Канонические выборы преемника митрополита Алексия должны были состояться на Соборе всех архиереев автономной Церкви. В июне 1943 епископ Пантелеймон внес такое предложение германским ведомствам, однако оно не было принято из-за проводимой в РКУ политики децентрализации церковного управления. Были разрешены лишь выборы старшего иерарха в генерал-бецирке Волынь-Подолия на архиерейском совещании 6 епископов этого округа 6–7 июня 1943 г. в Ковеле. Остальным автономным архиереям генеральный комиссар запретил приезд на совещание. В присутствии его представителя тайным голосованием был избран архиеп. Дамаскин (Малюта). Все архиереи автономной Церкви единодушно отвергали ее раздробление на несколько частей по числу генерал-бецирков и в конце концов после долгой борьбы добились разрешения на проведение своего общего собора. Он должен был состояться в Киеве 19 сентября 1943 г., но наступление советских войск помешало его проведению. Однако известно, что в апреле 1944 г. после эвакуации в Варшаву владыка Пантелеймон (Рудык) все же был избран главой автономной Церкви с возведением в сан архиепископа[993].

После изгнания фашистов все автокефальные архиереи, кроме престарелого Феофила (Бундовского), ушли с ними на запад, а из 16 автономных епископов 7 остались со своей паствой, а восьмой вернулся из Германии после окончания войны. Позднее многие священнослужители были арестованы НКВД по подозрению в сотрудничестве с оккупантами, которое, как правило, выражалось только в том, что священники открывали храмы и совершали в них богослужения по разрешению немецких властей. Большая часть украинского духовенства в годы оккупации занимала патриотическую позицию. Так, в сводке СД от 5 декабря 1941 г. говорилось о связях автономной Церкви с советской агентурой. В ней приводился характерный факт: 7 ноября в Киеве под председательством митр. Алексия (Громадского) проводилось собрание с участием 40 священников, двое из которых были изобличены как советские агенты, у них нашли и воззвание митр. Сергия. Арестованных священников А. Вишнякова и П. Остринского расстреляли, а с остальных взяли подписку о неучастии во враждебной Германии работе. В донесении СД от 6 марта 1942 г. сообщалось о расстреле бургомистра г. Кременчуга за то, что он с помощью местного священника крестил евреев, давал им христианские имена и таким образом спасал от смерти. В Черкасской области за поимку свящ. Писаренко 16 ноября 1942 г. гебитскомиссаром было объявлено вознаграждение в 10 тыс. марок, но предателей не нашлось. А о. Никита из Житомирской области 29 апреля 1944 г. писал в Московскую Патриархию: «В 1942 году в нашем лесу открылась группа партизан, с которыми я взял тесную связь и помогал им чем только мог… когда в ноябре месяце 1943 года заняли наш район партизаны Маликовского соединения, я начал писать в Московскую Патриархию и даже послал 100 руб. денег на высылку мне какой-либо литературы или, хотя бы Русского календаря, и до сих пор ничего нет. Я стараюсь всеми силами помогать Красной Армии, отдаю весь доход, как хлебом, так и полотном и деньгами». Широко известен случай спасения инокинями из закарпатского женского монастыря в Домбоке 215 детей. Они были взяты монахинями из разбитого эшелона, направлявшегося в Германию, а потом 5 месяцев до подхода советской армии нелегально укрывались в обители и т. д.[994].

Подводя итог, можно сделать вывод, что в целом «религиозное возрождение» на Украине носило патриотический характер и протекало также бурно, как и в западных областях России. Всего за годы оккупации в республике было открыто не менее 5400 православных храмов. В отчетах Совета по делам Русской православной церкви указывалось, что на 1 июля 1945 г. на Украине имелось 6072 действующих храма, причем отмечалось, что 587 зданий уже изъяли у приходских общин местные власти, так как они до войны использовались как общественные учреждения (в это число не входят церкви, снятые с регистрации из-за отсутствия священнослужителей). Из получившейся цифры надо вычесть примерно 1300 храмов западных областей Украины, тогда останется около 5400. Подсчеты по отдельным областям также подтверждают эти данные. По документам известно (хотя эти сведения неполны), что в период оккупации было открыто: в Винницкой области 822 храма, Киевской — 798, Одесской — 600, Днепропетровской — 468, Ровенской — 470, Черниговской и Сумской — 410, Полтавской — 359, Житомирской — 400, Сталинской (Донецкой) — 222, Харьковской —155, Николаевской и Кировоградской — 420, Ворошиловградской —128, Херсонской — 80 и не менее 70 в Запорожской области[995].

Свои особенности имело положение Православной Церкви в юго-западной части Украины, оккупированной румынскими войсками и получившей название Транснистрия (Заднестровье). Согласно германско-румынскому соглашению в Вендорах от 30 августа 1941 г. область между реками Днестром и Бугом общей площадью 42 тыс. км² передавалась Румынии в качестве вознаграждения за ее участие в войне с СССР. В Транснистрию вошли левобережные районы Молдавии, Одесская область и часть территории Николаевской и Винницкой областей; из 2,2 млн жителей подавляющую часть (около 75 %) составляли украинцы и русские. Для церковного возрождения в «Заднестровье» имелись гораздо лучшие возможности, чем в германском рейхскомиссариате «Украина». Государственной религией в Румынии было православие, и организацию религиозной жизни на территории между Днестром и Бугом взяла на себя Румынская Церковь во главе с Патриархом Никодимом.

Уже в первом указе от 19 августа 1941 г., которым правительство маршала Антонеску регулировало отношения в Транснистрии, была отмечена необходимость открытия церквей. А в законе от 15 июня 1943 г. исповедание религии объявлялось свободным для всякого человека. Антонеску начал активно поддерживать Православную Церковь, рассчитывая использовать ее в качестве средства румынизации славянского населения, чтобы в будущем полностью включить новые области в румынское государство. С этой целью румынский язык вводился в качестве официального и обязательного для изучения в школах, на занятые земли направлялись переселенцы, а Православная Церковь Румынии рассматривалась как противовес русскому православию, считавшемуся «величайшей панславянской опасностью»[996].

Назначенный 19 августа в качестве румынского губернатора провинции профессор Г. Алексиану наградил немецкого капитана, который по своей инициативе открыл церковь в Тирасполе, а позднее лично возглавил пасхальный крестный ход 1942 г. в Одессе[997]. Военное духовенство и офицеры румынской армии также активно способствовали открытию храмов. Так, по свидетельству командира одного румынского горного полка, их полковой священник освятил на Украине около 200 православных храмов и окрестил свыше 4 тыс. детей[998].

Впрочем, значительная часть церквей в Транснистрии, как и на других украинских землях, была открыта самостоятельно местным населением и уцелевшими от репрессий священниками. Об этом, как и о румынской помощи, в частности говорится в сообщении полиции безопасности и СД от 1 октября 1941 г. В нем идет речь об округе г. Ананьева: «Непосредственно после вступления германских войск были снова открыты церкви и 2 имеющихся священника начали в трех сохранившихся храмах свою деятельность… До настоящего времени оба священника крестили в Ананьевском округе около 600 детей в возрасте до 8 лет… С румынской стороны уже проявлена забота, чтобы церкви в Транснистрии были снабжены необходимым церковным инвентарем из Румынии. Доставка этих предметов была ускоренно проведена по указанию префекта. Правда, общины должны оплачивать предоставленные им вещи»[999].