В ноябре 1900 года книга Бехтерева вошла в число выдвинутых на премию имени Бэра Российской Академии наук. На эту же премию была представлена и серия работ И. П. Павлова по физиологии пищеварительных желез. Комиссии, возглавляемой крупным патологом академиком Ф. В. Овсянниковым, трудно было отдать предпочтение тому или другому соискателю, и она вынесла такое решение: «Академия наук, признавая, что труды профессоров В. М. Бехтерева и И. П. Павлова одинаково заслуживают полную премию академика Бэра, положила согласно §8 Правил об этих наградах, соединить обе премии — полную в 1000 р. и половинную в 500 р. — и разделить сумму в 1500 р. между обоими авторами и выдать каждому по 750 р.». 29 декабря на торжественном заседании Академии наук двум замечательным ученым вручили присужденную им награду.
В 1894 году Бехтерев получил первый генеральский чин. В конце ноября того же года он был назначен «совещательным членом» Медицинского совета министерства внутренних дел, а в 1895 году — «совещательным членом» Военно-медицинского ученого совета при военном министре. Тогда же его включили в состав совета Дома призрения душевнобольных, учрежденного императором Александром III. Почти одновременно он получил извещение об избрании почетным членом Бельгийского и Нидерландского психоневрологических обществ и соответствующие дипломы. 15 мая 1899 года Бехтереву присудили почетное звание академика Военно-медицинской академии (с этого времени в печати его обыкновенно именовали академиком; встречая такое название, необходимо помнить, что в число членов Императорской, а позже Российской Академии наук он никогда не входил). Список почетных отличий щедрого на почести года дополнил диплом члена-корреспондента французского общества невропатологов.
Но награды соседствовали с заботами. Еще в 1894 году Бехтерев предложил пересмотреть положение о клинике душевных и нервных болезней Военно-медицинской академии. Четыре года спустя, к 100-летнему юбилею академии, проект Бехтерева был утвержден. Новое положение объединяло в единое лечебное учреждение клиники душевных и нервных болезней и подчиняло его начальнику академии. Улучшалось финансовое положение клиники, увеличивались права ее директора. Обновленная клиника превратилась в лечебный, научный и учебный центр, хорошо приспособленный для изучения и лечения неврологических и душевных больных, для преподавания нервных болезней и психиатрии, для ведения интенсивных научных исследований.
Созданную Мержеевским анатомо-физиологическую лабораторию Бехтерев разделил на лаборатории морфологическую и физиологическую и, кроме того, организовал лабораторию психологических и психометрических исследований, названную позже лабораторией объективной психологии. В дальнейшем для изучения изменений обмена веществ при различных заболеваниях им была организована лаборатория клинической химии.
Возглавляемая Бехтеревым клиника наряду с клиниками Московского университета стала крупнейшим в России центром по подготовке квалифицированных кадров невропатологов и психиатров. Число прикомандированных к ней врачей военных и гражданских ведомств постоянно возрастало. Так, к примеру, только в одном, 1897/98 учебном году в клинике Бехтерева, помимо штатных сотрудников, работали выпускники Военно-медицинской академии, оставленные в институте усовершенствования при ней для подготовки к преподавательской деятельности В. П. Осипов, А. В. Гервер, M. H. Жуковский, А. И. Карпинский, А. Ф. Лазурский. От главного Военно-медицинского управления в клинике проходили стажировку врачи Текутьев, Трапезников, Иванов, Ларионов, Цитович, Мащенко, Мирский, Тонков; от гражданских ведомств — Бориншольский, Бруштейн, Сущинекий, Бари, Гольцингер, Левченко, Топорков, Наишевский, Тривус, Резников, Шипов, Гизе, Вирсаладзе. Кроме того, в клинике активно занимались лечебной и научно-исследовательской работой студенты академии Грибоедов, Рейц и другие. Большинство из перечисленных врачей и студентов, получавших подготовку под руководством Бехтерева, впоследствии стали профессорами, заведующими кафедрами, внесшими немалый вклад в развитие невропатологии, психиатрии и психологии.
