Ознакомившись с положением дела, Зюсс пришел к выводу, что директора должны гораздо больше влиять на ход преподавания и отвечать за его успехи, что испытания на аттестат зрелости необходимы для равномерности преподавания во всех школах, что немецкой литературе, согласно требованиям времени, надо уделять больше внимания и преподавание географии следует улучшить.

Зюсс скоро убедился, что интересная и значительная деятельность инспектора все же мало соответствует его наклонностям, и осенью вернулся к своей профессуре в университете. После смерти депутата Зелинки на его место 23 августа 1869 года почти единогласно был избран Зюсс.

Кроме постройки водопровода Зюсс был занят вопросом о регулировании Дуная. Ежегодно, во время весеннего половодья, Вена подвергалась более или менее значительному наводнению. Кварталы Бригеттенау, Россау, Эрдберг, Шюттель и др., населенные исключительно беднотой и расположенные на низменном берегу реки, затоплялись иногда до уровня вторых этажей. Люди спасались на чердаки и крыши, а часть их жалкого имущества уносилась водой. После спада воды им приходилось возвращаться в свои жилища, которые, едва просохнув за лето, нередко опять намокали на всю зиму во время под'ема воды после осенних дождей. Особенно остро стал вопрос после весеннего наводнения в 1862 году, во время которого была затоплена вся низменная часть Вены. Зюсс жил в это время на улице Пратер и видел, как вслед за убегавшими прохожими широкими волнами вливалась в улицы вода вздувшейся реки.

Вопрос о борьбе с наводнениями был наконец-то поставлен на обсуждение в городской думе.

Отстаивая на заседании думы проект спрямления Дуная, Зюсс картинно обрисовал перед собранием ежегодные бедствия многих тысяч граждан. Он говорил также и о последствиях этих наводнений, о болезнях, быстро развивавшихся в сырых помещениях, об ухудшении санитарного состояния всего города, что вызывает лишние расходы со стороны городского управления. Члены думы хорошо понимали, что плохое санитарное состояние бедных кварталов города угрожало также и владельцам богатых особняков и квартир: инфекционные болезни проникают и за дубовые двери буржуа и важных чиновников. Зюсс, познакомившийся незадолго до этого заседания с работами на Суэцком канале, в заключение своей речи воскликнул: «Тот, кто слышал скрежет землечерпалок, кто пережил волнения ночных защитительных работ на плотинах и моменты триумфа при успехе дела, об'единяющего всех участников труда — от высших руководителей до землекопа, — тот сделается на всю жизнь горячим защитником подобных предприятий, обуздывающих грозные силы природы на благо человека». Зюссу удалось в конце концов склонить большинство думы на свою сторону. Оставалось выбрать наиболее целесообразный проект.

Выше Вены Дунай выходит из горной долины на равнину и делится на рукава. Главное русло описывает громадную дугу к северу. Вдоль высот правого берега, на которых находится крепость, тянется узкий рукав, называемый каналом. В промежутке между ним и дугой, среда заболоченных лугов, расположены большой извилистый рукав Кайзервассер и много мелких каналов. Город, постепенно разрастаясь, захватил эту равнину между рукавами, через которые построили деревянные мосты. Во время половодий значительную часть города затопляло, а мосты сносило. Уже с 1811 года возникали проекты регулирования Дуная, сведения его рукавов в одно русло и постройки постоянного моста. После наводнения 1862 года вопрос снова стал на очередь. Но прошло семь лет, пока государство, провинция Нижней Австрии и Вена сговорились учредить комиссию, которая должна была рассмотреть существующие проекты. В состав комиссии вошел и Зюсс как представитель Леопольдштадта — части Вены, наиболее страдавшей от наводнений.

