Романовы посовещались и решили, что вместе с родителями поедет Мария, а другие дочери останутся с больным Алексеем до его выздоровления, а потом тоже уедут из Тобольска. Так позднее и случилось. И это был второй шаг Николая к гибели.
Впрочем, не только семья Николая была отправлена на Урал. Туда же были привезены из Петрограда и Великие князья Романовы с семьями — Сергей Михайлович, Иоанн Константинович, Константин Константинович, Владимир Павлович Палей (сын Великого князя Павла Александровича от морганического брака, не имевший никаких прав на престол и не замешанный в политической борьбе), из Вятки — Игорь Константинович. В Петрограде остался лишь тяжело больной туберкулезом Великий князь Гавриил Константинович, дни которого и так были сочтены. А в Перми уже находился Великий князь Михаил Александрович. Таким образом, в середине мая в Екатеринбурге оказались почти все сосланные на Урал Романовы. Однако это было чревато большими неприятностями для властей, потому Великие князья, несмотря на протест, были перевезены в Алапаевск 18 мая 1918 года, где их поселили в так называемой Напольной школе. Сначала им была предоставлена свобода — они гуляли в поле, по городу. Но в это время из Перми сообщили, что сбежал князь Михаил — не будь побега, может быть, не последовали бы и дальнейшие трагические события. Но побег был совершен, и всех «алапаевцев» 21 июня перевели на тюремный режим: отменены прогулки, питание ухудшилось, отношение со стороны стражи стало грубым и резким. Правда, разрешили уехать в Екатеринбург двум монахиням, состоявшим при Елизавете Федоровне, которая приняла постриг после смерти мужа Сергея Александровича, а также супруге Иоанна Константиновича, Елене Петровне, к детям.
Романовы прекрасно понимали, что надвигается развязка, возможно, трагическая. Поэтому 21 июня князь Константин отправил в Петроград за своей подписью телеграмму: «Ухтомскому. Петроград. Сергиевская, 60. Переведены (на) тюремный режим (и) солдатский паек. Не пишите». Узнал об этом Ухтомский или нет — неизвестно, потому что телеграмма была перехвачена чекистами.
А между тем обстановка в стране все более обострялась, все ближе и ближе к Екатеринбургу подступал корпус восставших белочехов, которых по инициативе Льва Троцкого направили на родину почему-то не сразу на запад, а кружным путем через Сибирь.
Корпус был сформирован в конце 1916 года из пленных чехов и словаков бывшей австро-венгерской армии, изъявивших желание принимать дальнейшее участие в военных действиях против Германии на стороне Антанты, следовательно, не воевать с Россией. В январе 1918 года между Россией и Францией было заключено соглашение, что корпус, который признавал себя войсками французской армии, проследует вдоль Транссибирской магистрали до Владивостока и морем отправится в Европу. Чем было продиктовано согласие России на такое мероприятие — непонятно, ведь шестьдесят три эшелона, в которых находилось 45 тысяч хорошо вооруженных и обученных солдат, растянулись на протяжении семи тысяч километров (практически по всей стране), и люди эти были опасны. Но чехи следовали к месту назначения вполне мирно и спокойно, пока Троцкий (настоящая фамилия Бронштейн) не отдал приказ местным советам крупных городов — Пензы, Златоуста, Челябинска, Мариинска, Владивостока, где скопились эшелоны — разоружить корпус. Естественно, командование корпуса не подчинилось, тем более что среди солдат ходили слухи — их хотят передать в плен Австро-Венгрии и Германии, и потому было принято решение примкнуть к белогвардейским войскам. И это в самый разгар Гражданской войны!..
Восставшие белочехи — реальная угроза освобождения семьи Романовых, которая могла стать знаменем белогвардейского движения, потому и было решено казнить царскую семью, не дожидаясь суда.
