Не оставалось без внимания и внешнее оформление помещений. В палатах и комнатах для больных появились выращенные ими самими цветы. Цветочные клумбы украшали и вход в клинику. Летом на ферме устраивались пикники для больных. Им подавались фрукты, чай, всевозможные лакомства. Со временем на ферме появились и различные аттракционы — качели, «гигантские шаги» и т. п. Подлинным праздником для больных становились катания на лошадях — и летом и зимой. Небольшой пруд на ферме зимой превращался в каток, где желавшие могли покататься на уже входивших в ту пору коньках. И год от года увеличивалось число книг в библиотеке.
Вовлечение больных в работу, организация для них активного отдыха разительно меняли обстановку в клинике: больные освобождались от мучительных часов томительного безделья, их настроение стало гораздо лучше, а это в ряде случаев помогало восстановлению их здоровья.
Однако многие душевные болезни имеют хроническое течение, и страдающие ими больные со временем заполонили клинику. Среди них преобладали военные и члены их семей, содержание которых обеспечивалось за счет военного ведомства. Они занимали 80 из 100 штатных клинических коек. Перегруженность клиники хроническими больными не давала возможности знакомить студентов академии и прикомандированных к клинике врачей с острыми формами психической патологии. В составленном в связи с этим рапорте Бехтерева начальнику академии, датированном 16 декабря 1893 года, указывалось, что некоторые больные находились в клинике очень долго: дочь поручика Арсеньева — 22 года 5 месяцев, жена подпоручика Евдокимова — 27 лет 6 месяцев и т. д.
Уже к апрелю следующего года Бехтерев добился, чтобы 30 мест в клинике были определены «для бесплатного пользования душевнобольных гражданского ведомства взамен соответствующего числа лиц военного звания». Бехтереву, кроме того, было разрешено по своему усмотрению осуществлять обмен больными с Николаевским военным госпиталем и на бесплатные места госпитализировать любых профильных больных. Все это содействовало оживлению в клинике диагностической и лечебной работы и улучшению условий преподавания.
Преподавательской работе Бехтерев всегда придавал очень важное значение. Весьма серьезно он относился к разработке учебных программ, лекционных материалов. Его лекции всегда богато иллюстрировались, на них демонстрировались больные. По инициативе Бехтерева в аудитории клиники была создана автоматическая система затемнения. На нее было затрачено 2350 рублей. Зато теперь лектор нажатием кнопки мог быстро зашторить все окна, что давало возможность пользоваться проекционной аппаратурой. В клинике накапливались учебные таблицы, рисунки, графики, муляжи, препараты мозга, предметы творчества больных… Все это со временем привело к мысли о создании при ней специального музея.
Несмотря на то, что на кафедру, которую возглавил Бехтерев, возлагалась задача обеспечить преподавание не только психиатрии, но и нервных болезней, в новой клинике для больных невропатологического профиля не было предусмотрено мест. Правда, с декабря 1892 года пришло разрешение развернуть для них 20 коек, но Мержеевский возможностей для этого так и не изыскал. Бехтерев же переселил из основного здания клиники 40 человек прислуги в сохранившийся на ее территории старый деревянный барак и в освободившихся комнатах создал неврологическое отделение на 20 коек. В этом отделении работали врач, фельдшер, четыре служителя и три сиделки. Бехтерев добился для них оплаты, соответствующей жалованью тех сотрудников, которые работали с душевнобольными.
Еще в 1887 году Мержеевский хлопотал о строительстве специального здания для клиники нервных болезней. Тогда военный министр ответил отказом «ввиду неимения особых средств… а главное — потому, что подобное устройство боевою готовностью армии не вызывается». Бехтерев оказался настойчивее своего предшественника и в 1895 году добился разрешения на строительство новой клиники нервных болезней. Проектировал его инженер-полковник В. Н. Зеленин. Сам Бехтерев принимал деятельное участие в разработке проекта здания. В нем намечалось разместить всего лишь 30 неврологических больных. Зато много места отводилось для лечебных кабинетов, мастерских, лабораторий. Здания клиник нервных и душевных болезней соединялись просторной теплой галереей, к ней примыкал фотопавильон со стеклянной крышей и цветолечебный кабинет, освещение в котором менялось с помощью цветных светофильтров, вдвигаемых автоматически между двойными рамами окон.