Приходилось выбирать между двумя основными проектами. Первый предлагал сохранить главное дугообразное русло Дуная, подняв и укрепив его берега и уничтожив мелкие рукава. Второй намечал прорытие нового прямого русла длиной в 7 километров. Бургомистр стоял за второй проект. Пригласили иностранных специалистов, и ко времени учреждения комиссии они высказались также в пользу второго проекта. Правительство собиралось отдать все предприятие в руки частной компании, опасаясь, что при современном состоянии финансов расходы будут непосильны. После долгих дискуссий комиссия отвергла передачу дела компании и решила, что расходы лягут в равных частях на государство, провинцию и город. Но проекты все еще возбуждали споры: из иностранцев два высказались за первый проект и два за второй; из отечественных специалистов — три за второй и два за первый. Председатель комиссии и руководитель работ инженер Векс отстаивал второй проект — спрямление русла, но он не скрывал от Зюсса своих сомнений и опасений. Длина дуги Дуная, подлежавшей спрямлению, равнялась 14 километрам, падение реки на этом протяжении — 5,53 метра. Такая быстрая река всегда имеет склонность к «одичанию» — к размыву берегов и разделению на рукава. Она переносит не только песок и ил, но по поверхности дна передвигает гальку и валуны — в тихую ночь слышно шуршанье перемещающихся камней. Там, где сталкиваются струи течения, а также на выпуклой стороне изгибов, галька выдвигается выше уровня низкой воды — мелководья. Здесь почва зарастает травой и кустами. В половодье вода несет много песка и ила, которые задерживаются этой растительностью и осаждаются в местах столкновения струй. Так образуются острова, состоящие выше среднего уровня реки из песка и ила, а ниже его — из гальки.

Согласно первоначальному проекту, канал нового прямого русла Дуная должен иметь три метра глубины, считая от среднего уровня реки, и 300–360 метров ширины. Такую ширину предполагали дать только на протяжении первых 1440 метров, затем устроить воронкообразное сужение и в остальной части дать только 126 метров ширины и 1,8 метра глубины, рассчитывая, что быстрая река сама расширит и углубит новое русло. Но комиссия пришла к убеждению, что река не выполнит эту работу и частью останется в старом русле, частью же одичает, то-есть пророет новые рукава ниже места сужения и станет непроходимой для судоходства. Кроме того при этом необходимо было перегородить хотя бы часть старого русла, что создавало опасность наводнений в половодье в связи с задержкой свободного стока. Таким образом, первоначальный проект пришлось отвергнуть и установить, что такую реку, как Дунай, можно обуздать, только предоставив ей готовое новое русло одинаковой ширины и глубины на всем протяжении. Но это увеличивало об'ем земляных работ вдвое — вместо 6,2 млн. куб. метров приходилось вынуть 12,7 млн., и стоимость выемки каждого лишнего кубометра становилась жизненным вопросом всего предприятия.

Этот вопрос и встал перед Зюссом, когда он вернулся к профессуре после инспекции школ. Он указывает, что за все время постройки водопровода не было таких волнующих в техническом отношении задач, как в этом случае, когда мнения специалистов были противоречивы, а первоначальный проект пришлось отвергнуть. Руководитель Векс стал на его сторону. Пришлось решиться не только на более крупную выемку, но и на приобретение более значительной площади для отвалов вынутых масс земли, что компенсировалось получением новых участков, пригодных для застройки. Некоторое облегчение получилось благодаря решению комиссии уменьшить ширину канала до 270 метров за счет увеличения его глубины в интересах судоходства, но все же задача оставалась огромной.

Установив об'ем работ, комиссия сделала вызов подрядчиков по земляным работам. Сравнительно выгодное предложение сделали четыре инженера, строители Суэцкого канала. Работы на канале закончились, и в их распоряжении были землечерпалки и все техническое оборудование. Вместо исчисленных комиссией 7,3 миллиона флоринов они предложили выполнить работу за 6,8 миллиона.

В половине ноября праздновалось торжественное открытие Суэцкого канала, на которое были приглашены гости из всех государств Европы. Инженер Векс и Зюсс также получили приглашение и воспользовались им, чтобы осмотреть земляные работы. Их особенно интересовало следующее обстоятельство. На Суэцком перешейке расположены горькие озера, уровень которых, вследствие сильного испарения воды в жарком климате, значительно ниже уровня воды в Средиземном море. Эти озера входили в систему канала, и заполнение их водой из моря после прорытия канала вызвало большие затруднения, так как в канале вода приобретала слишком быстрое течение. Предохранительные плотины, сооруженные у входа и стоившие миллион франков, не выдержали, и пришлось предоставить воде свободное течение. После заполнения озер размытые берега канала потребовали ремонта. Это надо было учесть строителям Дунайского канала, когда вода из реки будет пущена в новое русло.