Венский университет начал подвергаться нападкам как в парламенте, так и в Нижне-Австрийском ландтаге со стороны клерикалов и антисемитов, которые подчеркивали церковное происхождение университета. Зюсс приводит характерный пример нетерпимости. В день столетия со дня рождения Марианны Виллемер, послужившей прообразом для Сулейки в известном сочинении Гете, профессор Шмидт хотел произнести в театре города Линц (Виллемер родилась в этом городе) речь, посвященную ее памяти. Наместник разрешил произнести речь только при условии, что Гете не будет прославляться как философ.

Церковные круги не были удовлетворены изуродованием школьного закона 1869 года. Они хотели полной отмены этого закона, осужденного папой Пием IX. В начале 1888 года ряд клерикальных депутатов во главе с князем Лихтенштейном внесли другой законопроект относительно школ. И в этом законопроекте обязательный срок обучения понижался с восьми до шести лет. Церкви предоставлялся надзор не только за преподаванием религии, но и за всей деятельностью школ. Частные школы приравнивались к государственным. Руководство теми и другими, а также частными педагогическими институтами и составление положений о них предоставлялось законодательству отдельных провинций. Все это ясно показывало намерение вытеснить государственную власть из школы, чтобы заменить ее церковной и провинциальной, на которую клерикалы имели существенное влияние.

Эти предложения вызвали возмущение во всех передовых слоях населения, особенно в Вене, где произошло большое собрание граждан, на котором бурно критиковали законопроект и осудили его как тяжкое покушение на жизненные интересы населения.

В университете, согласно установившемуся обычаю, старейшие профессора факультетов поочередно в течение года исполняли обязанности ректора. На 1888/89 учебный год Зюсс, как старейший член естественно-исторического отдела философского факультета, был единогласно избран ректором. Даже профессора теологического факультета подали голоса за Зюсса, хотя он был лютеранин.

В феврале Зюссу пришлось выступить в защиту ботанического сада университета, так как министерство финансов намеревалось построить рядом с садом высокое здание для государственной типографии, которое затенило бы оранжереи и часть сада с экзотическими насаждениями. Зюссу удалось не только предотвратить гибель ботанического сада, но и отвоевать верхнюю часть его, которая до тех пор предоставлялась лишь в пользование сада, составляя собственность императора. Эта верхняя часть была ценным участком для застройки.

Зюсс собирался также восстановить пользование гимнастическим залом, который пустовал из-за споров между студенческими корпорациями.

Но в марте ректорство неожиданно прервалось по политическим причинам. После речи министра народного просвещения о школьном законе Зюсс, имея в виду необходимость своего выступления против притязаний церкви и возобновление в связи с этим нападок клерикальной партии на университет, почел за благо сложить с себя звание ректора. Министр принял его отставку.

Рабочий кабинет Зюсса

Автограф Зюсса

В мае 1890 года Зюсс, как член комиссии по регулированию реки, участвовал в небольшой поездке на пароходе по Дунаю. В поездке приняли также участие наместник Нижней Австрии граф Кильмансегг и министр-президент граф Таафе. Последний был очень заинтересован вопросом о включении предместий в состав Вены, так как это могло повлечь за собой большие юридические и финансовые затруднения. Он воспользовался случаем, чтобы на досуге обсудить этот вопрос с Зюссом. С включением предместий тридцать поселений должны были войти в состав Вены и, кроме того, земли восемнадцати общин прорезались новой границей города. Каждое из этих тридцати поселений имело самостоятельное хозяйство. Одни вели его хорошо, другие плохо, одни имели средства, другие были в долгах. Некоторые имели долголетние договоры с английским газовым обществом. Все желали получить водопровод, городскую железную дорогу. Увеличение расходов города требовало повышения городских налогов, падавших главным образом на здания и предприятия граждан, живущих в старой городской черте. Это вызвало их сопротивление. Но в интересах дальнейшего развития Вены, ее благоустройства и санитарного состояния включение предместий становилось государственной необходимостью.

Граф Таафе боялся предстоящих трудностей, указывая на многолюдность предместий при слабой налогоспособности их населения. Зюсс возражал ему, отмечая, что эти противоречия с течением времени будут возрастать и включение окажется еще более трудным. Разговор продолжался с перерывами целый день, и граф Таафе неоднократно обращался к Зюссу, как знатоку городских дел, и задавал ему различные вопросы.

Прощаясь с Зюссом, он сказал ему: «Мне кажется, что вы совсем не профессор». Зюсс принял эту оценку с большим удовлетворением: обычно слово «профессор» обозначало «чистого теоретика», оторванного от жизни и не способного к практическим делам. За Зюссом признавались качества человека, хорошо осведомленного в практических вопросах.

После этой поездки Зюсс поместил в газете «Neue Freie Presse» статью о включении предместий в состав Вены.

Ясно, что беседа Зюсса с Таафе о благоустройстве Вены и статья в газете оказали большое влияние на буржуазные интеллигентские круги и ускорили принятие решения. Через месяц разработанное в деталях дело поступило в городскую думу. Зюсс уже не был в ее составе, так как после избрания в ректоры сложил свои полномочия из-за недостатка времени. В думе проект встретил ожесточенное сопротивление. Противники старались опорочить анкету, проведенную в предместьях. Они говорили, что все дело затеяно в интересах английского газового общества, что налоги в предместьях будут повышены, а чиновники потеряют пассивное избирательное право.

Получив в конце концов одобрение думы, дело перешло в Нижне-Австрийский ландтаг, где борьба продолжалась всю осень. Только в декабре предложение было утверждено и получило санкцию императора.

Население Вены теперь превысило миллион.

В начале 1891 года, при смене министерства, парламент был распущен. Были назначены новые выборы, которые проходили под знаком антисемитизма в условиях неслыханного террора и ухищрений со стороны христианско-социалистической партии, об'единившей высокое дворянство, духовенство и мелкобуржуазные элементы. Подделка избирательных карточек, срыв собраний избирателей группами наемных хулиганов были обычным явлением. В распоряжение брата Зюсса, бывшего также кандидатом одного округа, предлагали двадцать человек за плату в полтора флорина и за угощение пивом, чтобы сорвать любое собрание, если это ему понадобится.

В этом парламенте Зюссу, как уже отмечено, пришлось продолжать борьбу против изменения школьных законов в угоду клерикалам. Граф Таафе тщетно пытался составить в парламенте большинство, которое постоянно поддерживало бы его политику, и попрежнему лавировал между партиями.

В Австрии к этому времени сильно вырос рабочий класс. Он был уже организован и имел свою социал-демократическую партию. Летом 1893 года в Вене произошла большая, стройно организованная демонстрация рабочих в пользу всеобщего избирательного права. В эти годы Зюсс как генеральный секретарь, а затем вице-президент Академии наук был занят организацией крупного научного предприятия — экспедиции на специально приспособленном корабле «Пола» для изучения восточной части Средиземного моря. В программе работ были промеры глубин, физические и химические исследования водной толщи, изучение флоры и фауны. Ряд крупных специалистов принял непосредственное участие в работах, продолжавшихся четыре лета в Средиземном и два лета в Красном море. Зюсс участвовал в первом пробном рейсе судна, которым руководил князь Альберт Монакский, основатель океанографического института в своем княжестве и организатор производившихся институтом глубоководных исследований. Он приехал на «Полу» со своими сотрудниками, чтобы ознакомить участников экспедиции с приемами исследований.