Первая глава новой версии 4 августа была направлена Ломоносову на заключение, причем его надо было сделать, по предписанию Канцелярии, «как наискорее»: «достоин ли тот перевод отдать для напечатания». Ломоносов, отложив другие дела (а только что - 3 августа - было начато строительство Химической лаборатории, которое ученый многократно добивался с января 1742 г.), срочно читает эту главу. И уже 12 августа он передал в Канцелярию «репорт», в котором сказано, что «помянутая книга напечатания достойна» и что в ней найдены «малые погрешности, которые больше в чистоте штиля состоят» и могут быть легко исправлены переводчиком. И именно на основании этого «репорта» Канцелярия подтвердила свое постановление о печатании «Истории Сибири» на русском языке. Но не только один Ломоносов занимался рецензированием труда Миллера. Его обсуждению в мае-августе 1748 г. было посвящено 11 заседаний Исторического собрания (25, 27 мая, 1, 3, 6, 8, 15 июня, 6,13,27 июля, 10 августа), причем главным и очень въедливым оппонентом Миллера на них выступал профессор истории и древностей И.Э.Фишер. И в этих заседаниях активное участие принимал, наряду с Г.Н.Тепловым, П.Л.Леруа, Я.Я. Штелиным, Ф.Г. Штрубе де Пирмонтом, Х.Крузиусом, И.Э.Фишером, И.А.Брауном, В.К.Тредиаковским, и М.В.Ломоносов.
Замечаний в адрес Миллера - существенных и не очень - на Историческом собрании было высказано много. Стоит заострить внимание на одном из них, ибо оно демонстрирует понимание Миллером как характера работы историка, так и той роли, которая отводилась им источникам: «надлежит ли историографу следовать всему без изъятия, что ни находится в каком подлиннике, хотя б иное было явно ложное и негодное, и вносить оную в свою сочиняемую историю», и «что историограф долженствует потоль следовать подлинникам, пока не будет иметь законных причин не полагаться на их верность, ибо слово следовать много в себе заключает, то есть следовать слепо и без всякаго сомнения». В указе Миллеру Канцелярии от 19 июня 1750 г. подчеркивалось уже после выхода первой части «Истории Сибири», что «большая часть книги не что иное есть, как только копия с дел канцелярских, а инако бы книга надлежайщей величины не имела - то чрез сие накрепко запрещается, чтобы никаких копий в следующие томы не вносить, а когда нужно упомянуть какую грамоту или выписку, то на стороне цитировать, что оная действительно в академической архиве хранится». В 1764 г. Ломоносов также отметил, что Миллер «в первом томе "Сибирской истории" положил много мелочных излишеств и, читая оное, спорил и упрямился, не хотя ничего отменить, со многими профессорами и с самим асессором Тепловым».
В 1751 г. Историческое собрание обсуждало, начиная с 22 мая, вторую часть «Истории Сибири». В сентябре Ломоносов подал в Канцелярию доношение с просьбой освободить его от «присутствия» в Собрании, ибо известно, «коль много принужден я был от помянутого профессора Миллера ругательств и обиды терпеть напрасно, а в нынешних Исторических собраниях читается его же, Миллерова, "Сибирская история", и для того опасаюсь, чтобы обыкновенных его досадительных речей не претерпеть напрасно и, беспокойствуясь принятою от того досадою, в других моих делах не иметь остановки». И ему было позволено знакомиться с монографией на дому и «с примечаниями» отсылать в Историческое собрание «на рассуждение». 31 октября Канцелярия получила от Ломоносова замечания на 6 и 7 главы, в которых он посоветовал лишь «выкинуть» некоторые «непристойности» и «излишества», ибо, напоминал рецензент, «первый том Сибирской истории для таких мелочей подвержен был немалой критике и роптанию». 20 ноября эти замечания были направлены в Историческое собрание. 27 ноября состоялось заседание последнего, на котором было отмечено, что Миллер исправил текст согласно замечаниям Ломоносова. Принимая во внимание этот факт, Собрание одобрило как главы 6-7, а также главы 8-11, читанные на заседаниях без Ломоносова, и 20 декабря Канцелярия распорядилась печатать «Историю Сибири» Миллера «в том же количестве экземпляров, как и первую часть». В 1752 г. были рекомендованы к изданию Историческим собранием и главы 12-17. А в качестве «притеснителей» историографа при напечатании «Истории Сибири» Пекарский, в отличие от Формозова работавший с документами, а не черпавший свои знания из тенденциозных сочинений, называет «неутомимых в преследовании против него» Шумахера и Теплова, но не Ломоносова. Точно также поступает и С.М.Соловьев[136].