Сам Бехтерев работал, как скажет потом один из его ближайших сотрудников, П. А. Останков, «упорствуя, волнуясь и спеша». Он заражал окружающих своим энтузиазмом, вовлекал их в интересную исследовательскую деятельность. Даже в часы отдыха, во время прогулок в большом саду клиники Бехтерев, его сотрудники и ученики вели обычао беседы на профессиональные темы. Бехтерев, случалось, кого-то критиковал, с кем-то делился новой идеей, кому-то давал задание. «Помилуйте, — говорили о нем прикомандированные врачи, — нельзя с ним ни пройтись, ни проехаться — обязательно даст 2–3 темы или 2–3 поручения, да еще срочных». При этом, вспоминал Останков, он не подавлял инициативу младших коллег, всегда поощрял их работу по «своей» теме», с которой врачи приходили в клинику, а в ходе дискуссий умел выслушивать любые мнения. Иногда он их оспаривал, но никогда не злоупотреблял своим авторитетом и был чужд мелочности и злопамятности.
С ним работалось легко и свободно. Своим подопечным он старался помогать во всем: заботился об организации рабочего места, об обеспечении исследователя нужной ему аппаратурой, экспериментальными животными и т. п. При необходимости помогал и деньгами. Если возникала потребность овладеть новой методикой, разработанной лишь в зарубежной клинике, или приобрести за границей новое оборудование, требующееся для научной работы, Бехтерев направлял сотрудников в заграничную командировку. При этом оформление командировки проходило быстро. Как говорил Останков, «накануне решили, вечером — в берлинском поезде».
Для того чтобы сплотить большой врачебный коллектив своих клиник, сделать работу каждого достоянием всех, Бехтерев, несмотря на существование возглавляемого тогда профессором Мержеевским Петербургского общества психиатров, организовал еще одно. Называлось оно — «Научные собрания врачей клиники душевных и нервных болезней Военно-медицинской академии». 21 сентября 1895 года на первом собрании врачей клиники Бехтерев говорил: «При настоящем положении вещей, несмотря на большое количество лиц, занимающихся в нашей клинике, научное общение между ними если и существует, то все же как бы случайно, и часто бывает, что лица, работающие над тем или другим предметом в лабораториях или кабинетах клиники, не знают, над чем работает их сосед и какие научные интересы его занимают. Это почти обычный порядок вещей во всех больших лабораториях и научных учреждениях, который, однако, вовсе не заслуживает похвалы, если принять во внимание, как много поможет преуспеванию научного дела тот обмен мнений, который полезен и желателен не только для молодых научных работников, но и для лиц более опытных». В этом же выступлении Бехтерев призывал к коллективизму в работе, к взаимопомощи словом и делом и особо подчеркивал необходимость уважать мнение каждого своего коллеги, независимо от его служебного положения, возраста и звания.
С 1896 года в Петербурге по инициативе Бехтерева и под его редакцией стал издаваться журнал «Обозрение психиатрии, неврологии, экспериментальной психологии и гипнотизма». С 1897 года регулярно выпускались «Отчеты научных собраний врачей С.-Петербургской клиники душевных и нервных болезней», также редактируемые Бехтеревым.
Трудоспособность Бехтерева была поразительной. В период с 1894 по 1905 год ежегодно выходило в свет от 14 до 24 научных работ. При этом следует иметь в виду, что Бехтерев никогда не ставил свою подпись под работой, написанной кем-либо другим. Все, что издано под его фамилией, написано его собственной рукой. Выполняя массу обязанностей, Бехтерев сам и с помощью своих сотрудников постоянно занимался экспериментальной работой, а также обследованием и лечением больных.
В процессе обследования каждого больного Бехтерев проявлял исключительную наблюдательность. Это давало ему возможность отмечать у больных никем не описанные ранее признаки (симптомы), многие из которых в специальной литературе стали называться его именем. Их выявление способствовало определению различных форм патологии нервной системы. Для объективизации данных обследования больных Бехтерев сконструировал и применил на практике множество приборов: болемер (альгезиметр) — для определения болевой чувствительности, трихестезиметр — для определения так, называемой волосковой чувствительности, барестезиметр — для проверки чувства давления, сейсмометр — для выявления нарушений вибрационной чувствительности, миоэс-гезиметр — для изучения болевой чувствительности при сдавливании мышц. Для исследования проводимости звука через кости черепа по замыслу Бехтерева его сотрудники Жуков и Добротворский разработали специальный прибор — остеоакузометр, представляющий собой камертон, непрерывность и равномерность звучания которого обеспечивались миниатюрным электромотором, подключенным к гальванической батарее.
