Оптимальным для развития составляющих народ личностей Бехтерев считал самоуправляемое общество, в котором «может быть только одна опека — это общественная критика и общественный же контроль над различными отраслями управления, которые именно и вводят личность в здоровые условия социальной деятельности. Общественное самоуправление и правильно организованное представительство являются поэтому, — говорил докладчик, — той жизненной ареной, где личность совершенствуется в своем окончательном развитии и где это развитие достигает своей наибольшей высоты… При условиях самоуправления на началах представительства имеется широкий простор для деятельности наиболее талантливых и способных личностей, которых выдвигает вперед сама жизнь».

Сложившуюся к тому времени в стране ситуацию Бехтерев оценивал так: «…Лишь помалу из-под тяжелого гнета развиваются, несмотря на удушающую атмосферу и отсутствие света, молодые зеленые побеги общественного самосознания и живой мысли. Они-то и служат первым вестником новой зари, приводящей к единению общественных сил и к жажде общественного правопорядка. Мало-помалу сумрак ночи просветляется, долго стоящий туман рассеивается и чуется дыхание жизни там, где царствовал глубокий, безмятежный сон. Быстро и верно вместе с утренней зарей врывается свежая струя в удушливую атмосферу и начинает слышаться дыхание чистого, оживляющего воздуха, — предвестника общего пробуждения к жизни».

Борьбу за свободу личности Бехтерев называл «в то же время и борьбой за правильное и здоровое ее развитие», а права личности рассматривал как показатель возможности ее развития. «Уважение личности человека, — говорил оратор, — какого бы происхождения он ни был, признание его прав выше всяких иных является первым и основным условием всякой гражданственности. Всякие ограничения, как, например, сословные, вероисповедные и прочие искусственно насаждаемые, оставшиеся до наших дней в виде жалкого пережитка от времен древнего рабства, должны быть отброшены как естественные тормозы прогрессирования развития личности… Девиз свободы, — заявил Бехтерев, — неразрывно соединяется с девизом равенства и братства».

Гражданские и политические свободы личности Бехтерев рассматривал как «краеугольный камень и основное условие жизнеспособности современного государства. Права личности и законность, гарантирующая свободное пользование этими правами, — вот те устои современной гражданственности, которые одни дают правильные основы для нормального роста личности и для свободного развития всех присущих ей качеств».

В заключение речи Бехтерев еще раз подчеркнул, что при существующем монархическом строе личность русского человека «систематически угнетается в семье, в школе, которая опутывается повсюду рутиной и которая задыхается в тисках формализма и бесправия, как в душной тюремной келье, лишенной света и воздуха», и, высказав надежду на светлое будущее народа, повторил от имени его слова великого поэта:

Громом аплодисментов приветствовали делегаты и гости съезда речь лидера отечественной невропатологии и психиатрии. Особенно восторженно реагировала галерка, занятая студентами. Все встали. То в одном, то в другом конце зала раздавались противоправительственные лозунги.

Вечером того же дня разгневанный губернатор грозился закрыть съезд. То ли его отговорил от этого шага Сикорский, то ли сам он не решился на закрытие всероссийского форума врачей, но съезд работу в последующие дни продолжил. И с его трибуны, как бы поддерживая заданную Бехтеревым тональность, ораторы еще не раз критиковали существующие в стране порядки и призывали активно бороться за демократизацию государственного строя, за социальные преобразования, которые могли бы обеспечить улучшение условий жизни русского народа.

Речь Бехтерева имела большой резонанс. Многие газеты опубликовали ее изложение. Для многих даже близко знавших Бехтерева людей прямолинейно антиправительственная направленность речи оказалась неожиданностью. Многие сотрудники, коллеги и особенно студенты горячо приветствовали возвратившегося из Киева Бехтерева. Сторонники же существующего режима сочли его речь выпадом, недостойным академика и генерала, занимающего столь высокое положение в Военно-медицинской академии и в государственных органах. Некоторые реакционные газеты пытались дискредитировать маститого ученого в глазах общественности. Автор одного из таких пасквилей утверждал, что Бехтерев, пользуясь своим лидирующим положением в Петербургском обществе психиатров, является единоличным автором принятых этим обществом за последние месяцы демократических резолюций и что он вынуждал голосовать за них членов общества. 2 октября эта статья по настоянию Бехтерева обсуждалась на очередном заседании общества. Сам Бехтерев на это заседание намеренно не явился. Председательствовал приват-доцент Розенбах. Большинством членов общества статья была осуждена как клеветническая.

Настроение столичных психиатров и невропатологов отражали и материалы проведенного на том же заседании общества суда чести над врачом Кронштадтского госпиталя Филипповым, признавшим в процессе психической экспертизы «злостным симулянтом, требующим наказания» матроса с восставшего броненосца «Потемкин». Филиппов пытался доказать, что он дал лишь медицинское заключение, не вникая в последствия своего поступка, потом оправдывал свое недоброжелательное отношение к восставшим матросам гибелью своего близкого родственника в Цусимском сражении. Общество признало тем не менее поступок психиатра Филиппова недостойным и с гуманной миссией врача несовместимым.

В октябре 1905 года скоропостижно скончался начальник Военно-медицинской академии профессор Таренецкий, и Конференцией академии на этот пост был выдвинут Бехтерев. Таким образом, в период кульминации первой русской революции на Бехтерева легли обязанности начальника академии наряду с руководством кафедрой и клиникой душевных и нервных болезней. Через несколько дней после того, как Бехтерев возглавил академию, студенты на массовой сходке решили прекратить занятия и принять участие в охватившей столицу всеобщей забастовке. Военно-медицинская академия, таким образом, стала одним из активных очагов революционного движения. По распоряжению градоначальника главное здание академии заняли воинские и полицейские части. По настоятельному требованию Бехтерева «свободным от постоя», кроме клиник, осталось лишь студенческое общежитие, куда он перевел канцелярию академии. Сам Бехтерев бывал в общежитии ежедневно, подолгу беседовал со студентами на различные, в том числе на общественно-политические темы и таким образом знал их отношение к событиям, потрясающим Петербург и всю Россию, знал, какое участие в этих событиях принимали и сами питомцы академии. Обо всем этом докладывали Бехтереву и призванные следить за благонадежностью студентов ретивые штаб-офицеры, однако с фискалами он держался недружелюбно, считая, что активное участие студентов в революционных событиях вполне естественно.

Как вспоминал позже Бехтерев, сам он был к тому времени активным противником царского режима, но считал, что борьба с ним не должна сопровождаться кровопролитием. Возглавляя академию, он делал все возможное, чтобы не допустить столкновений между студентами и войсками на территории академии. И, надо сказать, это ему удалось.

После опубликования манифеста 17 октября Бехтерев возбудил ходатайство о восстановлении в Военно-медицинскую академию всех студентов, исключенных из нее в период революционных событий 1904–1905 годов. В ноябре того же года большая группа студентов была восстановлена в правах. Однако уже в январе 1906 года военный министр назначил следственную комиссию по рассмотрению деятельности студентов в период революции. Тогда же Бехтерев заявил об отказе от занимаемого им временно поста начальника академии, хотя власти проявляли склонность утвердить его в этой должности. Свой добровольный уход сам Владимир Михайлович впоследствии объяснял «чрезвычайным бюрократизмом всего управленческого аппарата академии». Возможно, что к такому решению его привело нежелание связывать себе руки, а также намеченные им ранее жизненные планы. Он собирался еще многое сделать для неврологии, надеясь, что ее развитие сможет содействовать улучшению межчеловеческих отношений и приблизить торжество принципа справедливости в отношениях между людьми.