Однако часто случается, что решение вышестоящих лиц подчинённые выполняют не просто с особым рвением, а «творчески». Причём право повелевать иных настолько высоко поднимает собственное «я» в собственных же глазах, что не могут они отказать себе в удовольствии поиздеваться над теми, перед кем в свое время раболепствовали. Видимо, поэтому 17 июля всех оставшихся под стражей «алапаевцев» не расстреляли, а повезли на подводах к шахтам, которые находились в одиннадцати верстах от Алапаевска, и там, избив, живыми побросали в глубокий шурф. Такой мученической кары избежал только Сергей Михайлович, которого убили при сопротивлении выстрелом в голову. Все было представлено в печати как похищение князей неизвестной бандой. И это выглядит скорее оправданием перед вышестоящими руководителями, чем желанием создать общественное мнение об исчезновении пленников, тем более что никаких попыток найти «неизвестную банду» не было.
Однако все открылось в октябре, когда трупы погибших подняли из шахты, видимо, тайна места казни Великих князей не так уж строго и соблюдалась. Экспертами-криминалистами было установлено, что некоторые из них жили еще двое-трое суток, и Елизавета Федоровна оказывала им посильную помощь.
19 октября в Алапаевске состоялись похороны останков Великих князей. А 1 июля 1919 года белогвардейцы при отступлении гробы с телами «алапаевских узников» вывезли в Читу, оттуда — в склеп Храма св. Серафима Саровского при Русской миссии в Пекине. Гробы с телами Елизаветы Федоровны и ее крестовой сестры Варвары, спутницы княгини до самого смертного часа, переправили в Иерусалим в церковь Марии Магдалины. Обе 4 апреля 1992 года канонизированы Архиерейским собором русской Православной церкви: так было оценено мужество этих женщин.
Путь Николая II и его семьи к смертной черте был не так четко известен в то время, как путь «алапаевцев», впрочем, это никого тогда и не интересовало. И лишь спустя десятилетия после развала Советского Союза проблема эта встанет перед потомками в полный рост, и начнутся поиски места захоронения и уточнения даты расстрела — 17 июля — последних из царствующей династии Романовых.
Долгое время не было известно точно место их захоронения, останки Романовых неоднократно «находили» в различных местах, видимо, таким способом кто-то желал создать себе славу. Наконец, выбор после долгих архивных изысканий и следственных действий пал на одно место. Найденные останки долгое время исследовались знаменитыми учеными и криминалистами, пока не было установлено, что в могиле именно останки царской семьи. Найденный прах идентифицировался с генетическим кодом заграничных ветвей царского рода Романовых, но прах Анастасии и Алексея в общей могиле не обнаружен, потому долго не утихали споры о том, живы или нет царевна Анастасия и царевич Алексей. Но вероятность, что они остались в живых, была столь мала, потому что казнь царской семьи совершалась в одном месте и в одно время, что опять возникли сомнения: «А в самом ли деле найдены останки царской семьи?»
Царственный прах будет перезахоронен 17 июля 1998 года в царской усыпальнице Петропавловского собора в Санкт-Петербурге (так вновь стал называться город, который дважды менял свое имя — Петроград и Ленинград). Но все-таки у многих россиян осталось сомнение: а царские ли это останки, потому что много несоответствий обнаружилось в следственных материалах того времени с материалами, предшествующими захоронению, и «Запиской Юровского», который руководил казнью Николая II и его семьи. И вновь имя Николая II начнёт мелькать на газетных страницах, но уже по-иному: великомученник, жертва обстоятельств и злодеев-большевиков, и никто не вспомнит его прозвище — Кровавый, и то, что страной накануне Первой мировой войны и последующих потом революций 1917 года — буржуазной Февральской и пролетарской Октябрьской — практически правила экзальтированная нервная царица Александра Федоровна и Григорий Распутин, «святой старец», а в молодости — конокрад. Но в конце девяностых годов XX века был важен не столько принцип точности, сколько нужен новый предмет поклонения и еще одно обвинение большевиков в зверстве, поэтому дальнейшие поиски прекратили, и всему миру было твёрдо заявлено: «Это останки казнённой царской семьи!»