверинец из самых разнообразных кокков, бацилл и других микробов». «Если Пастер так стремится к истине, — вопрошал Кох, — то почему он ничего не сообщает о массе печальных результатов применения им вакцин? Такой образ действий может быть годится для рекламирующей себя торговой фирме, — закончил Кох свою статью, — но наука должна отнестись к нему с самым суровым осуждением».

Уязвленный Пастер разразился гневным ответом. К сожалению, он не опровергал (и, вероятно, не мог опровергнуть) фактических указаний Коха. В страстной полемике он пытался унизить Коха: «Еще в 1856 году, — писал Пастер, — за двадцать лет до научной зрелости Коха, я занимался изоляцией и выращиванием микробов в чистом виде; и я считаю просто смешным придавать какое-либо значение инсинуации Коха о том, что я не умею приготовлять чистые культуры».

Полемика между Кохом и Пастером превратилась скоро в полемику между Францией и Германией. Спор между учеными двух стран буржуазия этих стран попыталась использовать для разжигания патриотического угара и для натравливания одной страны на другую, сея вражду между народами. Пастер был спешно избран во Французскую академию. В день появления Пастера в Академии, он был встречен приветствием известного в то время французского философа и историка Эрнеста Ренана. Ренан назвал Пастера гением, сравнил его с величайшими людьми истории и в заключение обратился к седовласому, уже парализованному, но пылкому Пастеру с мягким увещеванием: «Истина, сударь, — это одна из величайших кокеток, — сказал он. — Никогда не следует слишком страстно ее домогаться, ибо она чаще и охотнее отвечает на холодное равнодушие. Она часто ускользает, будучи почти уже пойманной, и в то же время приходит сама, чтобы отдаться терпеливому ожиданию. Она нежданно возвращается после прощальных слов разлуки, но остается жестокой и неумолимой к своему вечному пылкому обожателю».

Так разгорелась эта полемика. Как увидим ниже, Кох все же к концу своей жизни должен был согласиться с взглядами Пастера на прививки.

Осенью 1883 года разразилась эпидемия холеры. Она охватила Египет и грозила перекинуться в Европу. Все империалистические правительства, имевшие колонии в Азии и Африке, снаряжали научные экспедиции для изучения холеры и для борьбы с нею. Снарядило экспедицию и французское правительство.

Пастер, который всецело занят был тогда борьбой с бешенством, командировал в Египет своего блестящего преданного помощника, впоследствии мирового ученого и директора Пастеровского института, Эмиля Ру, и скромного молодого врача Тюилье. Германское правительство отправило в Африку экспедицию во главе с Кохом. Эпидемия в Египте начала уже стихать, как вдруг Коху принесли известие, что «доктор Тюилье скончался от холеры».

Несмотря на обостренные отношения между Кохом и Пастером, в то время вылившиеся во вражду между французскими и немецкими учеными, Кох тотчас же отправился к осиротевшему Ру, выразил ему свое соболезнование; вместе с другими Кох нес на плечах на кладбище тело умершего товарища. Перед опусканием тела в могилу Кох возложил на гроб венок и сказал: «Этот венок скромен, но он сделан из лавров, которыми венчают храбрость».

После похорон Тюилье Кох спешно вернулся в Берлин, взяв с собой несколько ящиков с окрашенными препаратами. Он тотчас же подал рапорт министру здравоохранения, в котором писал: «Я нашел микроба, встречающегося во всех случаях холеры. Но и еще не доказал, что именно он является возбудителем болезни. Прошу командировать меня в Индию, где холера не прекращается, чтобы я мог закончить свой изыскания по этому вопросу».

Кох получил эту командировку и отправился из Берлина в Калькуту, ужасно страдая в пути от морской болезни. Там он научился выращивать чистую культуру холерных бацилл на питательной желатине и, таким образом, легко изучил их природу и особенности. Он исследовал в Калькуте 16 холерных больных и 32 холерных трупа, — опять та же картина: он видел под микроскопом короткие палочки в форме запятых, которые иногда соединялись вместе в форме буквы S. Он изучил и пути заражения: через зараженную воду, через белье больных холерой, через зараженные фрукты и т. д. Чтобы собраться с мыслями и подвести спокойно итоги своим открытиям, он отправился в горы и в прекрасном курорте Даргелинг, расположенном в Гималаях, закончил свои научные труды по холере.

4 марта 1884 года Кох опубликовал отчет о своей командировке. Ему устроили в Берлине блестящий прием. Открытый им возбудитель холеры потом так был назван: «запятая Коха». Посыпались новые милости на Коха: кронпринц передал ему королевский орден II класса «на черно-белой ленте». Коху поднесли бюст кайзера, дали ему награду в 100 тыс. марок (что для научных работ Коха было полезнее бюста кайзера). Даже Вильгельм I удостоил Коха своим приемом. В честь Коха был устроен торжественный банкет, на котором сиятельный чиновник — фон Бергман — сказал: «Гомер описывает как особую добродетель Аякса то, что он, угрожаемый противником, как муха отскакивал и нападал с другой стороны — упорно, неизменно, без устали. Эти качества мы видим и у нашего героя, доктора Коха. Окрашивая и освещая, подсушивая, изолируя, стерилизуя, он исследовал вопрос с разных сторон и смело шел к своей цели — проник в тайну природы». Кох был назначен членом прусского государственного совета. Звезда Коха стояла высоко.