Особое внимание Бехтерев уделил проектированию и оборудованию нейрохирургического операционного блока, который располагался в центре второго этажа и состоял из операционной, перевязочной и послеоперационной палаты. К его планированию Бехтерев привлек хирурга профессора Н. А. Вельяминова. Операционная имела три широких окна, над операционным столом свисала электрическая люстра из четырех ламп накаливания по 25 свечей. Новинками были и подача в операционную горячей воды, и водяное отопление, и возможность обработки операционного блока горячим паром.
Торжественное открытие клиники состоялось 19 ноября 1897 года. Этот день можно считать и днем зарождения отечественной нейрохирургической службы. В речи на открытии клиники Бехтерев говорил, в частности, следующее: «В настоящее время является несомненным, что целый ряд черепных заболеваний, некоторые поражения спинного мозга и периферической нервной системы служат поводом к хирургическому вмешательству. Установление диагноза поражения, требующего хирургического вмешательства, определение даже способа этого вмешательства и в настоящее время находится большей частью в ведении невропатолога — лишь выполнение операции принадлежит хирургам. Очевидно, что такое положение вещей не может быть признано нормальным, так как нельзя долго оставаться на полдороге. Либо хирурги должны изучать нервные болезни и таким образом являться во всеоружии у кровати такого рода нервнобольных, либо невропатологи должны основательно изучать хирургические приемы в пределах своей специальности и должны применять их в деле… Если нынешние врачи-невропатологи еще обращаются за помощью к хирургам, то будущее поколение уже не будет нуждаться в этом. Взявшись за нож, оно само будет выподнять то, что принадлежит ему по праву. Вот почему устройство операционной в клинике нервных болезней имеет огромное общеобразовательное значение, так как молодые невропатологи будут видеть, как на больных, которых они имели возможность наблюдать в своей клинике, производятся операции опытными хирургами, сами будут участвовать в этих операциях и следить за послеоперационным течением раны, дабы постепенным опытом и упражнениями могли и сами впоследствии, запасшись необходимыми сведениями, приступить к операциям в области мозговой хирургии».
Таким образом, организуя первую в России нейрохирургическую операционную, Бехтерев ратовал за создание нейрохирургии и подготовку нейрохирургов. Он считал, что нейрохирургами могут становиться хирурги, достаточно ознакомившиеся с невропатологией, а также невропатологи, овладевшие методами оперативных вмешательств на нервной системе, при этом он отдавал предпочтение нейрохирургам из числа невропатологов.
Сам Бехтерев считал, что ему самому учиться нейрохирургической технике уже поздновато. Своих больных он не оперировал, но принимал деятельное участие в диагностике нейрохирургической патологии. При этом, как писал позже ученик и сотрудник Бехтерева В. П. Осипов, «его диагнозы в области нейрохирургии почти всегда были безошибочными». Бехтерев понимал, что хирургическое лечение сопряжено с риском, но считал более гуманным, рискуя, спасать больных, чем, не рискуя, выступать в роли наблюдателя там, где необходимо нейрохирургическое лечение.
Являясь большим знатоком строения мозга, Бехтерев подробно растолковывал хирургу необходимые сведения, активно участвовал в разработке методики будущей операции и этим во многом содействовал успеху нейрохирургического вмешательства. Один из хирургов академии, профессор М. С. Субботин, часто оперировавший в клинике нервных болезней, выступая в 1901 году на II съезде российских хирургов, в связи с этим говорил, что он находится в «счастливых условиях, так как оперирует вместе со знатоком мозговой патологии профессором Бехтеревым». В операционном блоке клиники нервных болезней, помимо Субботина, неврологических больных часто оперировали профессора Н. А. Вельяминов, Е. Н. Павлов, Р. Р. Вреден.