Весьма странно, конечно, читать у С.С. Илизарова, что Миллер никогда не выступал зачинщиком ссор, т. к. такая посылка очень серьезно искажает многие страницы истории Академии наук и характер противостояния Миллера с Ломоносовым. В 1758-1759 гг. Ломоносов вспоминал, что «по приезде Миллеровом из Сибири, где он разбогател и приобрел великую гордость, какие ссоры, споры, тяжбы с Шумахером были, описать невозможно: все профессорские собрания происходили в ссорах». В 1764 г. он же, ведя речь о событиях 1744 г., констатировал: «Какие были тогда распри или лучше позорище между Шумахером, Делилем и Миллером! Целый год почти прошел, что в Конференции кроме шумов ничего не происходило». В 1762 г. усугубился давний конфликт между Миллером и профессором юриспруденции Г.Ф.Федоровичем, и 2 декабря Миллер, подчеркивал Ломоносов, «не токмо ругал Федоровича бесчестными словами, но и взашей выбил из Конференции. Федорович просил о сатисфакции и оправдан профессорскими свидетельствами...». Профессор И.А.Браун, очевидец ссоры, показывал, что ее «зачинщиком» и «обидящим» был именно Миллер и что имело место «бесчестное и наглое выведение» Федоровича из Академического собрания. Сам Миллер затем «сознался, что дал волю рукам», не помня при этом, «выпроваживал ли он Федоровича "взашей", "за плечо" или "за рукав"».
Миллер отличался, указывал Шлецер, «необыкновенной вспыльчивостью», которую не научился укрощать, по причине чего часто бывал инициатором громких скандалов в Академии и «нажил себе множество врагов между товарищами от властолюбия, между подчиненными от жестокости в обращении». П.П. Пекарский также сообщал, что Миллер «по современным отзывам не обладал сдержанностью и уступчивостью», что он «был человеком нрава крутого и самолюбивый, не терпел противоречий и никогда не спускал тем, кто, по его мнению, так или иначе унижал его звание академика», и полагал, что многие возражения против Миллера во время обсуждения его диссертации «можно объяснить отчасти его не совсем уживчивым нравом и язвительностью, доходившею в спорах до грубости». И Г.А. Князев говорил о его «резком», «вспыльчивом и неуживчивом характере» и что «своей запальчивостью он нажил себе много врагов и среди академиков и среди подчиненных, к которым Миллер был весьма взыскателен, требователен, суров и, вероятно, груб»[137]. Свой характер историограф проявил и при обсуждении диссертации. «Каких же не было шумов, браней и почти драк! - с усмешкой писал в 1764 г. о тех событиях Ломоносов. - Миллер заелся со всеми профессорами, многих ругал и бесчестил словесно и письменно, на иных замахивался в собрании палкою и бил ею по столу конференцскому. И наконец у президента в доме поступил весьма грубо, а пуще всего асессора Теплова в глаза бесчестил. После сего вскоре следственные профессорские собрания кончились, и Миллер штрафован понижением чина в адъюнкты»[138].
Глубоко заблуждается, вводя других в такое же заблуждение, А.В. Головнев, говоря, что «едва ли российская наука помнит иной пример столь тягостной защиты диссертации». Но не было, как это может воспринять читатель, защиты диссертации в современном понимании, а было, согласно академическим правилам, равным для всех - и для студентов, и для адъюнктов, и для академиков, ее обсуждение. Диссертацией в то время называлась как научная работа, так и посвященная какому-то важному событию или лицу торжественная речь. Так, будучи в Германии, студент Ломоносов в 1739 и 1741 гг. представил в Академию три диссертации («Физическая диссертация о различии смешанных тел, состоящем в сцеплении корпускул», «Рассуждение о катоптрико-диоптрическом зажигательном инструменте» и «Физико- химические размышления о соответствии серебра и ртути...»), т. е. статьи по физике и химии, которые были обсуждены на нескольких заседаниях Академического собрания (11 ноября 1741 г. Ломоносов от своего имени и «имени своих товарищей просил академиков подвергнуть их сочинения критике и дать об них отзыв, чтобы авторы "тем основательнее могли сделать улучшения в их содержании"»). Многочисленные диссертации и другие труды Ломоносова рассматривались на последнем и тогда, когда он был адъюнктом и профессором Академии (так только в декабре 1744 г. три диссертации - «О вольном движении воздуха, в рудниках примеченном», «Размышления о причине теплоты и холода» и «О действии растворителей на растворяемые тела» - были представлены им в Академическое собрание), причем некоторые из них отклонялись высоким собранием и отправлялись на доработку с последующим и таким же опять детальным обсуждением.